这案初发时，朝鲜人嫔妃任氏、郑氏便自缢而死。黄氏、李氏被鞫处斩。黄氏死前援引了很多人。李氏说：“反正都是死，干吗要牵连别人！要死我自己死！”终于不诬一人。这时朝鲜诸女大都被诛杀，只有崔氏在南京而幸免。朱棣曾命南京的宫女北上，崔氏因病未成行。惨杀开始时，韩氏被幽闭在空室，好几天不给饮食。守门宦官可怜她，有时在门口放些吃的，因而没有饿死。但她的从婢却全部被杀了。韩氏的乳母金黑也被囚于狱中，事后才得赦免。
就在朱棣滥杀的时候(永乐十九年)，四月初八庚子日夜晚，雷雨交加，奉天、华盖、谨身三大殿被雷击中起火。大火冲天，力救不及。经十余年耗尽民财才修建成的壮丽宫殿，就这样化为灰烬，很多人丧身火海。宫人们却庆幸火灾的发生，以为天降的大火可能会使皇帝的虐杀稍稍收敛。在当时的人们看来，天变是对人事的惩戒。人事有错误，天才震怒降灾。
第二天，朱棣下了一道诏书，对上天的惩戒表示自责：
朕躬膺天命，祗绍鸿图，爰仿古制，肇建两京，乃永乐十九年四月初八日奉天等三殿灾，朕心惶惧，莫知所措。意者於敬天事神之礼有所怠欤？或法祖有戾而政务有乖欤？或小人在位贤人隐遁而善恶不分欤？或刑狱冤滥及无辜而曲直不辨欤？或谗慝交作谄谀并进而忠言不入欤？或横征暴敛剥削掊■而殃及田里欤？或赏罚不当 财妄费而国用无度欤？或租税太重徭役不均而民生不遂欤？或军旅未息征调无方而■饷空乏欤？或工作过度徵需繁数而民力凋弊欤？或奸人附势群吏弄法抑有司■茸罢软贪残恣纵而致是欤？下厉于民，上违于天，朕之冥昧，未究所由，尔文武群臣受朕委任，休戚是同，朕所行果有不当，宜条陈无隐，庶图悛改，以回天意。
朱棣认错反省的态度似乎极为诚恳。到了十三日，朱棣再次下诏，宣布将“见有不便于民及诸不急之务者，悉皆停止，用苏困弊，仰答天心”。然而，后宫的杀戮并未被列入他的反省范围之内，朱棣“恣行诛戮，无异平日” ，并没有停止对宫人的诛戮。先后因二吕之案被杀的竟有三千多人。
朱棣如此狂杀滥诛，还有一个原因。朱棣晚年庞爱贵妃王氏。据说王氏有贤德，侍奉皇帝皇后恭谨如一，在宫闱之内肃雍有礼，和蔼仁厚，掌理庶务有条不紊，甚为朱棣所重。朱棣晚年有病，常常发脾气，王贵妃常常从中调护，以免宫人们受到谴责。自皇太子、亲王公主以下都很信赖王氏。朱棣甚至有立王氏为皇后之意。王氏的死，使朱棣痛悼不止，更加重了他的丧心风病。自此以后，朱棣处事更多错谬，用刑也更加残酷了 。
朱棣在临死前的几个月还要求朝鲜进献美女，这时朱棣已经是六十五岁的老人了。
然而，这些可怜的淑女，不论是何处选来，也不论受宠与否，最后在宫中也难免一死。原来，明朝初年仍然保持着为皇帝殉葬的制度，朱棣死时，被殉葬的宫人有三十余人。即使最受宠爱的韩氏和在吕氏惨案中幸免于难的崔氏亦在其列。殉死那天，要赏她们一顿酒宴，随后，把她们领入大堂，这时大堂上已经安置好了许多小木床。只听得哭声震天，宫人们一个个被强迫站在木床上，把头伸进吊好的绳套中。站在一旁的宦官将床一撤，宫人们便升天了。韩氏死时，呼喊着自己的乳母说：“娘，我去了！娘，我去了！”喊声未绝，床已撤去。虽然殉葬者的家属被称为朝天女户，受到优恤，殉葬者也会得到好听的谥号，并被葬入皇陵，但这又怎能补偿她们被断送的青春和被虐杀的生命！
朱棣即位不久，曾自我标榜说：“人心诚不可有好乐，一有好乐泥而不返，则欲必胜理。若心能静虚，事来则应，事去则如明镜止水，自然纯是天理。朕每朝退默坐，未尝不思管束此心为切要，又思为人君，但于宫室车马服食玩好无所增加，则天下自然无事。” 朱棣虽然称不上是个荒淫无度的皇帝，但也绝不是真的清心寡欲，朱棣刚一即位，便下令“求民间识字妇女入内职” 。永乐元年，又命礼部访求在京官员军民之家女子年十五至二十容止端正、性情闲淑者备王妃之选 。他曾命女官蔡氏到杭州选识字妇女入宫，闹得民间骚动。当时有人作诗说：“已云玉闰归马足，更妆金屋贮娥眉。”“临别亲邻莫惆怅，从来生女作门楣。” 朱棣平时吃饭要有宫女伴唱 ，晚年因为身体有病，朝参也要有宫女陪伴搀扶 ，这在整个明朝都是很特殊的。
朱棣一共有四个儿子，长子朱高炽便是后来的仁宗皇帝。朱高炽虽为长子，又仁贤，却不为朱棣喜欢。他很胖，因而很笨，走路要人搀扶，还不免失足，当然难以带兵出去打仗了。朱棣最喜欢老二朱高煦。朱高煦被封为汉王，他从小不肯读书 ，为人凶悍，靖难之役中屡立战功，几次救朱棣转危为安。朱棣想立他为太子，却遭到大臣们的反对。大学士解缙的死，黄淮的下狱，就与他们跟朱高炽的关系有牵连。幸亏朱高炽有位聪明伶俐的儿子朱瞻基，很为朱棣所爱，朱高炽的太子地位才得以保住。朱棣死后一年多，朱高煦便起兵造反，想夺取皇位，这时是朱瞻基在位，亲自率兵东征，兵临城下，高煦不战而屈，最后仍未免一死。朱棣的三子朱高燧，封为赵王。四子朱高爔，未封而殇。
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