与此同时，建文朝在地方上进行了省州并县，精简机构。建文帝的这一措施，是针对洪武时的官冗政繁而采取的。早在洪武末，有识之士已建议朱元璋要“省冗官，减细县” 。据《建文朝野汇编》等书所载进行粗略统计，几年间撤销的县有三十九个，州九个和一批县的同知、吏目、推官、知事、丞簿等。还撤销了巡检司七十三个，河泊所四十九个，递运所十五个，水马驿四十八个，税课局一百零九个，税课司四十一个和一些道纪司、道会司、道正司、僧会司、道会所、僧纲道纪司、盐课局、盐课司、茶课司、批验盐引所、闸，省去府州县学训导一百零四个暨其他一些官吏，只有个别零星的增设。值得注意的是，所撤消的多与税收有关，而增设机构中，只有一个河泊所。大量的税课局、河泊所等机构的撤销，无疑会减轻人民的负担，有利于经济发展。明人朱鹭说：“(建文)四年之间，今日省州，明日省县；今日并卫，明日并所；今日更官制，明日更勋阶；宫门殿门名题日新，虽以干戈倥偬日不暇给而曾不少休，一何扰也！”“是正学(方孝孺)之过也。然在后世，民残于多牧，禄糜于冗员，重以中官出使，道路绎骚，则汰官、省邑二事，固亦有足采者。未可谓建文时政，毕竟非也” 。话虽不甚到家，却是有道理的。
建文帝所推行的种种措施，我们不妨称之为建文新政。这新政是以其政治理想为指导的。
建文帝是儒家思想的忠实信徒，“所好读书及古典文章” 。即位以后，他锐意文治，“日与方孝儒辈论周官法度” ，一心恢复二帝三王之治。虽然历代最高统治者都喜欢用此标榜自己，但建文帝是个天真的政治家，其言不似出于权术和欺骗。这可能是他失败的重要原因。由于史籍残缺，我们不妨从他的主要谋臣方孝孺的言论中考察一下他的思想。
方孝儒同样是个天真的政治家。他甚至要在明朝恢复井田制。其目的在于“但使人人有田，田各有公，通力趋事，相救相恤”。他认为“富者益富，贫者益贫，二者皆乱之本也”，“使陈涉、韩信有一■之宅，一区之田，不仰于人，则且终身为南亩之民，何暇反乎”。 他行仁义，复井田，企图避免贫富分化，消除祸乱之本，以达长治久安。显然这些主张在君主社会内是无法实现的。
明朝已是君主社会后期。洪武三十余年，经济得到了相当的发展，但社会矛盾还是不断尖锐化。仅《太祖洪武实录》记载，洪武一朝的农民起义就达一百八十余次之多。有鉴于此，方孝孺作为一个政治家，旨在以复古为口号为社会寻找出路，企图克服当时社会无法克服的矛盾。他斥王淑英反对复井田的话为“流俗人之常言”，就容易理解了。
方孝孺思想的可取之处，是在于发挥了孟子的民本思想。他说：“能均天下之谓君。”众人之所以要推选君主是为了“使人尽心于民事”。因此，“天之立君所以为民，非使其民奉乎君也”。他批评那些将君民关系倒置的后世之君：“知民之职在乎奉上，而不知君之职在乎养民。是以求于民者致其详而尽，于己者卒怠而不修。”进而指出：“如使立君而无益于民，则于君也何取哉！” 270年后，被称作具有启蒙思想的清初大儒黄宗羲在新的历史条件下写作了光辉的《明夷待访录》。他在《原君》中激烈抨击了君主制，他说：“古者以天下为主，君为客，凡君之所毕世而经营者，为天下也。今也以君为主，天下为客，凡天下之无地而得安宁者，为君也。” 他们之间，不仅仅是言辞相同而已。及黄宗羲作《明儒学案》，力排“以一死抹过先生苦心”者，首推方孝孺“以生民为虑，以王道为心” 。他们的心，是有其相通之处的。
方孝孺的思想与朱元璋的极端专制主义很难相容。朱元璋认为 “趋事执役以奉上者，庶民之事也”，“田赋力役出以供上者，乃其分也”。不然则“国法不容”，“天道不容” 。那么，他不满于方孝孺，说：“斯人何傲！”并贬其为蜀王府教授 就容易理解了。
建文新政给社会带来一定好处，因此明人有“四载宽政解严霜”之誉 。他的“仁声义闻”甚至远播西域、朝鲜，直到抗日战争时期，“大理民家仍有以惠帝(建文)为鼻祖者” 。中原地区关于建文帝的传说更多：“父老尝言，建文四年之中，值太祖朝纪法修明之后，朝廷又一切以惇大行之，治化几等于三代。时士大夫崇尚礼义，百姓乐利而重犯法。家给人足，外户不阖，有得遗钞于地置屋檐而去者。及燕师至日，哭声震天，而诸臣或死或遁，几空朝署。盖自古不幸失国之君未有得臣民之心若此者矣。” 这些记载和传说，足以与建文新政相印证。
另外，朱元璋以武功得天下，重武轻文。勋戚多是统兵将帅，诸王也以能节制诸军而增加了自己的威权。相反，文臣地位甚低。他在用人上并不十分重视科举，而是进士、贡举、杂流三途并用 ，做官并不一定要读书。王世贞说：“国家初起重武，其于文事亦不数数焉，大要各以其途进” 。朱元璋晚年对功臣的诛戮，并未触动武人的根本地位和种种特权。他杀的只是一些可能对皇帝构成威胁的高级将领。这种右武轻文的政策，是当时政治形势决定的。打江山靠军人，巩固江山也靠军人。但在经过三十余年的和平之后，这种政策需要改变了。
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