忽必烈的统治几乎已延伸到陆地上的所有地区，于是他不得不面向大海去寻找新的土地进行征服。通商使团驾着帆船，从远方带来了详细信息，是关于那些盛产香料的岛屿的，如爪哇、锡兰（斯里兰卡）和更北面的日本诸岛。忽必烈想把它们并入不断扩大的蒙古帝国。1268年，他遣使去日本，要求其投降，但日本人拒绝了。那时忽必烈正忙于对南宋的最后一战，无法发动对日本的攻击，因此他只能继续派更多的代表去说服日本归降。
忽必烈把战败的南宋水师编入自己的队伍，他获得了所需的人员和技术，以便攻打这个目中无人的岛国。他复兴和扩充了原南宋水师，设法使它从仅用于守卫沿海沿江地区的水军转变为一支真正的海洋舰队，能在公海从事商业和军事活动。他把朝鲜半岛变成了一个大型的造船工场和海军基地，企图从那里出发去征服日本。虽然这些舰船在当时世界上是最大的，但造船的速度却影响船只的质量。考古学证据揭示了当时造船的捷径，不是切割成单块石头，而是将两块巨石绑在一起做成一个锚，这样的锚比原来的更加稳固。蒙古人在船上装载了食物、盔甲和弹药，包括大量西瓜大小、填满火药的陶制手榴弹和用来轰击日本守军的榴霰弹。
忽必烈派出更多的使节去劝说这个岛国接受蒙古的统治，但是日本幕府当局每次都拒绝了。到了1274年，忽必烈聚集了一支由九百只战船组成的舰队，用来运送由二万三千人的高丽、中国步兵和数量不明的蒙古骑兵组成的军队。11月，他们启航出发进入一片充满危险的水域，它有一百一十英里宽，将朝鲜半岛和日本分隔开。蒙古人轻而易举地占领了横卧于海峡中间的对马岛，然后进占靠近九州的壹岐岛，舰队驶入博多湾，部队陆续登陆。
日本武士想单打独斗，他们不断冲击蒙古军，但蒙古人保持了队形；与以往一样，蒙古人以一个整体，而不是各自单独作战。蒙古人没有出去决斗，而是用炸弹轰击日本武士，他们用箭将炸弹倾泻在敌人军中。蒙古人屠杀有名的日本武士，剩余的日本人从内陆沿海退入要塞。蒙古军没有深入腹地追击败逃的日本人，因为他们缺乏关于那些地区的可靠情报。于是他们离开了得胜后一片狼藉的战场，重新把士兵、战马和粮饷装上船。蒙古人的计划仍然是个谜：他们打算过几天再来追击日本人吗？在赢了这场战斗后，他们是想沿海岸远行去攻打另一个地方吗？他们只是被派来试探日本人的反应和策略的吗？他们是因为在战斗中元气大伤而撤退吗？
到了夜晚，当入侵者全部在船上时，一场恐怖的秋季风暴突然刮来。这场后来被日本人称为“神风”的风暴，在海面上卷起汹涌的波涛，把许多仓促建成的船只砸向岩石和海岸。在努力逃生的过程中，有一万三千入侵者死亡——大部分是溺死的，致命的海峡使他们无法到达朝鲜半岛的安全海港。历史上最大的舰队遭遇最惨烈——但很大程度上没有流血——的海上集体大毁灭。
统治者有时会编造一些最终连他们自己都会相信的借口，在这些虚构的辩解中，忽必烈和他的朝臣们仍然坚持赢得了这场战争，因为蒙古人在短暂的登陆战中就击败了日本军队；至于后来的大量伤亡和近乎整个舰队的全军覆没，似乎并不重要。因此，到了第二年，忽必烈再次遣使去日本，要求天皇立刻亲自来蒙古首都，清楚地表明自己的投降之意，然后忽必烈将重新授权他成为日本的统治者。尽管在陆战中失利，但日本人同样也认为自己已最终获胜，所以他们拒绝了蒙古的要求。他们对自己充满信心，也认为众神保佑着他们，所以日本人还是决定与蒙古人对抗到底。他们处决了蒙古使者，将其头颅砍下，使其鲜血流尽，然后再把面目全非的头颅示众，供人们嘲讽。
忽必烈准备再次远征。日本人开始建立一支小型舰队，用来与入侵者进行水战，他们还沿着海岸修筑了一堵石墙，以阻止蒙古士兵和战马登陆。1279年，忽必烈派出更多的代表来到日本，日本人将他们全部处死，于是双方都着手准备即将来临的战争。这回蒙古人将带着一支高丽舰队——其规模与上次相差无几，从两个方向出发进攻日本。主力舰队将紧随其后从中国赶来，它由三千五百艘船组成，配备了六万名水手，要运送十万名士兵；这次他们将在夏天出发，而不是在秋天航行。
1281年5月底，高丽舰队启航，尽管遭遇日本人的强烈抵抗，但在几天以后，他们再次占领了海峡中的岛屿。然而，蒙古人在海上的计划不如在陆上那样精确和容易执行，中国舰船遇到了许多困难，被迫耽搁。高丽舰队驶入博多湾，期待南方的中国伙伴前来支援，但是他们未曾到来。日本人修筑的石墙成功地阻止了敌人登陆，入侵者只能簇拥在船上，而六月的酷暑又不断袭来，于是不知名的疫病爆发，很多人变得虚弱不堪。晚上，日本人在夜色的掩护下，驾着小艇去偷袭敌人的大船，对方现在已经陷入恐慌和混乱之中，没有意识到即将遭受致命的军事失败。高丽舰队既不能登陆，又不断受到夜袭的骚扰，他们于6月30日退至鹰岛，等待南方舰队，而后者在两周后终于到达。这时候整个舰队一片混乱，疾病流行，而且在海上呆的时间也大大超出了预期时日，食物供应不足，元军在8月中再次驶向日本。但一股风暴又一次席卷海面，将元军船只倾覆、砸碎，可能有十万多人丧命。根据有关此次灾难的故事，几乎没有船只幸免。
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