至民国五年袁世凯称帝，反袁各派在广东肇庆组织军务院，拥唐继尧、岑春煊为首，整军预备讨袁。而在这项运动中，所参加而对桂系实力派发生重大影响的国民党人却又是以李根源(任副都参谋)为首的国民党稳健派。
迨六月初袁氏暴卒，黎元洪继任大总统，恢复旧国会，国民党籍的稳健、激进两派复与前反袁的研究系一派合作，共有议员四百余人，谋成立一大政党。因于是年在九月九日在北京合组‘宪政商榷会’作为当时段祺瑞内阁之反对党。而这一团体中又因背景与政见不同分为三派：(一)客庐派：以谷钟秀、张耀曾、王正廷等为首。拥有群众二百六十余人，多为前国民党稳健份子，为‘商榷会’中之主力。(二)丙辰俱乐部：以林森、居正、马君武等为首。多为前国民党激进派，后来加入‘中华革命党’者。(三)韬园派：多为前反袁之旧进步党人。未几谷钟秀、张耀曾二人因加入段祺瑞内阁的关系，乃率众脱离‘宪政商榷会’并于是年十一月十九日自组一政党，名之曰‘政学会’。这个‘政学会’便是本文所讨论的‘政学系’的起源！所以概括言之，‘政学系’与旧国民党稳健派实是一脉相承的。
不过‘政学会’虽以亲段起家，但是不久又走上反段的道路。因为‘政学会’毕竟是有反北洋派历史的。它和国民党其他派系，尤其是中华革命党一系的‘丙辰俱乐部’的渊源远深于它和段的关系。因此当民国六年‘参战案’发生，段祺瑞因主张参加欧战，而招致国民党的激烈反对时，谷、张二人又受‘丙辰俱乐部’的影响而去职。国会内的政学会分子遂公开反段。迨张勋复职之后，段祺瑞解散旧国会，另组‘安福国会’，旧国会议员乃纷纷南下至广州组织‘非常国会’，成立‘军政府’，并选孙中山为‘大元帅’。政学会因地利人和之便，乃在西南政局上掀起了前所未有的政治波澜，终于赶走了大元帅孙中山，为华南煊赫一时的政治势力！
(三)
当政学会在北京组织之初，谷钟秀实是要角。钟秀为直隶定州人。谷氏为该地巨室。谷门‘钟’字辈兄弟早年赴日留学即加入同盟会。钟秀更是一位长于权术的领袖。辛亥起义之初，十一省代表齐集武昌集议成立临时军政府，钟秀即以直隶咨议局代表参加，成为创立民国及共和政府的元勋之一。旋各省代表齐集南京成立参议院，选孙文为临时大总统，钟秀仍为参院内直隶代表。迨南京参院迁往北京，钟秀竟当选为北京参议院全院委员长。嗣国会成立，乃改任众议员，与是时当选为众院全院委员长之张耀曾相表里。
张耀曾云南人，日本帝大法科出身。亦系南京参议院的元勋。袁世凯死后，段祺瑞组阁，耀曾乃以众院全院委员长身分被罗致为司法总长。迨政学会成立，谷、张二氏乃运用其政学系首领及两部总长的地位，纵横于直、皖两系军阀及国民党研究系两派政客之间，颇能展其所长。其后钟秀且以同乡关系结交直系军人以掀起民国九年直皖之战，搞垮段祺瑞。
但是当民国六年非常国会在广州举行时，政学系领袖亦随之南移，并由李根源、杨永泰二氏继起为中坚人物。李根源自印泉，号雪生，云南腾越厅人。清末赴日入士官(学校)留学，并于光绪丙午(一九○六)年在东京加入同盟会。返国后任云南讲武堂监督三年，后升总办。因此后日滇军将领非其部属即其学生。贵为中共大元帅的朱德便是以四川人冒云南籍入昆明讲武堂作根源学生的。
辛亥革命云南独立，蔡锷为都督，根源任副都督。民国五年反袁之役，滇军为两广都司令部武力之中坚，根源便以滇军关系出任副都参谋，因此与老桂系的岑春煊、陆荣廷结下不解缘。袁氏死后，根源出任陜西省长。至民国六年反段护法战争发生，根源且实际掌握了驻粤滇军，与‘非常国会’内政学系议员相表里，表面拥护孙中山，而实际与两广实力派的地方军阀陆荣廷、陈炳焜合作，割据华南，与北京的段祺瑞和研究系相抗。李根源是一位才兼文武的人物。虽然生了一脸麻子，然自诩为‘智珠粒粒’，却也与事实相符。
不过根源虽然是政学系的实际领袖，却甚少正式露面，所以在当时非常国会内的政学系议员，则以‘南关五十号’的杨永泰为马首是瞻。杨永泰(畅卿)为广东茂名人，生于光绪六年(一八八○)，小李根源四岁。以广东佬而毕业于北京汇文大学法科而从政。也是北京参议员时代的元老。畅卿是一位案牍如流，有高度行政天才的人物，眼明手快；凡有人质疑问策，杨氏能于谈笑之间立拟‘上’‘中’‘下’三策以对，无不妥切。他在广东既享地利，又怀钜金，因此坐了政学系的二把交椅。
以这样两位纵横家，与拥兵十余万，占两省地盘的地方军阀相结纳，因而孙中山在广州只顶了个‘大元帅’空衔而一筹莫展。但是中山的英雄本色，硬要搞他毫无本钱的‘护法运动’和‘非常国会’，便逐渐引起政学系和桂系驱孙之心了。民国七年四月广州‘军政府’终于在政学系暗地里策画之下改组。孙中山被拉下‘大元帅’的宝座，而代之以‘七总裁’。桂系首领岑春煊却被选为‘主席总裁’。孙中山护法不成只好到上海去著书了。
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