教皇制度中的这些弱点，不可避免的引来了大量日耳曼王侯、法国国王和那些统治英格兰的诺曼人及法兰西系的国王们的干涉。他们都想操纵选举，都想使罗马的拉特兰宫中有一位对自己有利的教皇。教皇在欧洲事务中越强大、越重要，这些干涉也就越来越急迫。在这种情况下，许多教皇软弱无能则不足为怪。但是令人奇怪的是，他们当中的许多人是有雄才大略的。
在这个时代的教皇中，最有活力、最令人感兴趣的是英诺森三世（1198－1216年），他很幸运，不到38岁就做了教皇。他和他的许多继承者，都和那位更有趣的皇帝弗里德里希二世作对，后者被人称为“世界奇才”。这一次国王和罗马之间的斗争成为历史上的一个转折点。虽然最后罗马教会击败了他，毁灭了他的王朝，但他已经给教会和教皇的声誉以致命的创伤，并开始走向衰落。
弗里德里希是皇帝亨利六世的儿子，他的母亲是西西里诺曼王罗哲尔一世的女儿。1198年，他四岁时继承了西西里王国。英诺森三世成为他的监护人。那时的西西里刚刚被诺曼人征服；其宫廷是半东方式的，宫廷里有很多知识渊博的阿拉伯人；有一些人还参与到对年轻国王的教育中。毫无疑问，向他解释清楚他们的观点是有一定的困难。他既接受了伊斯兰教徒眼中的基督教义，又接受了基督教徒眼中的伊斯兰观念。不幸的是，这双重教育的后果，就是他认为一切宗教都是虚伪的，这在那个信仰的时代是少有的。他自由的谈论各种话题；他的不信神、不敬神是有记载的。
当这个年轻人长大以后，他就和自己的监护人发生了冲突。英诺森三世对他的被监护人要求太多了。当弗里德里希有机会继位为罗马帝国皇帝时，教皇提出了干预条件：弗里德里希必须以强硬手腕镇压日耳曼境内的异教徒，另外，他还必须放弃西西里和意大利南部的王位，因为不这样，他的力量对于教皇来说太强大了。同时，日耳曼境内的神父的一切捐税都要免除。弗里德里希答应了——不过他并不打算遵守这些诺言。教皇已诱使法兰西国王在法兰西对自己的臣民发动了一场镇压沃尔多教派的残酷和血腥的战争；他希望弗里德里希在日耳曼也同样做。因此，当英诺森催促他征讨伊斯兰教徒，拯救耶路撒冷时，他一方面口头上答应，一方面在行动上敷衍了事。
在确保了帝国的王位后，弗里德里希二世一直居住在西西里，他更喜欢这里而不是日耳曼作为自己的居住地。他完全没有履行与英诺森三世的任何约定。1216年，英诺森三世在挫败感中死去。
英诺森的继位者霍诺里乌斯三世对弗里德里希也无可奈何。1227年成为教皇的格列高里九世下定决心，不管付出什么代价，都要解决这个年轻人的事情。他开除了弗里德里希的教籍，不准他享受宗教上的一切权利。但在西西里这个半阿拉伯化的宫廷中，几乎没有产生什么特别的不安。教皇还给皇帝写了一封公开信，列举了他的恶行（这是不容置疑的）、背教和一般的失职行为。为此，弗里德里希回应了一封更尖锐有力的信。这封信是写给欧洲所有的王侯的，它第一次明确地清晰地说明了教皇与王侯之间的矛盾问题。他毫不客气地攻击了教皇想要成为整个欧洲的统治者的明显野心。他提议诸侯联合起来对抗这种僭越行为，他还提醒王侯们，要特别注意教会的财产。
弗里德里希点燃了这颗致命的炮弹后，便决定履行12年前的旧约，召集十字军东征。这就是第六次十字军东征（1228年）。作为一次十字军东征，它就是一场闹剧。弗里德里希二世到了埃及，与苏丹会晤并交换政见。这两位都持有怀疑观点的君主，交换了意气相投的观点，并订立了互惠的商业条约，苏丹同意把耶路撒冷转交给弗里德里希。事实上，这是一次新型的十字军东征，是通过私人条约实现的十字军东征。征服者既没有进行屠杀，也没有出现“喜极而泣”。由于这次十字军的领导是一个被解除教籍的人，所以他进行的是完全世俗化的耶路撒冷王的加冕礼，亲自从祭坛上取下了王冠——因为所有的牧师们一定会避开他。之后，他回到了意大利，他把侵入他领土的教皇军队全部赶回他们自己的领地，并强迫教皇恢复自己的教籍。在13世纪，君主这样对待教皇，也不再有群众愤怒反抗的风暴了，那样的日子已经过去了。
1239年，格列高里九世重开与弗里德里希的斗争，再次解除他的教籍，再次开始公开的侮辱战，教皇受到严重的伤害。格列高里九世死后，英诺森四世继位为教皇，争执重新开始。弗里德里希又发了一封深入人心的反对教会的破坏性信件。他谴责教士的骄傲和漠视宗教，并把当时所有的腐败现象都归咎于他们的骄傲和财富。他建议各王侯统一没收教会的全部财产——这是为了教会好。这个建议此后一直萦绕在欧洲王侯的脑海中。
我们不再叙述他的晚年了。他一生的特殊事件，远不及他生活的一般气氛那么重要。我们可以从他在西西里宫中的生活中窥见一斑。他的生活很骄奢，喜欢美丽的东西。他被描述成一个放荡不羁的人。但是，很明显的，他是一个富有好奇心、喜欢探究的人。他把犹太教、伊斯兰教和基督教哲学家召集在自己的宫廷里，他还竭力向意大利人灌输撒拉逊文化。正是通过他，阿拉伯数字和代数才被介绍给基督教学生。在他宫中有一个叫做迈克尔·斯哥特的哲学家，曾翻译了部分亚里士多德的著作和阿拉伯大哲学家阿韦芳埃斯（科尔多瓦人）的对其著作解释。1224年，弗里德里希建立那不勒斯大学，又扩大和丰富了萨勒诺大学的医学院。他还设立了一个动物园。他留下了一本关于放鹰的书，这表明他曾仔细观察过鸟类的生活习性，他还是第一个用意大利语写诗的意大利人。意大利诗事实上就是在他宫中诞生的。一位有才华的作家曾称他为“第一个近代人”，这恰当的描述了他在知识上无偏见的客观立场。
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