“无产阶级文化大革命”中，吉林省委前第一书记把他的亲信、“四个帮”的爪牙单奎章安插到这个科研所，窃据了这里的党政领导权，并怂恿支持单奎章大搞法西斯专政。
于是单奎章全面否定广大科技人员在毛主席革命路线指引下取得的进步和做出的贡献，肆意颠倒敌我关系，以知识分子为仇敌，视科学为罪恶，狂叫“光机所是封资修的大染缸”、“研究室是修正主义的黑苗圃”，诬蔑知识分子是“知识地主”，“知识资本家”，“知识越高，权威越大，思想越反动”，是“用技术专无产阶级的政”。他甚至用下流语言辱骂知识分子是“猪”、“狗”、“鬼”，“一肚子黑心烂肠子”。他疯狂地叫嚣科技战线的主要矛盾就是无产阶级与知识分子的矛盾，“党的基本路线就是要抓一个‘斗’字”，对知识分子“斗争就是政策”，“工资八十元以上的都要批判”，就是要把知识分子“打个落花流水”，“打个人仰马翻”，“打个灵魂出窍”。
从而单奎章无中生有地说：“光机所有四条特务线”，“有六层阶级敌人”，“各种阶级敌人应有尽有”，“特务多得连成了线，结成了网”，像“毛毛虫满地爬”，掀起了大抓“特务”的黑风。一霎时，被他抓出了“特务”或当做“特务”隔离审查的多达一百六十六人。其中研究员、副研究员和总工程师、副总工程师的百分之八十二，工程师的百分之五十七，助理研究员的百分之五十和教师的百分之五十，都被打成了“特务”；剩下来的研究员、副研究员和总工程师、副总工程师之全部，助理研究员、工程师和技师的一部分，也准备打成“特务”。
面对这多如“毛毛虫满地爬”的“特务”，单奎章狂叫“抓起来就审，一审就解决问题”，“不用出门调查核实就可以定案”，并私设公堂，动用多种酷刑逼供——科技会员证就是“特务身份证”，收音机就是“收发特务情报的电台”，个人存款就是“特务活动经费”，照相机也是“特务活动工具”，甚至通晓哪国语言、去过某个国家，也成了是这个国家“特务”的证据。
在这种惨无人道的残害下，有的科技人员被打死，有的被逼自杀。单奎章竟天良丧尽地说：“自杀说明他们问题严重。”
单奎章制造了这些冤案，不但在政治上、生活上、升学招工等方面直接影响着受害者的子女，而且还向外省市许多单位发出所谓的“敌情通报”，使许多受害者的亲友受到株连，轻者长期背着黑锅，重者被隔离审查甚至被迫害致死。
单奎章进而把技术上的分歧、学术上的争论，以及科研、生产上的责任事故，也统统说成是“阶级敌人的有意破坏”，并蛮不讲理地说：“你说无意，我说有意，你怎么解释，嗯?!”因此而受害的就有近百人。
为建立光机所、发展我国光学科研事业做出了重大贡献的国内外著名光学专家王大珩教授，也被单奎章诬蔑为“资产阶级反动学术权威的总后台”，并诬蔑他上边有根子，“根子就在北京”，对他一次又一次地进行批判和迫害。
总之，单奎章把一个好端端的光机所糟蹋殆尽，使国家光学科研事业受到了严重破坏。
然而吉林省委前主要负责人王淮湘却对这样一个无恶不作的人极为欣赏。他让单奎章总结“大抓特务”的经验，组织报告团在省内六个地区巡回报告几十次，听众数十万人，流毒很广，后果极坏，仅中国科学院长春应用化学研究所，就有一百一十一位老科学家和青年科技人员被打成了“特务”。不仅如此，王淮湘还让单奎章当上了省委候补委员，把他由光机所党委书记、革委会主任提升为省科技局党组书记和局长，把持全省科技大权。
尽管如此，忍无可忍的光机所很多职工仍与单奎章不断地进行着坚决的斗争，要他按照党的政策平反“特务”冤案，为受害者恢复名誉。但是单奎章以王淮湘为后台有恃无恐，对这些职工乱扣“否定文化大革命”，“攻击无产阶级专政”等大帽子，疯狂地进行打击报复与镇压。他说：“说我不落实政策，我看是落实过头了!要说不落实，就是批得还不够!”他更嚣张地说：“说我整知识分子，秦始皇一次就整了八百个，我算个啥?光机所有八百知识分子，批掉三百，还有五百呢!”
“四人帮”倒台后，单奎章在吉林省的大后台王淮湘也倒了台。新的吉林省委坚决执行中央领导同志关于光机所问题的指示，派出工作组进驻光机所，带领广大职工深入揭批“四人帮”和王淮湘、单奎章的罪行，查清了单奎章隐瞒了几十年的为汉奸和日本强盗效劳的罪恶历史；同时对一起起“特务”案件进行了复查，结果证明被打成“特务”的一百六十六人全部都是冤案。为此工作组召开了全所职工、家属和本地外地科研单位的代表以及受害者亲友共五千多人参加的大会，宣布了平反决定和平反名单，使九载沉冤得到了昭雪。工作组还向二十个省市自治区的一百五十个单位发出了一百九十五份平反通报，为受害者的亲友和受株连者挽回影响，将一切诬蔑不实之词统统推倒，对受害职工安排适当工作，伤残的给予治疗，死亡的开了追悼会并做好遗属的抚恤和安置；对被当做“罪证”抄走的财物，已经查到的全部归还，扣发的工资全部补发，生活困难的给予补助。
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