根据皇帝的指示成立起来的“四库全书馆”机构庞大，大小负责官员多达三百六十人。其中的总裁官、副总裁官为总揽全馆事务的主要官员。因统筹全局，责任重大，故特设正总裁官十六员、副总裁官十员，皆分别从大学士、六部尚书、侍郎中简选。皇帝还特派自己的三个儿子皇六子永珞、皇八子永璇，皇十一子永理也充任总裁官。总裁、副总裁之下，设总阅官十五人，总管阅定各书之事；总纂官三人，总理编书之事；总校官一人，总理校订之事；缮书处总校官四人，专掌抄书及总理校对脱误之事。上述每一机构之下，又设有具体办事官员多人，分管校勘、编纂、刊刻、装订、整理之事。此外，在全书纂修过程中，还以各种方式招收抄写誊录的书手、绘画的手工工人和刻字印刷的工匠四千余人。
四库全书馆各职中，总纂官、总校官及其下属各机构是《四库全书》编纂过程中的关键环节，皇帝特别注意选拔知名的学者和在各方面有专深造诣的人充任上述各职。除由皇帝亲自任命当时著名学者纪昀、陆锡熊为总纂官，陆费墀为总校官之外，还分别以大臣荐举、政府征辟等方式将一大批学识渊博而又年富力强的著名学者安排到纂修官和分校官等各个重要岗位上。如著名经学家戴震、校勘学家周永年、史学家邵晋涵即分别被任命为校勘《永乐大典》纂修官兼分校官；著名经学家姚鼐、翁方纲、朱筠则分别被任命为校办各省送到遗书纂修官。与此同时，其他一些著名学者程晋芳、任大椿、金榜、王念孙等人也都各据所长，在“四库全书馆”安排了相应的职务，并都成为《四库全书》纂修中的骨干力量。由于他们的辛勤劳动，使得《四库全书》在各方面都达到了较高的学术水平。
《四库全书》纂修中的书籍来源极为广泛，大致可分为政府固有藏书和各省所进遗书两大项。政府固有藏书包括自清初以来臣下遵照皇帝敕旨编修的敕撰本、内廷各藏书机构原藏的内府本和《永乐大典》中所辑的各种佚书；各省所进遗书包括各省督抚在此次求书中或从市场购买，或向藏书家借钞，送馆备用的各省采进本，各地藏书家因皇帝求书上谕曾经提及而不得不将家藏秘书献出的私人进献本，以及采自当时社会上流行的通行本。
面对这些来源不同、版本不同而又为数浩繁的书籍，《四库全书》显然不能不予区别地悉加收录。为此，乾隆三十八年五月规定：“所有进到各遗书，并交总裁等同《永乐大典》内现有各种详加校勘，分别刊、抄，择其中罕见之书，有益于世道人心者，寿之枣梨，以广流传；馀则选派誊录，汇缮成编，陈之册府；其中有俚浅伪谬者，止存书名，汇为《总目》，以彰右文之盛。”
根据这些原则，在遗书到馆之日，便对每一种书籍之不同版本进行校勘，并就其作者、成书年代、内容异同、版本优劣进行考证，将考证成果以另纸粘于该书每卷之末。同时，还仿汉朝刘向、刘歆校书之旧例，为每书撰写提要一篇，于其中叙作者之时代、爵里、本人事迹以及内容得失，并根据该书之价值，预拟出应刻、应抄、应存目三种意见，一并交总纂官审定修改；此后再由总裁官奏闻，候旨决定。经皇帝同意后，其中价值寻常，或内容有与儒家经典相悖谬者仅入《四库全书总目》；其他应刊、应抄的两种书籍皆交缮书处，组织人员按既定规格进行抄录，录入《四库全书》。其中价值较高、世间罕传者，除缮写外，还由武英殿修书处以《武英殿聚珍版丛书》为名刊印行世，以广流传。
四库全书馆开馆之初，根据皇帝旨意，所编书籍不过是《四库全书》和《四库全书总目》二种，然而，随着修书计划愈益庞大，增纂书籍越来越多。于是决定增纂《四库全书荟要》，于《四库全书》中“撷其精华，缮为《荟要》”，两书互相补充，并行于世。该书于乾隆四十三年首先告成，共抄两部。乾隆三十九年，皇帝又决定编修《四库全书简明目录》：“篇目不繁而检查较易，俾学者由书目而寻提要，由提要而得全书，嘉与海内之士，考镜源流。”于乾隆四十七年成书，为学者了解十八世纪以前各种主要著述的大致情况提供了方便。
乾隆四十一年九月，皇帝又特命将“所有诸书校订各签，并著该总裁等另为编次，与《总目提要》一体付聚珍版排列流传”，该书遂以《四库全书考证》为名行世。全书一百卷，对于学者校订各种古籍，有着一定的参考价值。
始修《四库全书》时，谕令将《四库全书》抄录四套，分别庋藏于紫禁城、圆明园、热河避暑山庄和盛京故宫四处。随着《四库全书》纂修活动的全面开展，为满足社会需要，乾隆四十二年八月，皇帝决定另缮一套副本贮于翰林院，“既可备耽书之人入署就阅，而传布词林，亦为玉堂增一佳话”。乾隆四十七年七月，在北四阁四套《四库全书》陆续告竣之时，皇帝以江浙为“人文渊薮”之地，为了方便当地士子“就近观摩誊录”，又命再行缮写三套《四库全书》，分贮于扬州、镇江和杭州三地。因而扩大了《四库全书》的影响面，使其成为西汉以来政府组织的历次文化活动中最有意义的一次文化活动。（35）
值得注意的是，《四库全书》对涉及西学的书籍收录颇丰，选取原则主要取决于其实用性，并增广博异闻之效。《四库全书总目》卷首凡例中写道：“外国之作，前史罕载，然既归王化，即属外臣，不必分疆绝界。”（36）其中包括有艾儒略《职方外纪》，南怀仁《坤舆图说》，徐日升与德理格合著的《律吕正义续编》，徐光启《农政全书》，熊三拔《泰西水法》，《表度说》，《简平仪说》，利玛窦《乾坤体义》，阳玛诺《天问略》，利玛窦口译徐光启笔录《测量异同》、《测量法义》、《勾股义》、《几何原本》，龙华民，汤若望等多人编撰《新法算书》，戴进贤、刘松龄等多人著成的《御定仪象考成》，戴进贤、徐懋德及明安图等人所著《御定历象考成后编》，利玛窦口授李之藻撰《圜容较义》、《同文算指》，李之藻撰《浑盖通宪图说》，穆尼阁、薛凤《天步真原》、《天学会通》，邓玉函《奇器图说》，王征《诸器图说》等二十三种。
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