1900年，义和团运动爆发，清廷于六月十五日命令李鸿章“迅速来京”，时任两广总督的李鸿章满腹狐疑。朝廷如此催他迅速进京，却未言何事，更未授新职到底是什么意思？
李鸿章更了解，此时朝政为强硬的主战派把持，一些温和的主和派官员性命难保。
李鸿章对当时的局势有清醒的认识，他知道义和团运动会导致的后果，他本人曾多次冒死电奏朝廷，反对慈禧和顽固派的“联拳灭洋”政策，这让顽固派官员和义和团痛恨。得到慈禧支持的义和团明确提出要杀“一龙二虎三百羊”，所谓“一龙”为光绪皇帝，“二虎”为李鸿章和庆亲王奕劻，“三百羊”为开明官绅；义和团还提出要将亡命海外的“乱党”、从事维新改良的康有为及梁启超等统统捉拿归案……李鸿章明白，在此种局面下自己贸然北上，不仅无法改变政局，而且凶多吉少，甚至可能有杀身之祸。所以他一方面表示“立刻遵旨北上”，另一方面却想方设法拖延徘徊，拒不北上。
七月十七日，李鸿章乘招商局的轮船离开广州。开船之前，南海县令裴景福前来送行，李鸿章对他纵论时势，大发感慨。此时八国联军刚刚攻下天津，尚未向北京进发，裴景福问李鸿章万一以后京城被攻破，结果将如何。李鸿章回答说列强必会做以下三点：一是剿灭“拳匪”以示威，二是惩办首祸官员以发泄愤怒，三就是索要兵费赔款。裴氏接着问兵费赔款大约会是多少，李鸿章大为伤感，一边流泪一边回答：
兵费赔款之数目多寡，此时尚不能预料，唯有极力磋磨，展缓年分，尚不知做得到否？我已垂老，尚能活几年。总之，当一日和尚撞一日钟。钟不鸣了，和尚亦死了。
此时的李鸿章已经官复原职，但对朝局仍不乐观，因此决定还是按以前计划先到上海，等待局势进一步明朗。他深知，此时此刻必须慎之再慎，走错一步将满盘皆输，很可能难保性命，所以七月二十一日到达上海后他便以健康为由，要慈禧赏假二十日。
其实，慈禧一方面利用义和团打洋人，另一方面早在七月三日就向俄、英、日三国发出国书乞和。随着战场惨败，慈禧求和之心越来越急切，要与洋人求和，仍不能不倚重李鸿章，于是不断电召李鸿章北上，为了让李尽快北上，朝廷又下诏任命已七十有七的李鸿章为直隶总督、北洋大臣。在国难之中，李鸿章终于再任“总督之首”，重掌北洋大权。
当同僚对他正式被任命为议和全权大臣表示祝贺时，他却十分淡然。他深知政治讲究的是实力而不是名分，如果朝廷政治格局不变，慈禧态度无根本性变化，自己其实只有全权之名而并无实权。此时，他不顾“龙颜”有可能“大怒”，多次递折要求慈禧彻底改变态度，一再向慈禧施压，要求一定要将外国驻华使节平安送出京城并且剿灭义和团，他还斗胆要朝廷下“罪己诏”。
当然，他丝毫没有反对慈禧之念，当有外国外交官对他透露各国公使有让慈禧归政光绪的打算时，他断然反对，并为慈禧开脱辩护：“太后训政两朝，削平大难，臣民爱戴，此次拳匪发难，只恐祸起腋肘，不得已徐图挽救。”
当时义和团仍在高潮，顽固派大臣对所有新派人物、大臣仍恨得咬牙切齿，他生怕此时进京自己会身首异处。这时，慈禧太后明显乱了方寸，政策非常矛盾。她一方面急盼李鸿章前来与洋人打交道，有求和之意，另一方面仍重用极端主战的顽固派大臣，态度似乎更趋强硬。
七月二十八日她将反对与列强盲目开战的大臣许景澄、袁昶处死，八月七日却正式任命李鸿章为全权大臣负责与各国外交部电商“停战”，八月十一日又将反对开战的大臣徐用仪、立山、联元处死。五大臣被处死，中外震惊，李鸿章在上海得此消息不禁哀叹“成何世界”！很可能，他为自己没有贸然北上感到庆幸，此时更明确表示哪怕被朝廷“严谴”，也不能北行。他在给朝廷的密折中明言了对朝政、对自己有可能被义和团和政敌打杀的担忧：
每读诏书，则国是未定，认贼作子，则人心未安。而臣客寄江南，手无一兵一旅，即使奔命赴阙，道途险阻，徒为乱臣贼子作菹醢之资，是以小作盘桓。
此时慈禧自顾不暇，所以李鸿章一直在上海“小作盘桓”，他在等待局面的根本性变化。八月十五日，八国联军攻占北京，慈禧仓皇出逃；8月20日朝廷以光绪皇帝名义发布“罪己诏”；朝廷的电报继续一封接一封地到达南方，要求李鸿章北上与攻打京城的洋人议和。与此同时，各地请求李鸿章北上“主持局面”的电报也如雪片一样飞来，一律声称只有他才能稳定大局。朝廷下诏，将李鸿章由两广总督重新调任为大清国封疆大臣中的最高职位——直隶总督兼北洋大臣。慈禧的一纸任命是：“着李鸿章为全权大臣。”
九月七日朝廷发布剿灭义和团的谕旨，称义和团“实为肇祸之由”，“非痛加铲除不可”；九月八日朝廷电旨再次表示“罪在朕躬，悔何可及”，几乎是央求李鸿章“即日进京，会商各使，迅速开议”，甚至低三下四宣示李鸿章此行“不特安危系之，抑且存亡系之，旋乾转坤，匪异人任。勉为其难，所厚望焉”。
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