半年之后，2001年1月22日，普京宣布，俄军全面从车臣撤军。俄军的作战目标从“大量歼灭非法武装”转为“反恐怖行动”，由1.5万人组成的俄罗斯陆军第42师和一个6000人的内务部队旅将驻守车臣，继续执行长期的反恐任务。
普京以非凡的意志和铁腕赢得了第二次车臣战争的胜利。众所周知，第二次车臣战争也未能完全解决车臣问题。车臣境内大规模战斗虽已停止，然而车臣非法武装残部的小规模袭击活动不断，恐怖活动更是继续在俄罗斯境内发生，但普京毕竟以自己的方式维护了俄罗斯联邦的统一与和平。
作为一名克格勃情报官员出身的政治家，反恐和组织反恐战争是普京最熟悉的领域，他在执政之初便踏上了自己熟悉的平台。普京抓住稍纵即逝的机会，将反恐行动成功演化成为一场车臣战争。无论怎样评价普京在第二次车臣战争中的作用和功绩都不过分，他坚决果敢的个性，运筹帷幄的韬略，以及卓越的领导才能，都在第二次车臣战争中得到了充分体现。事实证明，普京具备成为俄罗斯领袖的素质。第二次车臣战争成就了普京，成就了俄罗斯的领袖，也成就了俄罗斯神话。
划分联邦区——强化中央权力的第一步
正式就任俄罗斯联邦总统之前，在公开发表的《千年之交的俄罗斯》一文中，普京宣称——强有力的国家政权体系是俄罗斯的传统，它是秩序的源头和保障，是任何改革的主要倡导者和主要推动力。他要实践自己在竞选中的诺言：“在法律专政”下建立“强大的国家”。在过去的十年里，正是由于国家权力机关和管理机关的软弱无力，使即便最正确的经济和社会政策在贯彻实施过程中，也出现乱了步调的现象。普京指出，目前俄罗斯复兴和蓬勃发展的关键就在于国家政治领域。
从政治上说，俄罗斯联邦作为一个独立的主权实体出现在世界舞台上，是前苏联解体的结果。俄罗斯作为多民族的联邦制国家，全国有89个联邦主体，包括州、自治州、边疆区、直辖市、自治共和国、自治州和自治专区。前苏联时期困扰中央与地方关系的各种问题，俄罗斯联邦基本上都继承了下来。解体之前的苏联，具有联邦制国家的形式，实质上是一个高度集中的单一制国家。在苏联解体的过程中，叶利钦曾向地方领导人许诺“能拿走多少主权就拿走多少”。叶利钦当政时期，由于政府和议会无穷无尽的政治斗争削弱了中央的权力，地方势力日益增强。叶利钦为了在与国家杜马的斗争中寻求地方政权的支持，与自治共和国的总统和各州的行政长官单独达成协议，赋予他们自治权力。作为交换，在总统需要的时候，地方必须鼎力支持。结果，立宪的联邦变成了契约的联邦，或者如乌拉的鞑靼社区领导人拉马扎诺夫所说：“这不是联邦制，这是封建制。”
到了20世纪90年代中期，地方领导人改为由全民选举产生，总统丧失了对地方领导人的任免权。地方领导人权力迅速扩大，州长、自治共和国总统成为本地区的最高统治者，中央对地方的控制能力越来越弱。比如，俄罗斯的一些地区享有无限的立法自由，地方通过的法规，包括涉及财产权、税收和关税的法令中，有三分之一与联邦法律和宪法相抵触。俄罗斯各边疆区和州之间建立起贸易壁垒，或者更糟，干脆竖立起界碑。
许多地方主体建立的制度无论如何都不能称为民主制度。分布在各地的为数众多的联邦权力机关分支机构，与其说是中央权力机关的工具，不如说是地方精英人物的保护机构，它们已经被同化，自上而下的权力机关已经消失。部分州可自行宣布实行紧急状态，甚至发行本地区具有货币功能的证券，中央无权干涉。还有一些州长在本地区为非作歹，引起居民强烈不满，克里姆林宫派要员持总统命令赴地方干涉，却被地方当局拒之门外。在地方选举中，某些犯罪集团首领堂而皇之进入地方政府和议会，控制地方政权，中央对此却无能为力。1995年实行的由地方行政长官和地方议会领导人组成联邦委员会（俄罗斯议会上院）的规定，使地方执行权力机关的领导人同时成了联邦立法权力机关的一部分。这实际上不仅违反了宪法规定的权力分开原则，而且使联邦议会上院变成了有时不按专业原则运作的机构。很显然，这种情况对地方领导人非常有利，但不符合联邦中央权力机关的利益。
同时，地方过多地取得了国家利益所允许的主权，使中央政府对联邦各地方主体失去控制，为国家分裂埋下了隐患。比如，远东滨海边疆区行政长官纳兹德拉克在辖区内设立象征自己权力的标志物，颁发地方勋章，甚至为加强对管辖区域的控制而派人暗杀与自己为敌的政治家。再比如，与车臣接壤的巴什科尔托斯坦共和国总统拉西莫夫拥有一支完全效忠于自己的警察部队，人数达4万之众。拉西莫夫自行任命法官和检察官，甚至还控制着那里的俄罗斯联邦安全局分局。那里没有独立的媒体，反对派只能在邻近地区出版报纸，然后冒着生命危险将报纸偷运到巴什科尔托斯坦共和国。那里就像一个民主国家中的飞地，俄罗斯学者称之为“强硬的独裁主义政权”，甚至是“极权主义政权”。俄罗斯《独立报》撰文说，事实上俄罗斯一些地区享有无限的立法自由，有的地区近乎完全独立。俄罗——斯联邦总统国家法律总局说，除了乌德穆尔特共和国以外，俄罗斯联邦的所有其他自治共和国宪法“都不符合俄罗斯联邦宪法”。联邦体系内立法的混乱情况可见一斑。
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