第二，执行解除地区领导人职务和解散违反联邦法律的立法机构的规定。如联邦主体领导人及地方议会不遵守联邦法律，总统有权解除领导人的职务和解散地方议会。
第三，如果国家总统在一定条件下可以解除地方领导人的职务，则地方领导人也应当享有解除其下属权力机关，即地区、市镇领导人职务的权力。这些措施将使俄罗斯政治发生深刻变革。普京说，这是实现国家现代化的第一阶段。
普京的上述举措，自然引起了联邦委员会和地方长官的不满。在这些改革中，只有一点能讨他们的喜欢，这就是能够解除下级的领导职务，其中包括联邦各主体首府桀骜不驯的市长们的职务。地方行政长官可以容忍总统取消他们颁布的某些法规，乃至让7个联邦区的“将军长官”凌驾于自己之上；但是，他们无论如何都没有理由支持总统剥夺其联邦委员会成员的资格，因为这实际上是使他们失去了成为国家级政治家的机会，并使他们失去了议员的豁免权，而且随时有被总统解职的危险。库尔斯克州州长鲁茨科伊担心地说：“如果各地区领导人都不再是议会的代表，他们将成为普通的管家，任何一方警察都可对他们进行调查。”长期担任靼鞑斯坦共和国总统的沙伊米耶夫更是公开表示：“我看不出改变联邦委员会组成原则的想法有什么好处。也许，这一想法背后的目的不但要削弱国家杜马，还要削弱联邦委员会，使其变得更加无力，导致这一宪法权力机关只能起辅助作用。我还没有听说过哪个联邦主体的领导人不能同时承担领导义务和联邦委员会成员的义务。如果谁履行这些义务有困难的话，有一个简单办法：行政长官不想在联邦委员会工作，就让他派自己的代表参加。”
但普京的这些措施得到了国家杜马的支持。5月31日，国家杜马一举通过了联邦委员会组成程序法。6月23日，国家杜马以308票赞成、86票反对的压倒多数，通过了剥夺地区行政长官在联邦委员会席位的法案。该法案规定，联邦委员会的代表们从2001年1月1日起将由两名地区代表取代，其中一名由地方领导人委任，另一名则由地方议会选举产生。这是近十年来，俄罗斯议会进行的第四次根本性改革。第一次议会改革是从选举人民代表开始的，以1993年10月“白宫事件”而告结束。同年底，组成新的联邦议会，其中上院即联邦委员会是由各地居民直接选举产生的，期限为两年。后来根据叶利钦总统的建议，不顾多数议员的强烈反对，进行了第三次议会改革。1995年12月，国家杜马通过了联邦委员会新的组成程序法，即由联邦主体执行权力机关和立法权力机关领导人组成。现在，第四次改革，让联邦主体执行权力机关和立法权力机关领导人又失去了权力。
“前进，后退，再前进”——建立垂直权力体系的步骤
2000年6月28日，联邦委员会对该法律草案进行表决。联邦委员会全力反击，托木斯克州议长马尔采夫一手用拳头敲打着桌子，一手晃动着俄罗斯联邦宪法，大声喊道：“这是我的位置，我是根据宪法赋予的权利占据这个位置的！”结果，在总共发放的146张选票中，联邦委员会以129票反对、13票赞成的表决结果否决了该法律草案。悬殊比例表达出地方领导人真实的强烈不满，普京就任俄罗斯联邦总统以来遭遇首次政治挫败。梁赞州州长甚至表示对“击退了一场未遂政变”感到满意，俄罗斯《生意人报》直接以《普京第一次输了》为题发表文章。
如果不让联邦委员会行使否决权，就必须有三分之二的杜马议员投赞成票。但是由于有一半的杜马代表是由地方选举产生的，地方行政长官有对其施加影响的杠杆，因此斗争进入白热化。面对联邦委员会的坚决反对，国家杜马对拉到280票来推翻上院对组成法的否决缺乏信心，因而改变了前两天的激进态度，表达出与上院合作的热情。6月30日，国家杜马以408票通过一份呼吁书，表示愿意与上院合作。他们呼吁成立一个协调委员会，对法案做出三点修改：第一，逐步更换联邦委员会的成员；第二，由联邦主体领导人亲自任命地方执行权力机关驻上院代表；第三，派出机构可以召回自己在联邦委员会的代表。如果联邦委员会不接受关于成立协调委员会的建议，杜马就推翻上院的否决。
7月9日，国家杜马以307票赞成、88票反对、5票弃权的结果，通过修改后的联邦委员会组成方式法案，同时推翻联邦委员会对总统有权撤销地方领导人法案的否决。7月26日，联邦委员会最终予以确认。三次反复，历经两个月，最后问题是这样解决的：联邦主体执行机关的领导人可以自主任命驻上院的代表，但只是在立法机关反对人数不到三分之二的情况下，他的决定才是有效的。召回程序同任命程序。上院议员的任命或选举不得迟于2002年1月1日。这样，地方长官们就为自己争取回了一些权力，至少派驻上院的执行权力机关代表可以由自己自主任命和召回，而不是像普京最初提议的经选举产生，而且他们的换届也就是退出，比原法案拟定的2001年2月推迟了11个月。
另外，联邦委员会对普京提出的《俄罗斯联邦主体国家立法与执行权力机关基本原则的修改与补充法案》也予以否决，但是否决被国家杜马彻底推翻，从而确立了总统在地方立法机关及其联邦主体执行权力机关违宪的情况下予以撤销和解职的权力。不止如此，国家杜马还对普京提交的《俄罗斯联邦主体国家立法与执行权力机关基本原则的修改与补充法案》进行了修正，不允许地区最高领导人解除联邦主体自治机关领导人的职务及解散地方自治机关。国家杜马的修正案规定，在法院查明地方自治立法机关和市政机关领导人违背联邦和地区法律的情况下，联邦主体的立法机关有权自行或应联邦主体最高领导人抑或俄罗斯联邦总统的请求解散地方自治立法机关，而俄罗斯联邦总统有权终止市政自治机关领导人的权限。这样一来，地区行政长官对其下辖的地方自治机关的领导人的控制权也被剥夺了，普京真正实现了垂直管理。
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