在2000年7月的总统《国情咨文》中，普京宣布国家是拥有全权、唯一的主人。联邦中央执行权力机关是俄罗斯对内和对外政策的发动机，政权机关必须是依靠法律和根据法律建立起来的、统一的、垂直的执行权力机关。记者问他：“您自己希望在俄罗斯看到一个什么样的政权？”普京的答案毫不含糊：“当然是有效的和强有力的政权。否则它就不是政权，而是对人民的嘲弄。”
2000年8月，上述法案相继得以签署生效。在接下来的日子里，普京让俄罗斯联邦政府内务部和税务警察局赋予了7个联邦区总统全权代表新——的权限，且明确指出莫斯科将集中指挥这些地区的军队，普京还支持将地方行政法庭的权力集中到中央，此前地方执法机构和法庭实际上一直由89个联邦主体的地区领导人直接管理。
随后出于安抚的考虑，普京在9月1日宣布成立由一些联邦主体的首脑和议长提出的联邦国务委员会，同时批准了联邦国务委员会条例。条例规定，国务委员会为咨议机关，其职能是协助国家元首行使职权，确保国家权力机关的协调运转和相互协作。其主要任务是讨论有关联邦与联邦主体相互关系的问题、国家建设和巩固联邦制基础的问题，以及有关机构对联邦宪法法律、联邦法律、俄罗斯联邦总统的命令以及俄罗斯政府决定的执行情况，并向俄罗斯联邦总统提出相应的建议。国务委员会还将协助总统解决联邦权力机关和地方权力机关之间的分歧，并根据总统的建议讨论联邦法律和总统令草案、联邦预算执行情况、人事任命政策以及其他重大问题。
有俄罗斯政治学家将普京的这一系列做法归纳为“前进、后退、再前进”，这条政治路线在与权大势重的地方领导人的周旋中表现得尤为明显。“前进”是指让他们统统退出联邦委员会，“后退”是指向他们提供任命自己在上院代表的权力，“再前进”是指普京任命自己的联邦区全权代表。这样看来，普京尽管有所让步，但总体目标是实现了。
但普京绝不是个乐意让步的人，他只是在等待机会。四年之后，机会到来。2004年9月别斯兰人质事件后，普京以“提高国家权力机关的效率”为理由，再度提出《俄罗斯联邦主体国家立法与执行权力机关基本原则的修改与补充法案》，旨在取消联邦主体地方行政长官直选，改由总统提名、地方议会批准。2004年12月11日，该法案获得俄罗斯国家杜马通过。2004年12月27日，普京发布总统令，对提名地方行政长官人选的方式又做出了明确规定。根据这两个联邦法律与法令，俄罗斯联邦地方行政长官按照以下程序产生。
1. 提名地方行政长官。在各联邦主体地方行政长官任期届满前90天内，各联邦区总统代表以及该地方议会中占绝对多数议席的政党，有权分别提出该联邦主体地方行政长官候选人名单；候选人名单经由总统办公厅转交俄罗斯联邦总统，总统可以从中挑选一位候选人，也可以责成总统办公厅主任重新提出地方长官候选人名单。
2. 地方议会批准地方行政长官。地方议会应在总统提出候选人人选后的14天内对该人选进行讨论，如该候选人获得地方议会代表法定多数赞同后即被认为已获得任命，任期为五年；如果总统提名的人选先后三次被地方议会拒绝，则总统有权以总统命令的形式解散该地方议会，并宣布在规定期限内举行新的地方议会选举。
3. 现任地方行政长官可以申请留任或提前辞职。经选举产生的现任地方行政长官在其任期结束前，可以向俄罗斯联邦总统提出留任或提前辞职的请求。总统有权决定是否允许其留任（或辞职），并向地方议会提出他为新一届行政长官候选人的建议，如地方议会通过了对其提名，该行政长官则可以继续留任，任期为五年。
4. 解除地方行政长官的方式。根据俄罗斯联邦主体立法权力机关与执行权力机关组成原则修改法，有两种方式可以解除地方长官的职务。一种是“如果在失去了总统的信任或出现工作不当，及受到司法机关起诉的情况下”，俄罗斯联邦总统有权提前解除该地方行政长官的职务，并在14天内提出新的人选。另一种是地方议会可以向俄总统提出对地方长官的不信任案。总统可以解除该地方行政长官、提出新的候选人，也可以驳回地方议会提出的不信任案。
到2004年底，有关改革联邦主体地方权力机关组成方式的法律基础建立起来，联邦中央随即使之进入实质的实施过程。一直到今天为止，俄罗斯联邦所有地方长官全部按照新的地方行政长官产生方式产生，由俄罗斯联邦总统任命。如此，普京让俄罗斯的联邦体制发生了质的变化。
普京通过提名地方行政长官人选、解散地方议会、随时解除地方长官职务等方式，对地方权力机关的组成拥有了绝对支配权。当然，这违背了俄罗斯联邦宪法第77条第1款规定的“联邦各主体独立确定地方权力体系”的基本原则，宪法中有关联邦与地方之间实行分权管理的联邦原则已——经失去法律意义。地方行政长官由民选改由总统任命，表明地方行政长官的法律地位已经由对地方选民负责变为直接对总统负责，联邦主体执行权力机关也成为联邦执行权力机关的下属机构，这种国家政权体制结构在内容上与单一制国家没有任何区别。普京经由构建垂直国家权力体系，在俄罗斯完全确立起实质上政令统一的单一制国家体制。
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