被囚禁期间，章太炎坚持用银制餐具吃饭，说是为了防止袁世凯下毒。到冬天，他不让人在屋内生火，说怕袁世凯用煤气毒死他。为了御寒，他在身上穿了几层厚厚的衣服。
章太炎被囚后，以为今生还乡无望，曾发电报给汤国梨云：“义不受辱，决志趋死。不必衔悲，亦无须设法。为告蛰仙，于青田刘文成墓旁求一圹地足矣。”他每与人书，必署名“待死人章某”。
章太炎曾两度绝食，以死相抗，他将在日本时穿过的一件旧衣服寄给夫人汤国梨，并在给夫人的信中说：“幽居数日，隐忧少寐。……知君存念，今寄故衣，以为记志，观之亦如对我耳。斯衣制于日本，昔始与同人提倡大义，召日本缝人为之。日本衣皆有圆规标章，遂标汉字，今十年矣。念其与我共更患难，常藏之箧笥，以为纪念。吾虽陨毙，魂魄当在斯衣也。亡后尚有书籍遗稿，留在京师，君幸能北来一抚，庶不至与云烟俱散。自度平生，志愿未遂，惟薄宦两年，未尝妄取非分，犹可无疚神明耳。不死于清廷购捕之时，而死于民国告成之后，又何言哉！吾死以后，中夏文化亦亡矣。言尽于斯，临颖悲愤。”
汤国梨接到章太炎的来信后，深为担忧。一月后，她再次接到章太炎的来信，信中所言让她忍俊不禁：“汤夫人左右，槁饿半月，仅食四餐，而竟不能就毙，盖情丝未断，绝食亦无死法。”
章太炎绝食后，众人束手无策。众弟子均前去规劝，朱希祖对章太炎说：“袁欲杀先生只须命其爪牙一举手之劳，其所以不敢贸然下此毒手者，正因畏于先生声望，如先生绝食而死，正投其所好。”章认为他的话在理，但仍未进食。
弟子吴承仕前来探望，问他：“先生，您比弥衡如何？”章答：“弥衡岂能比我？”吴接着说：“刘表要杀弥衡，自己不愿戴杀士之名，故假黄祖之手。如今袁世凯比刘表高明，他不必劳驾什么黄祖，而让先生自己杀自己！”章太炎听罢，大惊，马上停止绝食。
据汤国梨回忆，劝章太炎进食的是马叙伦：“马夷初（叙伦）先生去探望太炎，两人对时局越谈越起劲，到黄昏时分意犹未尽，好像还有许多话要说，马却起身告辞，说过几天再来看望。太炎说：‘时间尚不太晚，可以再谈谈。’马说：‘因为没有吃晚饭，肚子饿了，要回去吃晚饭。’太炎便说：‘这个问题容易解决，我这里也有厨房，比回家去吃还可以快点。’马说：‘知道你这里有厨房，但想到面对一个绝食的人，自己据案大嚼，试问情何以堪？何况你是为了民国的存亡绝续而绝食斗争的，我今面对一个舍命为国的好友，自己饱餐，岂仅自私，简直太残忍了。君如绝食而死，予今晚在此吃这餐饭，能不给天下人鄙视？’太炎听后略一思索，便说：‘那我就同你一起进食如何？’马夷初非常高兴，与太炎一起吃了两个水煮鸡蛋。”
许多年后，有一次汤国梨问章太炎：“你在北京绝食近半月几死，当时有何感觉？”章太炎答：“头晕得很呵！”
章太炎被袁世凯软禁期间，袁让章拥护他称帝，章挥笔写下《劝进书》，云：“某忆元年四月八日之誓词，言犹在耳。公今忽萌野心，妄僭天位，非惟民国之叛逆，亦且清室之罪人。某困处京师，生不如死！但冀公见我书，予以极刑，较当日死于满清恶官僚之手，尤有荣耀！”据说，袁世凯看后，气得七窍生烟，但又转而又自嘲道：“彼一疯子，我何必与之认真也！”时人称章太炎为“民国之祢衡”。
1915年，章太炎书“明年祖龙死”，第二年，袁世凯果然死去。袁死后，章太炎才重获自由。
【狂傲】
清末研究儒家经典有两大学派：今文经学和古文经学，前者注重的是探求经书中的所谓微言大义，后者则注重经籍的文字训诂和历史考证。当时在诂经精舍读书的章太炎，曾写下50万字的巨著驳斥今文经学的代表人物刘逢禄。
章太炎赞同维新思想，但他并不认同康有为的治学态度和治学目的。在诂经精舍学习时，章太炎撰文批判康有为的《新学伪经考》。康有为在《孔子改制考》一文中，提出希望通过重构儒学体系，为变法提供理论支持。章太炎认为康有为牵强附会，偏离了治学的本道。
章太炎曾由梁启超推荐入《时务报》馆工作，时章对梁等康门弟子尊康有为为圣人的做法很是鄙夷，说：“这群康门弟子好比一群屎克螂在推滚粪球！”章言传到康党门徒耳中后，“康党衔次骨矣！”这日，时务报馆内，“康党囷（集），攘臂大哄”，终于和章太炎等人短兵相接，其中有个叫梁作霖的康门弟子狠狠放言，以前在广东，也有个秀才诋毁康圣人，我们大庭广众之下痛揍了他一顿，今天再揍你们一顿！章太炎也不甘示弱，据说出手狠狠扇了梁启超一耳光。事发后，章太炎愤然离开《时务报》。章太炎在给友人的信中犹不忘讥讽康有为：“噫嘻！长素有是数子，其果如仲尼得由，恶言不入于耳邪？遂与仲华先后归杭州，避蛊毒也。”据说，子路身强力壮，如果有人说孔夫子不是，就对其报以老拳，于是，至此，孔子“恶言不入于耳”。
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