“文革”中，章太炎的墓也未幸免，“造反派”们将章墓掘开，取出棺椁，撬开棺盖，将章的遗体（尚属完好）拖出弃之于地，不久尸体就腐臭了。后来，章的遗骸被一位好心的园林工人草草埋于山脚下。
1976年后，中共中央为章太炎平反，认为章是中国近代史上杰出的爱国主义者。之后，为章太炎重修墓地，在墓茔落成前三天将刚找到的章太炎遗骨放入甏内，封口后葬入墓地新址。
【评赞】
黄侃评价乃师章太炎：文辞训故，集清儒之大成；内典玄言，阐晋唐之遗绪；博综兼擅，实命世之大儒。
陈独秀的表弟濮清泉回忆：在日本留学期间，陈独秀和章太炎也时常过往，陈独秀很钦佩章太炎的“朴学”，认为他是一个“国宝”，而章太炎对陈独秀的“小学（古文字音韵学）”也十分赏识，认他为“畏友”。陈独秀说章太炎为人非常小气，朋友向他借钱，偿还时付息，他竟受之而无愧色；是一个嗜钱如命的人。在陈独秀眼中，晚年的章太炎是“文人无行”的典型。
陈独秀说：晚年的章太炎，后来给军阀官僚写墓志、寿序一类的东西，一篇文章要五千至一万银圆的润资，变得庸俗了。陈独秀还说，章太炎尽管对我国文史有很深的造诣，但有他可笑的偏见，即章太炎认为甲骨文是宋朝人的伪造。由此看出章太炎对于甲骨文和新兴学术的无知。
胡适称他是“清代学术史的压阵大将”。
许寿裳在《章太炎传》中这样评价章太炎：“以朴学立根基，以玄学致广大，批判文化，独具慧眼，凡古近政俗之消息，社会文野之情状，华梵圣哲之义谛，东西学人之所说，莫不察其利病，识其流变，观其会通，穷其指归。‘千载之秘，睹于一曙。’这种绝诣，在清代三百年学术史中没有第二个人，所以称之为国学大师。”
许寿裳还说：“先师章先生是革命大家，同时是国学大师，其阶位卓绝，非仅功济生民而已。前世纪之末……自先师以历史民族之义提倡光复，‘首正大义，截断众流’，百折不挠，九死无悔，而后士民感慕，翕然从风，其于民国，艰难缔造，实为元功。”
于右任称赞章太炎说：“章太炎，中国近代之大文豪，而亦革命家之巨子也。”
张中行评价章太炎“总的印象是：学问方面，深，奇；为人方面，正，强”。
柳亚子曾盛赞章太炎：“悲歌叱咤风云起，此是中国玛志尼（意大利著名的资产阶级革命家）！”
徐复观说：看过他的《国故论衡》之类，总是在懂与不懂之间表示一种莫名其妙的敬佩。一九四四年，有一次和熊十力先生谈天，熊先生说章氏除了文章写得好，及懂一点小学外，并无学问。又听说熊先生在杭州时看到章氏谈佛学的文章，批上“尔放狗屁”四个大字，引起了我对熊先生的若干反感，觉得这是熊先生的自处过高。后来买到一部《章氏丛书》，从头到尾看了一遍，又觉得熊先生的话实在说得不错。有一次，我和牟宗三先生谈：“想不到章太炎先生对中国传统思想的了解，是如此的幼稚。”牟先生当时也很不以我的话为然。去年暑假中，牟先生从孙克宽处借了章氏的著作去看，之后对我说：“果然太幼稚了。”……因此，以章太炎先生为一标志，讲中国文化的人，早已经讲到绝路上去了。所以几十年来，对中国文化的赞成或反对，都是在一条黑巷子中混战。……指出章氏对中国文化之实无所知，因而他是一个极为有害的国学大师的偶像，这是完全正确而且值得提出来的。
胡适在《五十年来中国之文学》中说：“章炳麟的古文学是五十年来的第一作家，这是无可疑的。但他的成绩只够替古文学做一个很光荣的下场，仍旧不能救古文学的必死之症，仍旧不能做到那‘取千年朽蠹之余，反之正则’的盛业。”
袁世凯推章太炎为文圣人。
蔡元培评价章太炎：“这时代的国学大家里面，认真研究哲学，得到一个标准，来批评各家哲学的，是余杭章炳麟。”
梁启超评价章太炎：“其精义多乾嘉诸老所未发明，应用正统派之研究法，而廓大其内容，延辟其新径，实炳麟（章太炎号）一大成功也。炳麟用佛学解老庄，极有理致，所著《齐物论释》，虽间有牵合处，然确能为研究‘庄子哲学’者开一新国土。盖炳麟中岁后所得，固非清学所能限矣，其影响于近年来学术界亦至巨。”
梁启超在《清代学术概论》中称章太炎为清学正统派的“殿军”。
鲁迅回忆老师章太炎的时候说：我爱看这《民报》，但并非为了先生的文笔古奥，索解为难，或说佛法，谈“俱分进化”，是为了他和主张保皇的梁启超斗争，和“××”的×××斗争，和“以《红楼梦》为成佛之要道”的×××斗争，真是所向披靡，令人神往。前去听讲也在这时候，但又并非因为他是学者，却为了他是有学问的革命家，所以直到现在，先生的音容笑貌，还在目前，而所讲的《说文解字》，却一句也不记得了。
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