1958年5月4日，北京大学举办60周年校庆，陈伯达出席并做纪念讲话。陈伯达冲着坐在主席台上的马寅初，厉声说：“马寅初要对他的《新人口论》作出检讨！”马寅初听此言，微微仰着脸，望着陈伯达的头顶，一言不发，视若无物。
1959夏天，马寅初随人大视察团赴外地视察回到北京。周恩来代表毛泽东、党中央找他谈话。因为马寅初不服输，认准了理，谈话自然是谈不拢。最后，周恩来近乎用一种哀求的口吻说：“马老啊，你比我年长16岁，你的道德学问，我是一向尊为师长的。1938年你我在重庆相识，成了忘年之交，整整有20年了啊。人生能有几个20年呢。这次，你就应我一个请求，写一份深刻的检讨，检讨了，你好，我好，大家好，也算是过了社会主义这一关，如何？”但马寅初对周恩来说：“吾爱吾友，吾更爱真理。为了国家和真理，应该检讨的不是我马寅初！”
面对批判的声浪，马寅初再次发表声明：“我对我的理论有相当的把握，不能不坚持，学术的尊严不能不维护。我虽年近八十，明知寡不敌众，自当单枪匹马，出来应战，直到战死为止，决不向专以力压服、不以理说服的那种批判者所投降！因为我对我的理论有相当的把握，不能不坚持，学术的尊严，不能不维护。”
1959年12月到1960年1月，北大批判马寅初之风尘嚣上。面对此局面，马寅初一再声明：“我认为这不是一个政治问题，而是一个纯粹的学术问题。学术问题贵在争辩，越辩越明，不宜一遇袭击，就抱‘明哲保身、退避三舍’的念头。相反，应知难而进，决不应向困难低头。我认为在研究工作中事前要有准备，没有把握，不要乱写文章。既写之后，要勇于更正错误，但要坚持真理，即于个人私利甚至于自己宝贵的性命，有所不利，亦应担当一切后果。”他还在一次批判会上对北大学生说：“同学们，我希望你们能够战胜我，但是要用科学，而不是大棒。”
当年，北大所有的刊物和全国各地的报纸猛烈批判《新人口论》，马寅初却拒不检讨，坚决不写检讨文章，照常笑眯眯地出入北大燕南园住所，“圆圆一张脸像弥陀”。所以董桥曾撰文，让今人“学学马寅初的硬朗”。这种“硬朗”，自在北大学生的回忆中：“马校长这块硬骨头实在难啃，让他屈服，没门；逼他自杀，妄想！”
马寅初被迫辞去北大校长后，他说：“在北大政治上我是不能领导，可是，在学术上我是可以领导的吧！我的人口理论是纯粹的学术问题。可是有人硬把它扯成政治问题，我当然不服，现在北大的空气太沉闷了，学生谁也不敢发表意见，没有学术空气。”
【真理】
1979年7月中旬的一个上午，往日静悄悄地北京东总布胡同32号宅院顿时热闹了起来：中共中央统战部副部长李贵来到这里，拜访了98岁的著名经济学家马寅初先生。会见是在马老的卧室进行的。马老坐在单人沙发上，在座的还有他的夫人和儿女。李贵副部长说：“今天我受党的委托通知马老：1958年以前和1959年底以后这两次对您的批判是错误的。实践证明，您的节制生育的新人口论是正确的，组织上要为你彻底平反，恢复名誉。希望马老能精神愉快地度过晚年，还希望马老健康长寿。”马老兴奋愉快地回答说：“我很高兴。”“20多年前中国人口并不多，现在太多了。要尽快发展生产才行啊！”20多年的是非终于澄清，冤案终于平反。实践宣布了公允的裁判：真理在他一边。
1979年，面对中国人口的沉重压力，人们想到了早在20年前提出“新人口论”的马寅初，《光明日报》率先为马寅初恢复名誉。1979年8月5日，《光明日报》发表了《为马寅初先生的新人口论翻案》一文。正文前面加了大段的《编者按》，对《光明日报》当年错误批判马寅初先生一事作了深刻检查。马寅初对此感慨地说：“当年我曾说过《光明日报》不光明，《光明日报》发动那场突然袭击不光明磊落，今天《光明日报》带头呼吁为我和《新人口论》平反，把颠倒过去的理论再扳正过来，我还是很感激你们的。希望你们向广大读者转达我的谢意。”
【农书】
马寅初辞去北大校长之职后，下决心要写出一部分量不亚于历史上的《齐民要术》和《农政全书》的农业大书。他在日记中写道：“大江东流去，永远不回头！往事如烟云，奋力写新书。”1962年，马寅初还借到浙江农村视察的机会，对农业问题进行专门的调查研究，带回很多第一手材料。
据知情者介绍，马寅初写这部《农书》还真有些别样。他写文章与一般人不同，不是用钢笔写在稿纸上，而是用墨笔写在一张张白色的宣纸上，每写完一章，马寅初便把宣纸铺在地板上，等晾干后，又认真地将宣纸按顺序粘接起来，卷成一个纸卷，注明内容，放入一个藤箱里。写累的时候，马寅初便会沿着院中的水泥小径散步。
不知不觉，藤箱已满。从1963年开始写稿到1965年初稿完成，三年光阴，马寅初写出了100多万字。写完后，他又从头到尾作了一次修改，一般情况用蓝笔，特别重要的改动用红笔。为了防止手稿受潮和被虫蛀，马寅初特别嘱咐家人将放书稿的藤箱放在干燥通风的地方。写完《农书》后，马寅初已83岁，身体状况大不如前。
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