熊十力从武汉大学返回北大之后，从秋到冬，埋头攻读、删注窥基的《因明入正理论》这部著作。当时，熊十力与粱漱溟等十数人一起住十刹海东梅厂胡同的“广大坚固瑜伽精舍”。梁、熊与弟子们每天清晨实行“朝会”。梁漱溟后来回忆：“大家互勉共进，讲求策励，极为认真。如在冬季，天将明未明时，大家起来后在月台上团坐。疏星残月，悠悬空际；山河大地，一片静寂，唯闻更鸡喔喔作啼。此情此景，最易令人兴起。特别感觉心地清明、兴奋，觉得世人都在睡梦中，我独清醒，若益感到自身责任之重大。在我们团坐时，都静默着，一点声息都无。静默真是如何有意思呵！这样静默有时很长；亦不一定要讲话，即讲话亦讲得很少。无论说话与否，都觉得很有意义。我们就是在这时候反省自己；只要能兴奋、反省，就是我们生命中最可宝贵的一刹那。（朝会）初时都作静默，要大家心不旁骛，讲话则声音低微而沉着，话亦简切。到后来则有些变了，声音较大，话亦较长。但无论如何，朝会必须要早，要郑重，才能有朝气，意念沉着，能达入人心者深，能引人反省之念者亦强。”
在北京期间，熊十力与林宰平交从甚密。两人一见面便开始谈论学问，每每是林先发难、挑刺，而熊十力纵横酬对。二人嗓门皆大，语震梁宇。他们笃诚相交，相知一生。熊十力曾说：知我者，莫过宰平也；知宰平者，莫过我也。
熊十力与钱穆、汤用彤、蒙文通的交往颇有趣味。钱穆在《师友杂忆》中回忆到：
“自后锡予、十力、文通及余四人，乃时时相聚。时十力方为新唯识论，驳其师欧阳竟无之说。文通不谓然，每见必加驳难。论佛学，锡予正在哲学系教中国·佛教史，应最为专家，顾独默不语。惟余时为十力、文通缓冲。又自佛学转入宋明理学，文通、十力又必争。又惟余为之作缓冲。
又一次，则予与锡予、十力、文通四人同宿西郊清华大学一农场中。此处以多白杨名，全园数百株。余等四人夜坐其大厅上，厅内无灯光，厅外即白杨，叶声萧萧，凄凉动人，决非日间来游可尝此情味。余等坐至深夜始散，竟不忆此夕何语。实则一涉交谈，即破此夜之情味矣。至今追忆，诚不失为生平难得之夜。”
熊十力与张东荪也颇有交游，由此了解了西方哲学。而张对熊十力的哲学慧识特别欣赏，称许《新唯识论》是一部奇书，还曾填了一首《金缕曲》表达对此书的感想和赞许：
〖熊子今传矣。
制新论，融通空有，直阐本体。
譬似众沤同归海，一切随消随起。
正翕辟，生生不已。
唯识旧师须修改，会连山，方见功能理。
儒与释，究何异。
年来我亦求诸己。
检吾躬，屏除习气，幸余有几？
只愧二三相知者，世论悠悠安计？
养活泼自家心地。
永忆获麟千戴叹，愿天长，此义无终闷。
初读罢，杂悲喜。〗
在杭州，熊十力得识另一位大儒马一浮。熊十力很想结识这位大隐，便请时任浙江省立图书馆馆长的单不庵引见，单支吾似有难处，他是怕马一浮不给面子。熊十力干脆谁也不用，自己把《新唯识论》的稿本包好寄给马一浮，并说明结交之意。一个多月过去了，马一浮音信全无。忽一日，院里来了一位长者，须髯飘飘，气度非凡，自报家门，原来是马一浮！熊也不客套，上来就问马：信写了这么长时间，怎么就一直没个回音？马说，若单寄信来，自是早有回复，可是你连大作都寄来了，无论如何也要好好拜读过才能说话。
熊十力和马一浮惺惺相惜，一见便成莫逆，此后如高僧论道，时常往还，确也解了熊氏不少孤苦。他在其《新论》（文言文本）“绪言”中说：“自来湖上，时与友人绍兴马一浮商榷疑义，《明心章》多有资助云。”马一浮也对《新唯识论》推崇备至，并为其制雅序曰：“自吾所遇，世之谈者，未能或之先也。可谓深知于化，长于语变者矣！”
马一浮办复性书院，书院甫一筹备，熊十力就被列名为创议人。他也当仁不让，表现出极大的兴致。然而，两人对办学目的方法却大异其趣。
马一浮认为，书院宗旨在学道，而非为了谋食，如果预设出路以为号召，则来学者已“志趣卑陋”；“西洋之有学位，亦同于中国旧时之举贡，何足为贵。昔之翰林，今之博士，车载斗量，何益于人？”熊十力则不赞成马一浮的主张，他担忧学生与世绝缘，将来没有出路；学生毕业也应获得一种类似的学位，且须政府授与。两人唇枪舌剑，颇带意气。
到了1939年夏天，熊十力回函弃约，改投西南联大。他不到乐山的托词是风水问题，认为自己如入川，方位不合，恐遇不吉。马一浮精通堪舆相术，逐一辨析，熊十力理穷词屈。争论归争论，马一浮还是执意要熊十力来，在1939年农历七月十二日的信里，附上了正式聘任关书，并附100元的舟车费。熊十力只好在这年的七月底启程。
对办书院他们各存其志。熊十力勉强前来，但对接待安排及住宿环境颇有微词。一次，日寇掌握错误情报，认为蒋介石当时在乐山，于是对乐山狂轰烂炸。战火之中，死生只在一瞬。熊十力住所着火，左脚受伤，更增加了焦虑不祥之感，遂对风水之说更深信不疑，决定立即离开书院。
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