刘师培曾在《中国白话报》发表《论激烈的好处》一文，文字激昂，革命情绪高涨，并署名“激烈第一人”。刘师培在文中说，惟有激烈的手段可以唤醒和鼓动中国的民众，使他们不再安于现状，苟且偷生。一言以蔽之，中国的衰亡都误在“平和”二字，要治本就得激烈。
刘师培曾先后参加了蔡元培组织的军国民教育会、暗杀团，是光复会的首批会员，加入同盟会、国学保存会等组织。加入暗杀团时，先“设黄帝位，写誓言若干纸，如人数，各签名每纸上，宰一鸡，洒血于纸，跪而宣誓，并和鸡血于酒而饮之。其誓言则每人各藏一纸”。
1904年冬，刘师培等人谋划了刺杀王之春事件。王之春任广西巡抚期间，以事后转让广西全境路矿权为条件，向亨达利洋行借款，并向法国借兵镇压哥老会陆亚发、王和顺起义。王的所作所为让革命党人非常愤慨。王之春被免职后居上海，华兴会会员万福华与刘师培、章士钊、林獬、扬州学生陈自新密谋行刺，刘师培还将张继所赠手枪借与万福华，但刺杀时，子弹竟不出膛，万福华被王的卫兵逮捕。刘师培等人上楼一看，吓得赶紧将枪仍在地上，仓皇逃走。第二天，章士钊到捕房探望万福华，捕房尾随他到住处，搜出了制造炸弹的化学仪器、炼药炉灶等，张继、黄兴等十余人均被捕。刘师培亦被拘入捕房坐了一夜，捕房见其形色苍黄，言语支吾，一看就是怯懦书生，次日便将他释放。
次年三月，《警钟日报》因辱骂德国侵略者被查封，刘师培亦被租界巡捕房通缉，刘师培化名“金少甫”，先避往浙江，不久，又应陈独秀邀请来到安徽芜湖，先后任教于安徽公学、皖江中学。刘师培与在安徽公学任教的陈独秀、章士钊等人以教师身份作掩护，秘密组织了反清革命团体岳王会，培养暗杀人才。
刘师培曾发起编辑乡土教科书活动，他编写了《江苏乡土历史教科书》、《江苏乡土地理教科书》、《安徽乡土历史教科书》、《安徽乡土地理教科书》等教科书，激发国人爱乡爱国、保族保种的热情。
刘师培著有《攘书》，表示“攘除清廷，光复汉族”的决心。
1907年2月，刘师培应章太炎之邀偕同母亲、妻子何震及何表弟汪公权东渡日本，加入同盟会。刘师培很快成为章太炎主编的《民报》的主要作者之一。他在《民报》上接连发表《普告汉人》、《利害平等论》、《悲佃篇》、《清儒得失论》、《辨满人非中国之臣民》等文章，为革命摇旗呐喊。
刘师培的《辨满人非中国之臣民》是为驳斥梁启超所作，当时梁写《满洲为建州卫论》一文，汪精卫曾撰一文驳斥梁，但征引不充，辞气未达。之后，刘师培便撰此文，他在文中详细考证了满人历史沿革，最后得出满族是外夷，与汉族“不独非同种之人，亦且非同国之人”的结论。章太炎读完此文后，赞不绝口：“申叔此作，虽康圣人亦不敢著一词，况梁卓如、徐佛苏辈乎？”
【变节】
1907年，刘师培受章太炎邀请，举家东渡日本。当时，日本社会党内部弥漫一股无政府主义思潮，刘师培结识幸德秋水后，迅速转变成无政府主义者。
到日本三个月后，何震就发起“女子复权会”，创立机关刊物《天义报》，狂热地鼓吹无政府主义。《天义报》宣传介绍无政府主义的代表人物蒲鲁东、巴枯宁、克鲁泡特金、托尔斯泰等人的思想。刘师培也为该报撰稿，他全面介绍了克鲁泡特金的思想，将其概括为“互相扶助说”与“无中心说”。
刘师培曾发表《无政府主义平等观》一文，全面阐发自己的无政府主义思想。
刘师培与章太炎、张继等人组织“社会主义讲习会”，在中国留日学生中宣讲无政府主义。刘师培等人宣传的无政府主义是混杂的，杂糅着国学、启蒙学说、马克思主义和无政府主义思想。
1907年，同盟会中发生了以章太炎为首的“倒孙风潮”，刘师培是章太炎的支持者之一，并由此引发了刘师培对革命党人的极端不满。陶成章说刘师培当时“因见孙文受外贿，心轻之。寻又以与会中办事争权，大恨党人”。刘师培自己也将“变节”的原因归因于对革命党人的“失望”，他说：“东渡以后，察其隐情，遂大悟往日革命之非。”
刘师培对孙中山很是厌恶鄙夷，认为“盖孙文本不学之徒，贪淫成性，不知德为何物”。他曾派日本人北辉次郎、清藤幸七郎与程家柽商量，想雇佣杀手取孙中山项上人头。程是卧底清廷的革命党人，刘师培并不知情，因程将此事告诉刘揆一、宋教仁等人，刘师培的刺杀计划未成功。此后，刘师培痛恨程家柽坏其好事，便指使日本人加藤位夫、吉天三郎把程诱拐到偏僻处痛殴。若不是警察闻赶来制止，程恐已命丧黄泉。但因其脑被击伤，时常疼痛，记忆力锐减。（一说挨打的是刘揆一）
刘师培“外惧党人，内惧艳妻”。对革命党人的失望，对妻子的顺从、与章太炎的反目，最终导致他脱离革命阵营，倒向清廷有名的改良主义者端方。1907年底，由何震出面联络，他作《上端方书》，表示今后“欲以弭乱为己任，稍为朝廷效力，兼以酬明公之恩”，并献“弭乱之策十条”，背叛革命，但他并没有马上与革命党人决裂，而是暗中充当端方暗探。
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