接下来，有人在章太炎的茶壶里面投毒，这便是轰动一时的“毒茶案”。后经调查发现，投毒者为汪公权。事情败露后，东京留日学生界舆论哗然，强烈谴责刘师培夫妇。在此期间，日本政府应清政府的要求，查禁《民报》、《天义报》等报刊。刘师培夫妇在东京的处境很是困难，遂返回国内。
刘师培回国后，致函黄兴称，章太炎曾让他写信给两江总督端方，只要端给两万元，便可舍弃革命宣传，赴印度出家。随信附有章太炎要他与端方联系筹款的五封信的影印件。刘师培此事并非空穴来风，当时章太炎对同盟会内部事务不满，曾想出家，去印度学习梵文。因经费问题，曾先后求助于张之洞和端方，但最后此事作罢。1912年，章太炎在给浙江统一党电报中澄清此事，称当时筹款游印，与革命活动无关。刘师培的信让在巴黎的吴稚辉有了可乘之机，吴立即抓住这个机会，称章太炎早已受清廷收买，扩大孙中山与章太炎的矛盾，致使同盟会由于内讧元气大伤。
章太炎曾想挽救与刘师培友谊，但并未得到刘的谅解。1908年6月1日，章太炎曾致函孙诒让，恳请孙调解他与刘的矛盾。他在信中说：刘师培“与麟同术，情好无间，独苦年少气盛，喜受浸润之谮。自今岁三月后，谗人交构，莫能自主，时吐谣诼，弃好崇仇；一二交游，为之讲解，终勿能济（以学术素不逮刘生故）。先生于彼，则父执也。幸被一函，劝其弗争意气，勉治经术，以启后生，与麟戮力支持残局，度刘生必能如命”。
刘师培出卖陶成章、张恭后，章太炎仍对刘师培抱有希望，他致书刘师培，称其变节是受人诱惑，希望他重新回归革命阵营，但刘师培并未理会。
有学者认为，章刘反目的可能还有学术上的原因。章太炎是清末民初著名的古文经学大师，早已饮誉学林，自视甚高，目无余子；刘师培祖辈三代传经，家学深厚，刘本人也在古文经学上卓然成家，且年少气盛，不肯相下。二人长期频繁交往，可能产生龃龉。
辛亥革命后，章太炎不念旧恶，与蔡元培在上海登报寻找刘师培的下落，可是刘依旧没有理会。
【袍泽】
1903年，刘师培在上海结识陈独秀，二人先后参与了《国民日报》和《警钟日报》的创办。刘师培因考场失意辱骂科举，遭到通缉而逃到上海。陈独秀因在安庆藏书楼发表了爱国演说，被端方通缉潜逃沪上。因有“同是天涯沦落人”相同际遇，又有强烈的反满情绪，二人过从甚密，时时相聚谈说志向。
1903年冬，陈独秀回到芜湖，创办《安徽俗话报》。临行之时，陈独秀送章士钊和刘师培诗云：“勤王革命皆形迹，有逆吾心罔不鸣。直尺不遗身后恨，枉寻徒屈自由身。驰驱甘入棘荆地，顾盼莫非羊豕群。男子立身惟一剑，不知事败与功成。”署名“陈由己”。刘师培深有感喟，在诗下题曰：“由己，由己，由一己所欲。”
回到安徽后，陈、刘书信往来频繁。陈独秀按时将《俗话报》寄给刘师培。陈独秀的朋友何梅士病逝后，陈独秀作《哭何梅士》诗，刘师培将发表在《警钟日报》上。后刘又向陈约稿，陈独秀作《夜梦亡友何梅士觉而赋此》。刘师培收藏了陈独秀此文的底稿，并在稿下戏道：“由己乎？不由己已，不由己已耳，不由己已耳矣！”
刘师培加入蔡元培等人组织“国民教育暗杀团”（即光复会的前身），并与章士钊同向蔡元培举荐“江淮志士”陈独秀。章士钊推荐陈的理由是：“此君志大心雄，有一种不峻之坡弗上的斗志，而且人格甚美，忠于人，忠于事，不乏侠士之风。”刘师培则说：“陈君还是吾报的作者。他重友情，讲信用，在芜湖创办并发行一种白话报，发起的若干人都因困苦及危险而散去了，他一个人还在干，已经支持了好几个月。”
陈独秀与皖江中学体育教员柏文蔚在芜湖成立暗杀组织。《警钟日报》被查封后，陈独秀邀请刘师培到皖江中学任教。不久，刘师培化名“金少甫”赴芜湖。刘师培来到后，往往以光复会的钦差大臣自居，而陈独秀不承认芜湖的组织与上海的组织是下级与上级的关系，刘与陈产生龃龉。
1907年，刘师培、陈独秀先后东渡日本。在日本时，刘师培与章太炎为“攘夺干部职权”，曾想拉拢陈独秀及苏曼殊。但陈独秀认为“光汉”是狭隘民族主义，拒不参与其中。
后刘师培投靠端方，端方入川受戮，刘师培被捕入狱。1912年初，得知刘师培的下落后，陈独秀上书孙中山，义保刘光汉。在给孙的上书中，陈独秀历数刘之功德，以“神经过敏”为之开脱。
1917年，陈独秀应蔡元培之邀担任北京大学文科学长。此时的刘师培身体虚弱，生计维艰，他告知蔡、陈，欲进北大任教。陈独秀、蔡元培不计前嫌，聘请刘师培为北大教授。
1918年，新文化运动蓬勃发展，刘师培执着于旧学，他纠集北大的一班守旧师生，创办《国故》杂志，对陈独秀的《新青年》对垒。
1919年6月11日，陈独秀被捕。次日，病魔缠身的刘师培在夫人何震的陪同下，强撑身体，与北京大学的新旧学者们一起联名上书，请求保释陈独秀。9月16日，陈独秀出狱。卧床不起的刘师培欲前往迎接，终因力所不逮作罢。
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