陈独秀出狱一个多月后，刘师培病情加重，陈多次前往看望。11月10日，年仅三十六岁的刘师培病逝，陈独秀主持了刘的丧礼，并引用康有为诗悼念亡友：“曲径危桥都历遍，出来依旧一吟身。”
【宽宥】
中华民国成立后，章太炎念及旧情，仍旧称赞刘师培“学问渊深，通知今古”，是“国学精湛之士”，欲“保持绝学”，则须爱惜其人。
刘师培入狱后，章太炎顾念刘师培学问精湛，人才难得，作《宣言》曰：“昔人曾云，明成祖‘城下之日，弗杀方孝儒，杀之，读书种子绝矣’。……今者文化凌迟，宿学凋丧，一二通博之材如刘光汉辈，虽负小疵，不应深论。若拘执党见，思复前仇，杀一人无益于中国，而文学自此扫地，使禹域沦为夷裔者，谁之责耶？”
中华民国成立，章太炎与蔡元培联名在《大共和日报》刊登《求刘申叔通信》，寻找刘师培：“刘申叔学问渊深，通知今古，前为宵人所误，陷入樊笼，今者民国维新，所望国学深湛之士，提倡素风，保持绝学，而申叔消息杳然，死生难测。如身在他方，尚望先通一信于国粹学报馆，以慰同人眷念。”得知刘师培下落后，章、蔡又电请南京临时政府设法营救刘师培，孙中山也发电文敦请开释其人，不得苛待之。有了孙中山的保释，刘师培才得以出狱。
刘师培投靠端方，叛变革命，出卖同志，为党人所恨。蔡元培惜其才，极力为之辩护：“刘申叔，弟与交契颇久，其人确是老实，确是书呆！”章太炎也为其开脱：“今者文化陵迟，宿学凋丧，一二博通之才如刘师培辈虽负小疵，不应深论。杀一人无益于中国，而文学自此扫地，使禹域沦为夷裔者，谁之责耶？”
陈独秀在给孙中山的上书中说：“大总统钧鉴：仪征刘光汉累世传经。髫年岐嶷，热血喷溢，鼓吹文明，早从事于爱国学校、《警钟日报》、《民报》等处，青年学子读其所著书报，多为感动。今共和事业得以不日观成者，光汉未始无尺寸功，特惜神经过敏，毅力不坚，被诱佥任，坠节末路，今闻留系资州，行将议罚，论其终始，实乖大法，衡其功罪，或可相偿，可否恳请赐予矜全，曲为宽宥，当玄黄再造之日，延读书种子之传，俾光汉得以余生著书赎罪。……谨此布闻，伏待后命。”
刘师培先是背叛革命，倒向清廷，后又襄助袁世凯称帝，为时人不齿。蔡元培任北大校长后，力排众议，聘请刘师培为中国文学门教授，讲授中古文学、《左传》、《三礼》、《尚书》和训诂学等课程。
关于刘师培到北大任教一事，据与晚年陈独秀来往密切的台静农说：“关于申叔之入北大教授，据我听到的，还是陈独秀先生的意思。当袁世凯垮台后，独秀去看他，借住在庙里，身体羸弱，情形甚是狼狈。问他愿不愿教书，他表示教书可以，不过目前身体太坏，需要短期休养。于是独秀跟蔡先生说，蔡先生也就同意了。”
刘师培变节后，黄侃对其十分鄙夷。刘师培加入“筹安会”，为袁世凯鼓吹帝制时，曾在北京召集学术界知名人士开会，动员黄侃等人拥戴袁称帝。刘的话未说完，黄侃即起身严词拒绝：“如是，请先生一身任之！”说完拂袖而去。但刘师培远离政治，到北大教书后，在北大的黄侃对刘师培再执弟子之礼。章太炎在为黄侃撰写的《黄季刚墓志铭》中说道：“自师培附帝制，遂与绝，然重其说经有法，师培疾亟，又往执挚称弟子。”
刘师培病故后，黄侃作《先师刘君小祥会奠文》悼念老师：“我归武昌，未及辞别。曾不经时，遂成永诀。始闻凶信，以师表哀。……我滞幽都，数得相见，敬佩之深，改从北面。”后又作《始闻刘先生凶信，为位而哭，表哀以诗》也说：“拜辞既歉阙，闻信翻疑犹。”
【玉折】
1919年11月20日，刘师培因患肺结核，医药罔效，病逝于北京，年仅三十六岁。临逝前，他派人把黄侃叫至病榻前，“十分吃力地在枕头箱子里找出一部手抄本递到黄（侃）的手里”，并嘱咐道：“这是我毕生研究得来的音韵学秘本，今天送给你作为临别纪念，望你继承下来，然后把它再传之后代。”
刘师培与妻子何震曾育有一女，不幸夭折，膝下荒凉，身后极为萧条。陈独秀在丧礼上致悼词，总结刘师培一生功过，在场师生无不为之唏嘘。陈独秀最后引用康有为的诗句悼念刘师培：“曲径危桥都历遍，出来依旧一吟身”。
据说，刘师培的遗稿存放在黄侃处；又有说法称，刘的遗稿由何震交给了刘文典。刘师培去世后，其主要著作由南桂馨、钱玄同等人搜集整理，编成《刘申叔先生遗书》。
《刘申叔先生遗书》中并没有收录刘师培交给黄侃的遗稿。到1928年时，黄侃还承认自己藏有刘稿，但到1934年底便“茫无端绪”了。有研究者认为，此时可能与黄侃藏书遭窃有关。“一·二八”事变发生后，黄侃搬迁，仓促中装了八卡车书，运到采石矶暂存，不料被当地居民盗出，当作废纸卖了。有学者猜测，可能刘师培的遗稿也一同被窃。倘若如此，又是学术界一大憾事。
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