钱穆做事特立独行。刚到燕大时，他对学生要求十分严格，批学生试卷时给分十分吝啬，八十五分以上极少，通常只批八十分，大部分在八十分以下，一个班总有几个六十分以下的。他原以为那几个学生可以通过补考过关，不料燕大规定一次不及格就开除，不许补考，从无例外。听说几个学生因为他批的分数过低将要失学，钱穆立刻找到学校当局，申说理由，要求重批试卷，学校一开始以向无先例加以拒绝，经他力争，终于破例让他重判了试卷，让那几个学生留了下来。此后阅卷，给分也就大方多了。
钱穆在燕大教大一、大二国文。他以扎实的国学功底和妙趣横生的演讲，赢得了学生们的肯定和欢迎。但是执教一年后，钱穆终因不适应教会大学的环境，辞职南归了。
钱穆从燕大辞职后，顾颉刚向自己的老师、北大文学院院长胡适推荐钱穆，于是钱穆到北大任教。钱穆在北大讲授通史课，事实性强，不骋空论，有据有识，简要精到，并能深入浅出，就近取譬。如他比较中西文化，喻秦汉文化犹如此室的四周遍悬万盏明灯，打碎一盏，其余犹亮；罗马文化为一盏巨灯，熄灭了就一片黑暗。当时钱穆将通史课的教室设在北大梯形礼堂，面积是普通教室的三倍，“每一堂近三百人，坐立皆满，盛况空前”。课堂之大，听众之多，和那一排高似一排的座位，衬得下面讲台上穿着长衫的钱穆似乎更矮小了。但这位小个儿导师，却支配着全堂的神志。一口洪亮的无锡官话，震撼了在座的每一位学生的心。他对问题往往反复引申，广征博引，使大家惊异于其渊博，更惊异于其记忆力之强。在北大，他与胡适都因以演讲的方式上课而驰名学校，成为北大最叫座的教授之一，在学生中即有“北胡南钱”之说。
王玉哲也在《我和中国上古史》中回忆说：“在北大历史系讲中国上古史课的，是当时古史名家钱穆先生。钱先生讲上古史与别人不同，不是从远古讲起，而是先讲战国，再逆向讲春秋。并且也不是一章一节、面面俱到地讲，而是以学术问题为中心，从发现问题到解决问题，层层剖析，讲得娓娓动听，很能启发人深入思考。”
钱穆在北京大学讲授上古史的同时，又主讲秦汉史，在清华大学、燕京大学、北平师范大学兼课时，也讲授这门课程，深得各校学生的欢迎。据他的学生李埏回忆，1936年下半年，钱穆在北平师范大学历史系讲授秦汉史。当时听者云集，座无虚席，偌大的教室被挤得水泄不通。整个学期，钱穆“从未请过一次假，也没有过迟到、早退。每上课，铃声犹未落，便开始讲，没有一句题外话。他以炽热的情感和令人心折的评议，把听讲者带入所讲述的历史环境中，如见其人，如闻其语”。
钱穆最受学生欢迎的是中国通史，这堂课先后上了八年之久。中国通史课每周两堂，每堂两小时。多安排在下午一点到三点，这时通常是学生最疲倦的时候，他却能把枯燥的历史课讲得生动迷人，成了最吸引人的课，除了北大学生，其他高校学生也慕名前来旁听。人一多不得不从小教室换到大教室，“每一堂将近三百人，坐立皆满。”（《师友杂忆》）有的人一听就是四年。其中有一个姓张的学生从北大一直听到西南联大，总共听了六年之久，可见其吸引人的程度。钱穆也被学生评为北大最叫座的教授之一。
当年在北大有三个教授在学生中十分有名，被人称为“岁寒三友”。“所谓三友，就是指钱穆、汤用彤和蒙文通三位先生。钱先生的高明，汤先生的沉潜，蒙先生的汪洋恣肆，都是了不起的大学问家。”
1937年“七七事变”后，日军全面侵华。八九月间，日军进占北大校舍。北方各高校纷纷南迁，北大、清华、南开三校合并，在长沙组成临时大学。钱穆将历年讲授中国通史增删积成的五六厚册笔记装入衣箱底层夹缝，在十月与汤用彤、陈寅恪等人南下长沙，开始了抗战时期流转西南八年的学术生涯。与在北大时期一样，钱穆在西南联大主讲中国通史，也吸引了大批学生。他的《国史大纲》新义迭出，创见尤多，被定为全国大学用书而一纸风行。所以内迁西南的各个高校都纷纷请他讲学。
钱穆对顾颉刚一直抱有知遇之恩。在抗战时期，顾颉刚在成都借齐鲁大学设立国学研究所，希望钱穆任主任，钱遂离开西南联大，于1940年到成都协助顾。虽然研究所所处的成都赖家园僻处乡野田间，但钱穆认真讲授，培养了严耕望、方诗铭等历史学家。
钱穆之离开西南联大，自然是由于顾颉刚的邀约，但也与那时校园的激进空气有关。钱穆自述：“自余离开联大以后，左倾思想日益嚣张，师生互为唱和。闻一多尤为跋扈，公开在报纸骂余为冥顽不灵。……凡联大左倾诸教授，几无不视余为公敌。”
钱穆教作文的方法很有趣。他认为，作文就是说话，口中如何说，笔下就如何写。出口为言，下笔为文。他要求学生想说什么如实写下即可，遇到不认识的字，可以随时提问。一天下午，钱穆要求学生做作文，作文题目为《今天的午饭》。学生的作文交上来以后，钱穆选择一篇写得好的抄在黑板上。这篇作文结尾是这样写的：“今天的午饭，吃红烧肉，味道很好，可惜咸了些。”通过这篇作文，钱穆告诉学生，说话、作文要有曲折，要有回味的余地，就像这篇作文的最后一句：“可惜咸了些。”
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