事与愿违为立太子的事，万历和他的全体朝臣相对抗，谁也压服不了谁。这使万历大伤脑筋，也大为恼火。后来赌气采取了跟大臣们消极对抗的办法，从此不再上朝。幸而官僚制度还起作用，就是没有皇帝，内阁及部府仍然照常工作。有事呈奏上去，皇帝不批，就等于默许，便照章办理。谁再上本说立太子的事，他就“留中”，让那疏文自动作废，外间就无法知道真相了。
直到万历二十九年，万历已经四十岁了，再不立太子，如果他一旦殡天，朝廷非大乱不可，于是决定册立太子了。
郑贵妃却没有忘记当年皇帝立下的誓言，她从玉盒中取出当年万历皇帝写下的手谕，却不料手谕放置多年，早已经被虫蚁咬坏了，尤其是写着“朱常洵”名字的地方更是被蛀成一堆碎屑，在手谕正中开了一个大洞。迷信的万历皇帝不由惊叹说：“看来这真是天意啊！”他至此终于死了“废长立幼”的心思，不久就下旨立长子朱常洛为皇太子，皇三子朱常洵则被封为福王，终于结束了这场旷日持久的“国本”之争。
这“玉盒密约”不但没有使他如愿的立爱子为皇太子，反而还使他下定了立长子的决心，这恐怕是他当年立下誓言时无论如何也想不到的。妖书案《忧危竑议》作为一本影响了明代江山的书籍，可以算是千古一书。
国本之争万历皇帝在位时，皇后王氏没有子嗣，立长子朱常洛还是立郑贵妃的儿子朱常洵就成了朝廷和宫中争论的中心。这场争论持续了数十年，一直困扰着神宗万历年间的后宫和朝政。这就是万历年间有名的国本之争。这场国本之争牵连甚广，宫妃美人和朝野百官无不置身其中。围绕着所谓的皇储国本，各种势力一次次地重新分化组合，明代的门户之祸便是从这里兴起，并泛滥成灾。这场国本之争的中心是神宗的爱妃郑贵妃和她的儿子朱常洵，其高峰和热点便是《忧危竑议》案，也就是所谓的“妖书案”，它把满朝大臣都卷入了空前纷乱的党争漩涡。
事情的起因是刑部左侍郎吕坤写了一本叫《闺范图说》的书，书中以图解的方式记载了历代一些贤德女人的故事。这本书被郑贵妃的心腹郑国泰看到，觉得这是一个讨好皇帝和贵妃的机会。于是他就把这本书重新翻刻，又加上了后妃的传记故事，并把郑贵妃也明目张胆的列了上去。这本来只是郑国泰拍马屁的手段，但是在这个选立太子的敏感时期，却成了党争攻击的对象。科臣戴仁衡和全椒知县樊玉衡接连上书，弹劾吕坤和郑贵妃。郑贵妃坐镇后宫，耳目很多。她得知戴、樊二人的进奏，泪如滚珠，在神宗面前哭诉。神宗哪里受得了这个？立即下旨，将戴、樊二人治罪，一同削籍戍边。郑贵妃这才稍感欣慰。吕坤、郑国泰等也略松了一口气。
浮出水面事情好不容易平息下来，京城中却忽然秘密流传了一种仿照（（闺范图说》所作的书，叫做《忧危竑议》。也不知这本书的作者是谁，书中援引了历代嫡庶废立的故事，矛头直指郑贵妃，说她刻书的目的是为了“夺嫡”，为自己的儿子立为太子作舆论宣传。一时之间，朝野上下闹得沸沸扬扬。郑贵妃的党人马上站出来指责，这本《忧危竑议》是支持戴仁衡和樊玉衡，阴谋反对皇帝和贵妃的大臣所作，并列举出了长长的参与写书的大臣名单。万历皇帝本来就对这件事非常愤怒，郑党再这么火上浇油，再加上郑贵妃不断在他身边委屈哭诉，万历大发雷霆之怒，把名单上的大臣罢职的罢职，贬谪的贬谪，罚俸的罚俸，都进行了严厉的惩罚。一时间，反对郑贵妃、语侵后宫的朝臣作鸟兽散，他们或被贬职，或被夺俸，或被远流戍边。他们既没有辩解的机会，又不可能申诉。这场《忧危竑议》案便疑云重生，不知道其真相究竟如何？是真的出自反郑派朝臣伪造？还是郑贵妃故意抛出此书，借此将反对派一网打尽，以封住众口，早日结束这场争议？不论这场疑案的真相如何，但此案一出，对郑贵妃确实是极为有利。后宫自此平静了两年，国本之争也因此有所缓和。
到万历二十九年，万历皇帝已经四十岁了，立太子的事再也不能拖延，万一哪天皇帝突然驾崩，却没有明确的皇位继承人，天下将因此而大乱。经过与群臣十五年的马拉松似的对抗，万历皇帝感到疲累绝望了，他终于同意册立皇长子朱常洛为太子，并于这年的十月十五日举行了册封仪式。国本之争到此似乎应该完全结束了。但事情的发展却出人意料，围绕国本之争的党争不但没有随着太子的确定而消失，反而有愈演愈烈之势。
《续忧危竑议》
太子册立以后，没有平静两年，一本托名“郑福成”写的小册子《续忧危竑议》就突然之间冒了出来，而且很快地就在京师流传开来，一夜之间就传遍了宫门街巷。此书以问答体写成，说皇上册立朱常洛为太子是出于不得已，还说郑贵妃与一些大臣勾结，欲废朱常洛另立自己的儿子为太子。整篇文章用词闪烁诡妄“郑福成”的托名，也蕴含了“郑氏”的儿子“福王”朱常洵“当成”的意思，人称“妖书”。万历一见此书，当即怒斥为“胡闹”，命锦衣卫速速查办，一下子掀起了一股滥捕之风。许多人借此发泄党争仇隙、个人恩怨。这个与同僚不和，便说妖书是同僚搞的，哪个人看别人不顺眼，就报告说他是“妖人”；连和尚、医生都被抓了起来，一时廷狱人满为患，京城人人自危。万历皇帝也被弄得焦头烂额，不明就里。当时的内阁首辅大学士沈一贯也是郑贵妃的人，他一向善于排斥异己。他与次辅沈鲤一向不和，沈鲤以前曾经做过万历皇帝的侍讲官，入阁以后也很受器重。他的门人弟子郭正城这时正在做东宫侍讲，也很受太子朱常洛的信任和尊敬。此时“妖书案”一出，沈一贯马上抓住机会，上奏说沈鲤勾结党人，反对朝廷，希望皇帝严惩沈鲤等人。
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