布政使司区划之下，简化为府（或直隶州）、县（或属州）两级，分设知府、知州、知县为长官，均由朝廷任免。县以下划分为里甲，凡110户编为一里，设里长主管钱粮之事，里甲主管差役派征之事，里书主管税粮等事。里下设甲，一甲10户，轮流充任甲长。城镇都市中则分坊、厢，有坊长、厢长。里、甲、坊、厢长皆由官府指任或选派。明朝由此形成了由中央到地方十分严密的统治网，有效地将臣民百姓控制在网中。
废置行中书省后，地方军、政、财及监察司法诸权悉收归朝廷，皆集中于中书省，于是作为总领中书省的丞相之权益发膨大，这与朱元璋的本意相悖，君权与相权的矛盾随之突出，且日趋尖锐。朱元璋认为丞相的设置弊端尤甚，“自秦以下，人人君天下者，皆不鉴秦设相之患，相从而命之，往往病及于国君者，其故在擅专威福”②。出于这种考虑，洪武十三年（1380），朱元璋以“谋逆”之罪，将专肆威福，招权纳贿，生杀黜陟，不奏径行的左丞相胡惟庸处死。旋即下令罢废中书省，罢丞相一职不设，而将中书省及丞相之权分属于六部，而令六部尚书直接对皇帝负责。由此形成朝廷内外权力高度集中于皇帝一人的统治格局，自秦朝以来千余年的宰相制度，自隋唐以来沿袭700余年的三省制度，终于结束于朱元璋之手。朱元璋还把废除丞相作为“祖训”，告诫子孙后代：“以后嗣君，其毋得议置丞相。臣下有奏请设立者，论以极刑”③。宰相制度的废止，标志着中央专制集权统治的高度强化。
丞相罢置之后，朱元璋又对监察机构——御史台进行改革。洪武十五年（1382），改御史台为都察院，“职专纠劾百司，辨明冤枉，提督备道，为天子耳目风纪之司”④。都察院设左右都御史、左右副都御史、左右佥都御史，以及十三道（一布政使司为一道）监察御史，分掌十三道，监察、检举各级官吏的不法行为。朱元璋赋予都察院极大的权力，“凡大臣奸邪、小人构党、作威福乱政者，劾。凡百官猥茸贪冒坏官纪者，劾。凡学术不正、上书陈言变乱成宪、希进用者，劾。遇朝觐、考察，同吏部司贤否陟黜”⑤。尤其是监察御史，虽只是正七品官，却“主察纠内外百司之官邪，或露章面劾，或封章奏劾”⑥，权力极大。朱元璋此举旨在以小制大，以内制乱。此外还专设六科给事中，以稽察六部百司之事，成为专事六部的监察机构。理刑审狱时，都察院须和大理寺、刑部共同进行，合称“三法司”，避免“专于一司”的弊端。
军队建置。朱元璋于洪武初置大都督府，由大都督节制中外诸军。洪武十三年，又改大都督府为中、左、右、前、后五军都督府，然只掌兵籍、军政，不能直接统领军队。选授军官之权则由兵部掌管，而调遣、发兵指挥权则握于皇帝手中。军队的编制为卫所，“自京师达于郡县，皆立卫所”⑦。大体每卫5600人，置指挥使统领。每卫下辖5个千户所，每千户所1120人，置千户为指挥官。每千户下辖10个百户所，每百户所112人，长官为百户。其下设二总旗，每总旗下辖5小旗，每小旗10人。府县各卫归各布政使司的都指挥使司管辖，其上归统于五军都督府。军士另立“军户”之籍，且世袭，不得随意脱籍。每逢征战，由皇帝下旨，兵部佥发调兵之令，都督府长官则奉命统卫所兵出征。战事结束，总兵归还将印，兵士返归卫所。军制上的改革，极大地加强了皇帝对军队的控制。
朱元璋分置行政、监察、军事机构，使之各自相对独立，不相统摄，却互为制约，其目的正在于“我朝罢丞相，置五府、六部、都察院、通政司、大理寺等衙门，分天下庶务，彼此颉顽不敢相压。事皆朝廷总之，所以稳当”⑧。由此将朝廷内外大权独操于皇帝一人手中，专制主义中央集权因此得以空前强化。
与此同时，朱元璋还在其它方面采取了诸多的加强专制统治的措施。洪武三十年（1397），正式颁行《大明律》。《大明律》前后经历20多年，其间朱元璋曾亲自裁酌，有过三次大的修订。律文计30卷，460条，分为吏律、户律、礼律、兵律、刑律、工律，内含五刑、十恶、八议各款。《大明律》简赅，然严酷无比，充分维护了君主集权的利益和需要。在此之前的洪武十八年（1385），朱元璋曾亲自编撰并颁行《大诰》，之后又颁行《续篇》和《三篇》。洪武三十年，从中择重选出有关条例，附为《大明律》例。其中汇集有惩治官民贪赃受贿、侵吞税粮、偷逃赋役、流亡逃匿等案例和凌迟、枭示、族诛等重刑。这些法典的颁行，体现了朱元璋“治乱世，用重典”的治国之术。他要求“一切官民诸色人等，户户有此一本”，“臣民熟视为戒”⑨，甚至规定《大明律》和《大诰》要作为学校的必修课程，师生必须背诵。这从法律上确定了君主的绝对权威。
为了稽查臣僚及百姓中的违法行为，特别是威胁自己皇权地位的言谈举止，朱元璋更采取公开的恐怖措施。他于即位前后，曾派遣心腹或检校、佥事等下级官吏，侦察、打探臣僚暗地的言行，及时上报。洪武十五年（1382），改而设立锦衣卫，置锦衣卫指挥使，下属南、北两个镇抚司，除负责侍卫、缉拿盗贼奸宄外，还“察听在京大小衙门官吏不公不法及风闻之事，无不奏闻太祖知之”⑩。锦衣卫镇抚司设有法庭和监狱，可随意捕人、审讯，所用酷刑，如刷洗、抽肠、剥皮、锡蛇游等，多达数十种。锦衣卫的设置，有效地强化了君主对臣僚、百姓的控制。
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