朱允炆即位，是为明惠帝，改元建文。尽管有朱元璋的遗诏不许诸王“入临、会葬”，但燕王朱棣仍直奔京城建康江苏南京），朱允炆闻讯后，立刻派人持敕，令朱棣返回燕（今北京），对此朱棣十分不悦。
其时，镇守北部边疆的诸王已有很大的权势，宁王朱权甲八万，革车六千”⑨。燕王朱棣更握有“节制沿边士马”⑩的重权。朱允炆对这些皇叔们忧心忡忡。建文元年（1399）正月，朱允炆即位不久，燕王朱棣即遣长史葛诚放朝奏事。朱允炆遂向葛诚密问燕王府之事，葛诚如实秉告，且派他返回燕王府，作为内应。葛诚回到燕王府，朱棣见他神色不对，心中不免作疑。随即朱棣亲自人朝，他自恃皇叔身份，径直走皇道入宫，登陛不拜。监察御史曾风韶弹劾其不敬，户部侍郎卓敬也密奏，以燕王“智虑绝人”，建议将他徙封至南昌，但都被朱允炆以“骨肉至亲”，婉言拒绝。朱棣察觉到朝廷对自己怀有贰心，回燕王府后，便托辞患病，以观事态的变化。
建文帝朱允炆以兵部尚书齐泰、太常卿黄子澄同参军国事。齐泰、黄子澄以诸王权势过大，恐难驾驭为由，力主削藩。“帝欲先图燕。子澄曰：‘不然。周、齐、湘、代、岷诸王，在先帝时尚多不法，削之有名。今欲问罪，宜先周。周王，燕之母弟，削周是削燕手足也。’”于是洪武三十一年八月，朱允炆下令废周王楠为庶人。建文元年（1399）四月，湘王柏惧罪自焚死，代王桂有罪，废为庶人。六月废岷王十匣为庶人，徙漳州。朝廷削藩之举，引起诸王的恐慌与不安，燕王朱棣更是心神不定。
不久，燕王府护卫百户倪谅上奏朝廷，密告燕王府官校谋反。朱允炆为此下诏责问朱棣。朱棣闻讯，遂“佯狂称疾”，以此掩盖其野心。齐泰等人侦得朱棣有谋反之意，便请朱允炆下诏，逮捕燕王府官属。齐泰等人还密令北平左布政使张呙、都指挥使谢贵占据燕王府，又约葛诚、指挥卢振为内应，且令北平都指挥张信捕捉朱棣。不料，张信将此事秉告朱棣，朱棣立刻令护卫指挥张玉、朱能等将领统800名壮士入卫燕王府。
七月，张呙、谢贵等指挥兵士围攻燕王府，索要官属，飞矢直人府内。朱棣与张玉、朱能等人商议，决定设计除掉张呙、谢贵。未几，朱棣称病愈，登东殿，而令壮士设伏于左右及端礼门内。遂派官持官属名册前往张呙军中，约其入府。待张呙、谢贵入殿，乃持之斩杀。围攻王府的张呙、谢贵所部闻讯，溃散而去。次日，燕王朱棣誓师，以“朝无正臣，内有奸恶，亲王训兵待命，天子密诏，诸王统领镇兵讨平之”的祖训为据，以“清君侧”为名，上书请诛齐泰、黄子澄。朱允炆见此上书，下诏削夺朱棣属籍。朱棣遂举兵，自置官属，其军号为“靖难”。
朱棣起兵后，以部将郭资戍守北平（今北京），乃举兵拔居庸关，破怀来，取密云，以稳定和巩固大本营。仅20天，朱棣所部已达数万人之多。在燕王“靖难”军的进攻下，北平附近州县纷纷倒戈，投降朱棣。
得知朱棣据北平反叛，朱允炆于八月任命长兴侯耿炳文为大将军，驸马都尉李坚为左副将军，都督宁忠为右副将军，率大军北伐燕王。同时部署其他将领各统偏师步骑，数路并进，号称百万大军，约定行程日期，直捣北平。同时传檄山东、河南、山西三省供给军饷。不久，耿炳文所部与靖难军战于真定（今河北正定）。朱棣避实就虚，趁中秋之夜官军饮酒作乐之机，渡白沟河，破雄县，之后大败耿炳文所部。耿炳文逃人真定城中，闭门固守。靖难军攻城三日不克，还师北平。
官军败北，朱允炆大怒，又改命李景隆取代耿炳文，继续统兵平定燕王之叛。又令辽东江阴侯吴高等领兵围攻永平（今河北昌黎西北）。朱棣留下少量兵将坚守北平，自己亲统大军救援永平。吴高怯懦，不敢应战，退保山海关。李景隆自恃兵多将广，率部直攻北平丽正门。守城将士及城中百姓奋力拒守，多次击退官军进攻。朱棣得知李景隆率兵攻北平，便回师以奇兵左右夹击，李景隆力不能支，被靖难军连破七垒，只得连夜逃遁。所部闻讯，纷纷丢弃兵甲、粮草，慌忙南逃。
李景隆兵败，黄子澄却藏匿不报。待朱允炆风闻察问，黄子澄仍借口天寒，士兵冻馁暂退德州（今属山东）。同时派人密告齐泰不得泄露失利之事。朱棣又上书陈述道理，并以诛齐泰、黄子澄传檄天下。迫于形势的压力，朱允炆只好罢免齐泰、黄子澄的官职，但仍旧依靠二人“筹划治兵”。朱棣得知李景隆虽然兵败，却于德州集结兵力，企图等明年春天，再攻北平，遂于建文二年（1400）正月，先发制人，率兵攻占蔚州（治今河北蔚县西南）。四月，于白沟河再度大败李景隆军。五月入德州，随后兵围济南（今属山东）。李景隆逃人济南后，据城固守，靖难军久攻不下，便引水灌城，亦不克。
九月，朱允炆再遣大将军盛庸总领平燕大军北伐。朱棣派兵袭击沧州（今属河北），俘都督徐凯。然而十二月，靖难军于东昌（今山东聊城）败于官军，张玉被斩，靖难军溃败而逃。张玉阵亡，令朱棣悲痛欲绝。而朱允炆以官军大捷，诏复齐泰、黄子澄官，仍领军国事。
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