这次出击，明朝廷派遣精兵强将，却以基本失败而告终。朝廷意识到消灭残元势力并不是一件简单的事，就变为以防御为主的战略。
明朝进军辽东与云南的战争胜负情况如何灭掉夏政权之后，明朝就着手准备消灭云南的元梁王把匝刺瓦尔密和东北的纳哈出这两股势力。二者均沿用元朝年号，遵从元宗室的命令，各据一隅之地以对抗明廷。尤其是纳哈出，占据着地理位置十分重要的辽阳（治今辽宁省境内的大部分地区），与元朝遗臣和地方军政官员联合在一起，形成一股强大的抗明势力，直接威胁到明王朝北方的安全。由于云南离蒙古本部较远，势单力孤，易于攻取，太祖就先集中兵力攻取云南，然后又挥兵东北。
云南的残元势力大致分三个系统，以直属于元朝皇帝的元梁王为主。明太祖洪武五年（1372）至十四年八月期间，明朝廷不断派遣使臣招降元梁王，但始终未能成功。多次招降不成后，太祖于十四年九月派傅友德率军三十万攻取云南。明军一路攻城略地，曲靖（今云南曲靖）、昆明（今云南昆明）、大理（今云南大理）等地相继被攻下，元梁王自缢而死。十五年闰二月，云南各地全部归顺。此后，明朝廷派沐英统兵镇守云南。
平定辽东用了近二十年的时间。洪武二三年间，明廷多次招降，但纳哈出都不予理睬，以拥兵数十万为恃，与明军对抗。其后多年中，纳哈出不断袭击边疆，给明王朝造成严重威胁。在这期间，明廷逐步招降辽东的其他残元势力以孤立纳哈出，又创建粮饷供应基地，为攻取辽东做了充分准备。洪武二十年（1387）正月，太祖派冯胜、傅友德等人率军二十万北征，明军集结于通州（今北京通州），进逼纳哈出，又派降将乃刺吾（原纳哈出部下）继续劝降。三月，纳哈出见明军压境而己方军心涣散，知道大势已去，于是率二十万余众归降明朝。明朝以有征无伐的方式平定辽东，肃清了元朝在辽东的残余势力，也完成了统一全国的大业。
建文帝是怎样当上皇帝的太祖开创明朝之后，为立储建嗣之事颇费心思。最终，他确定了“立嗣以嫡不以长，立嫡以长不以贤”的原则。洪武元年（1368），太祖立嫡长子朱标为太子。洪武二十五年，朱标不幸早逝。按理，下一个继承人应是朱标的长子，但其长子早夭，第二子朱允炆（1377～1402）便居长了。朱标死时，朱允炆年仅十岁。为了不引起皇位之争，太祖立其为皇太孙。
太祖共有二十六个儿子，除太子和早夭的幼子外，都被封为亲王。这些亲王都是朱允炆的叔父，他们手握重兵，对皇位虎视眈眈，根本不将朱允炆放在跟里。尤其是燕王朱棣，雄才大略，英毅殊众，深得太祖的器重和信赖。朱允炆聪颖好学，为人仁厚孝友，太祖虽然非常喜爱，但对其优柔寡断又深感遗憾，为此，他曾一度有易储之心。朱允炆最终能够登上皇位，除了有一帮大臣力保之外，也与其仁厚的性格有关。太祖为了让他得到锻炼，常常让他学习律法，熟悉政务。当时太祖的统治十分严酷，朱允炆则以宽大辅之。他阅读《名例律》时，认为所订过于严苛，要求改订五条，受到了太祖的称赞。他说：“申明刑法，不过是为了辅助教化，凡律例中涉及五伦的，都应当适当地修改，以顺乎人情。”于是他便考《礼经》，参以历朝刑法，又改订了七十三条。他处理刑狱过程中表现出来的才智也让朱元璋颇感欣慰，说：“太孙不但仁德，而且明断。我可以无忧了。”
洪武三十一年（1398），太祖辞世。根据遗诏，朱允炆做了皇帝，改元建文，史称建文帝，即惠帝。
建文帝为什么要采取削藩政策太祖朱元璋建国之后，大封诸子为王，认为这样就可以“外卫边陲，内资夹辅”。他将二十四个儿子一个从孙（朱元璋兄之孙）分封在全国要害之地，想要他们辅佐王室。这些亲王权力很大，除了享受很高的待遇之外，还可以带兵，特别是北方边境地区的亲王，在与北元的军队作战时，还可以节制诸军。例如燕王朱棣曾被授予“节制沿边士马”的大权，统帅边防军防御元朝残余力量，还多次领兵出塞，深入蒙古草原，立下赫赫战功。
诸王领兵，确实对明初边防起过重要作用，但也留下一层隐患，那就是藩王们拥有久经战阵的精兵锐旅，如宁王有甲兵八万，燕王拥劲卒十万，这些兵力由藩王自行调遣，对皇权造成直接威胁。尤其是太子朱标死后，这些手握重兵的亲王无不觊觎皇位，不将皇太孙朱允炆放在眼里。朱允炆感到问题的严重，深以为虑。一天，他在皇宫的东角门与侍读太常寺卿黄子澄谈到这件事情。他说：“各位叔父都拥有重兵，他们不驯服，应该怎样对付？”黄子澄举了汉朝平定七国叛乱的例子，说道：“诸王拥有的护卫兵权仅仅够保卫自己。如果他们发动叛乱，朝廷派大臣加以镇压，他们是无法抗拒的。汉朝的七国并非不强，最后都失败了，不仅由于大小强弱的力量对比，也由于他们的行为违背礼法，朝廷镇压名正言顺。”朱允炆说，有这样的先例，我就放心了。
建文帝登基后，与分封各地的诸王王权之间的矛盾迅速尖锐。建文帝听从兵部尚书齐泰和太常寺卿黄子澄的建议，想要通过剥夺诸王的权力巩固统治。而诸王都是建文帝的叔父，拥兵专制，雄据一方，甚至有“问鼎”之心。皇权与王权之间的冲突无法调和，终于兵戎相见。
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