张居正的政治思想，主要是讲“综核名实”，就是“凡事务实，勿事虚文”⑧。他认为“天下之事，极则必变，变则反始，此造化自然之理也”⑨，痛斥那些墨守成规的人是“腐儒不达时变”。他主张“尊主权，课吏职，信赏罚，一号令”⑩，目的是要加强中央集权。因此，他改革的主要内容是：一、整顿吏治，讲求实效。张居正认为，吏治的好坏，直接影响到国家机器能否正常运转。嘉靖、隆庆年间政局混乱，其症结在于吏治腐败，名实不符。官僚们或“大言无当者，以虚声窃誉；倜傥伉直者，以忤时难合；而脂韦（圆滑阿谀之意）逢迎者，以巧宦（善于钻营趋奉）取容”。他还认为，造成明中叶以后农民起义的原因是政治腐败，官吏贪残，所谓“吏不恤民，驱民为盗，此皆酿祸之根”。为此，张居正主张整顿吏治，裁汰一批因循苟且的官僚，奖励一些“急功进取”的官吏。他在执政伊始，就奏请神宗实行考成法。他在上给神宗的奏疏中说：“盖天下之事，不难于立法，而难于法之必行；不难于听言，而难于言之必效。若询事而不考其终，兴事而不加屡省，上无综核之明，人怀苟且之念，虽使尧舜为君，禹皋为佐，亦恐难以底绩而有成也。”考成法规定，吏、户、礼、兵、刑、工六部及都察院对于各项章奏，都应立即转各有关衙门执行。转发前，“俱先酌量道里远近，事情缓急，立定程期，置立文簿存照，每月终注销”。此外，另立两本文簿，一本送六科备案，由各科查核执行情况，任务已执行者在册上注铛，未按规定执行者则纠举上奏；一册送内阁查考，如果发现六科所报有容隐欺蔽者，则加以举奏。这样，对于应办之事，从内阁到六科，从六部到各衙门，都做到心中有数，层层考成，做到“月月考，岁有稽，不惟使声必中实，事可责成，而参验综合之法严，即建言立法者，亦将虑其终之罔效，而不敢不慎其始矣”。
按照明朝的祖制，一切行政事务，分属吏、户、礼、兵、刑、工六部，各部行政长官有尚书、左右侍郎。同时又有吏、户、礼、兵、刑、工六科，各科有都给事中、左右给事中、给事中。尚书是二品，都给事中只有七品，但是对于六部有封驳、纠劾之权，六科实际上是六部的监察机关。内阁本来是皇帝的秘书处，事实上不负行政责任，更谈不上监察责任。实施考成法之后，居正以内阁控制六科，就从立法上扩大了内阁作为中枢机构的权限，这不能不说是一创举。考成法实施后，对于贯彻朝廷政令，特别是在整理赋税方面，产生的影响最大。与此同时，张居正对于用人行政方面，也针对当时存在的弊端，提出了一些改革意见。他提出今后用人，应当“但问功能，不可拘资格”，苟“非贪婪至无行者，尽可随才任使”。万历二年（1574），为了纠正当时存在的“官不久任，事不责成，更调太繁，迁转太骤”的消极效应，张居正又推行了内外官久任法。规定：知府、知县六年一迁，其间如发现某人不宜任某官，某官不宜在某地的，抚、按官可量行更替；各省布政使、按察使三年一迁；中央科、道、部、曹六年一迁。这样，“藩（布政使）、臬（按察使）、守、令皆得自展”，努力尽心本职工作。他还主张慎选地方官吏。他说；“守令者，亲民之吏也。”请求皇帝“勒下吏部，慎选良吏，牧养小民，其守令贤否殿最。惟以守己端洁，实心爱民，乃与上考称职，不次擢用。若但善事上官，干理簿书，而无实政及于百姓者，虽有才能干局，止于中考，其贪污显著者，严限追赃，押发各边，自行输纳，完日发遣发落”。经过一番整顿，万历初年吏治情况大为好转，中央政令，一经发出，“虽万里外，朝下而夕奉行”。
在职官方面，明朝在永乐十九年（1421），迁都北京后，南京仍保留六部诸寺，但多半角同虚设。嘉靖、隆庆年间曾开始裁革。万历三年（1575），在张居正的主持下，朝廷下令：此后南京官员出缺，非紧要者不必一一推补。经过九年的裁革，除了有名望的大官和必须的属员以外，凡冗滥者皆裁汰之。这些都是居正任内的成绩。
二、严肃法纪，信赏必罚。张居正在奏疏中一再强调“刑赏予夺，一归之公道”，“法所当加，虽贵近不宥，事有所枉，虽疏贱必申”，又说，“有功于国家，虽千金之赏，通侯之印，亦不宜吝；无功国家，虽嗍笑之微，敝祷之贱，亦勿轻予。”张居正说到做到。世袭云南总兵官黔国公沐朝弼作恶多端，擅杀无辜，兵部三法司会议认为法应处死。但其始祖三世，皆大有功于国家，朝廷曾送给铁券，子孙许免一死，非有反逆实迹，应稍从宽宥，待以不死。张居正根据上述情况，拟旨“沐朝弼屡抗明旨，作恶多年，擅杀无辜，情罪深重。本当依律处死，但念元勋世裔，姑从轻，着革去冠带为民，押发南京随住”。万历七年（1579），神宗援引武宗和世宗朝的成例，命文书官邱得用，口传圣旨，进封他的岳父王伟为伯爵，吩咐内阁拟旨。居正无从拒绝，他说：“既有正德以后事例，王伟中宫至亲，臣等不敢抗违”。但是他指出：“臣等恭照圣祖定制，公侯伯爵，非有军功，不得滥封。”他又提到嘉靖八年，世宗曾诏廷臣会议外戚封爵事理，诸臣议称：“祖宗之制，非军功不封。夫爵赏者天下之爵赏，人主所恃以励世之具也。今使椒房之属（指外戚），与有大勋劳之人，并享茅士（指封爵），非所以昭有功，劝有德也。今除已封见任者，姑准终身外，此后凡皇帝、驸马、俱要查照祖宗旧制，不许夤缘请封。”申明王伟的爵位只能终其身，子孙不得世袭。直到居正身后，这个限制才被撤销。
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