光宗皇帝死于即位第30天凌晨。由于死得突然，当时并无大臣守卫在侧。李选侍与心腹太监李进忠（即魏忠贤）密谋，企图挟持即将登位的皇长子、年方十六岁的朱由校据干清官，以操纵朝政。移时，阁臣方从哲、刘一燥、韩火广，尚书周嘉谟以及张向达、杨涟、左光斗等前往哭临（即向遗体告别）。至干清官内，遭侍卫内监持梃拦阻。经杨涟怒喝，始入。哭临毕，请见皇长子。皇长子被李选侍藏于暖阁不得出。廷臣问“皇储安在？”众内监不答。惟王安近前悄声告以实情，并拉皇长子出。廷臣一见皇长子，立即高呼“万岁”。左右挟住，出宫门登上御辇。此时官内仍不断传出“哥儿回来”之声。李进忠等内侍几次追赶出来，企图夺下皇长子。刘一爆靠紧御辇疾行，护送皇储到文华殿。在此等候的群臣拜呼“万岁”，当即把皇储先行立为东宫，暂住慈庆事内。至此群臣一方与李选侍一方的斗争已先胜一局。
群臣议定于初六日拥戴朱由校登极，登极则必先腾出干清官，于是诸臣纷纷上疏要李选侍从速离宫。其中，御史左光斗之疏曰：“选侍既非嫡母，又非生母，俨然尊居正宫，而殿下乃退居慈庆，不得守几筵，行大礼，名分谓何？选侍……其人，岂可以托圣躬者……”
李选侍其时正与李进忠谋划对策。直拖至九月初五日即新天子登基前一天，群臣愤怒已极，纷纷至干清官门外，高声呼喊，要李选侍迁出，声彻大内。李选侍慑于群情汹汹，不敢再拖，匆匆忙忙，于当日离开干清官，迁往仁寿殿暂住。次日，皇长子朱由校得以如期即位，且住进乾清宫。移宫一事，奎此似可了结，然由于搬迁时间太紧，竟又生出种种枝节，遂使移宫一事终又成为移宫一案。
由于搬迁时间过于紧迫，迁出时甚为混乱。当李选侍移宫之际，太监王安等从中恐吓。李选侍惶恐，未能等及侍从相助，手抱八公主，徒步以行。凡簪珥衾绸之物，俱为群阉掠夺。“内阉李进忠、刘朝、田诏等乘机窃盗内帑，据为已有。有人因怀藏金宝沉重，跌倒于乾清宫外，金宝撒满地上，暴露出偷盗之行为。当时被捉获者有内侍刘逊、刘朝、田诏等人，后陆续捉到者有王永福、姚进忠、姜升等多人，皆李选侍的近侍。
对乘乱盗取内府秘藏一事，新天子熹宗朱由校愤怒之极。传谕交刑部严办。被捕诸内侍到刑部，上下打点，非但无罪，而且散布流言，进行反击，曰：新皇帝待先朝妃嫔太薄。李选侍的侍人、内监，一旦失势，亦甚不满，对此着意渲染，沸沸扬扬，甚而传出李选侍投环自缢、皇八妹投井自杀的传闻。于是御史贾继春上书内阁，责备阁臣于新帝即位伊始，即导之以违忤先皇，逼逐庶母，结尾又曰：“玉体未寒，爱妾奠保，忝为臣子，夫独何心！”给事中周朝瑞等迎头痛击痛骂贾继春为奸党。贾继春又上疏反击，疏中有“伶仃之皇八妹，入井谁怜！孀寡之未亡人，雉经莫诉”等句，把外间传闻以骈句加以宣扬，传诵一时，成为各句。最后，才即位的熹宗不得已亲自出面，降敕谕说明移宫原委。杨涟亦有《敬述移宫始末疏》一文。事实真相方得以大白。杨涟暂且回籍以避风；贾继春上疏认罪曰：“凡疏上所言皆道听途说，实该万死。”最后仍不能免，被“除名永锢”。
“三案”均属宫廷案件。三案本末，已经有始有终，三案结局，元凶已获，罪人伏法，原可算已经了结。然明代末期，门户更多，党争更烈。及阉党魏忠贤当道，修《三朝要典》，三案全部翻倒：梃击案则祸首为王之窠，以“捏造案情，用以敲诈”之罪名受到围攻，先给以“除名”处分，然后将其抓入狱中，令其退赔。“赃银”八千两。退赔不出便按期追比（按期用刑逼索），逼死狱中。红丸案则祸首孙慎行，先是受“削夺”处分（即削去其官籍，夺去其所有官阶、封号），继又被遣戍宁夏（尚未成行，崇祯继位，乃得赦免）。至于东林党人如邹元标、高攀龙、李三才等，均受追论。邹与李已死，仍遭削夺，高攀龙曾要严治崔呈秀之贪污罪，而今崔呈秀派出缇骑，将其抓进京去论罪。高攀龙于缇骑将到之时自沉于池而死。移宫案则罪魁并指为杨涟及左光斗，均以“党同伐异，招权纳贿”被定罪追赃。追不出赃乃五日一追比，用刑拷打，至体无完肤，惨死狱中。及崇祯嗣位，三案又翻了回去。崇祯先惩办罪大恶极的魏忠贤。魏忠贤得知要逮回京师自杀于行抵阜城途中。粉碎魏党后，乃为三案被冤诸人进行平反，冤死诸人均一一给以赠官赐恤；被遣戍者，召回复官任用。崇祯帝迅速而有效地扑灭魏党，消灭魏阉气焰，平反“三案”。
注释①皇次子生一岁而夭亡。
②《明史纪事本末》卷六七《争国本》。
③《明史》卷二一八《申时行传》。
④明廷封常洵为福王，常浩为瑞王，常润为惠王，常瀛为桂王。封王后，福王长期逗留京师，廷臣不断请其就国，直至万历四十二年，福王就国后，群情始安。
⑤《明史》卷二四四《王之窠传》。
⑥⑦温功义《三案始末》。
⑧⑨《明史纪事本末》卷六八《三案》。
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