除了张居正本身的缺点外，他的改革也有一些偏差。例如在清丈土地的过程中，虽然确实清查出了不少豪强富户隐匿、诡寄的漏税地亩，增加了明朝政府的赋税收入，但由于张居正清丈田亩是为了增加赋税，当时有的地方官吏为了迎合他的旨意，弄虚作假，以短缩弓步的手法多报田亩，用来报功请赏。
上述的这些，均给反对改革者留下了口实。尽管张居正在世时人们害怕他的赫赫威势，不敢不恭维他，但在这种恭维的后面，却积蓄着怨恨和蔑视。这种怨恨和蔑视，一旦时机成熟随时都可能爆发。万历十年（1582年），张居正赍志以没。他刚死，新政即告废除。张居正被削除了官荫、赠谥，在江陵的老家也被查抄。长子张敬修自杀，次子张嗣修和其他几个孙子被发配到边远地区充军，全家被迫害致死者有十余人。张居正执政10年所进行的一些改革以失败告终。
张居正改革终以人亡政息而落幕，它给后人留下的启示是深刻的。纵观张居正改革，他不计私怨，改革吏治，整顿学校。尤其是大力选拔人才，实行检查公文落实情况的考成法，大大提高了国家权力机构的办事效率，使之成为能够有效推行改革的工具。实行清丈土地，推广一条鞭法等措施，缓和了财政危机，促进了社会经济的发展。此外，他支持对蒙古首领俺答的议和，加强对青藏地区的关系，扩大互市规模，整顿军备，取得了边境的安宁，促进了和蒙、藏等民族的经济交流。这些改革客观上收到了积极的成果，有利于社会生产的发展和人民生活的改善，促进了资本主义萌芽的发展，因而对历史的发展做出了有益的贡献。但是，张居正改革发生在明代后期，从整个明王朝来说，已处于由盛转衰的历史时期，帝国斜阳最后的一抹余晖虽然耀眼，但却已近暮色。这种总体趋势是任何人都无法改变的，腐朽的封建生产关系。决定了张居正改革不可能取得进一步的成效。
张居正的遭际，被当时人视作擅操威柄，权高震主，以至于祸发身后。此次改革的最终失败，对于晚明政坛产生了深远的影响。在张居正执政期间，大明帝国的财政收支状况良好。张居正去世之后，开支急剧增加，国家财政重新出现了入不敷出、储备减少乃至匮乏的局面。摆脱了张居正约束之后的明神宗，从此失去了首辅的有效制约，遂得肆意妄为。他整日耽于逸乐——“因曲蘖而欢饮长夜，娱窈窕而晏眠终日”，躲在深宫里朝歌夜舞，没日没夜地与宦官、宫女们厮混。甚至连庙祀亦不亲祭，而改遣大臣代祭。对于治国，明神宗愈来愈失去了兴趣。他先是纵容言官弹劾大臣，却拒不接受朝臣的忠言直谏；继而又以冷漠的态度，视言官的进谏为沽名钓誉。凡是进谏奏章，一概不理不睬，置若罔闻。由于长期拒不批答章奏，拒绝接见朝臣，使得万历中、后期的君臣隔阂日益加深。明神宗的怠于政务，再加上张居正推行的考成法之废止，使整个国家机构陷入了瘫痪的境地。考成法既废，政归内阁与政归六部之争愈演愈烈。此后，大明帝国的世风日趋颓唐，举朝上下失去了起码的政治是非标准。继任的阁辅权臣为了明哲保身，往往尸位素餐，故作平庸，惟皇帝的马首是瞻。而大小官员亦不以国事为重，遇事相互推诿，除了升官晋职之外均无所用心。特别是先前受张居正信任的官吏，如戚继光、张学颜、潘季驯、梁梦龙、徐学谟、曾省吾、李成梁诸人，均因张居正的缘故而遭斥革；而此前遭受冷落或罢黜的官僚，则因迎合神宗旨意，罗织各种罪名对张居正横加攻击而得以升迁，这就使得嘉靖以来逐渐形成的朋党风气更趋膨胀。此后，朝廷官员结党营私，相互攻讦愈演愈烈，王朝衰颓之势日益加深。明王朝从此日薄西山，一蹶不振。从这一意义上来看，张居正改革的废止不仅仅是他个人事业的失败，同时也加速了明王朝政治的腐败。对此，著名的明清史专家孟森曾说：“故居正没而（明朝）遂人醉梦期间矣”，“明亡之征兆，至万历而定”。黄仁宇在《万历十五年》一书中也指出：“张居正的不在人间，使我们这个庞大的帝国失去重心、步伐不稳，最终失足而坠入深渊。”东林党争明代的“党争”与现代政党竞争显然不可同日而语。以国事天下事为重的士人联合起来，以权势私欲为念的官僚也组织起来，因此，这种“党争”没有给王朝带来清明政治、振衰起弊的希望，却将明朝政坛拖入乌烟瘴气的泥淖。
万历二十二年（1594年），吏部文选司郎中顾宪成被削官回籍。在故乡，他与弟弟顾允成倡议修复了无锡城东的东林书院。此后，他与一些罢官废吏及在职官员，如高攀龙、钱一本、孙丕扬、邹元标和赵南星等人，经常讲学其间。迄今，在东林书院的旧址，还留有一副对联——
风声、雨声、读书声，声声入耳。
家事、国事、天下事，事事关心。
在东林书院，顾宪成等人借讲学为名，时常讽议朝政，臧否人物。而朝中一批忧国忧民的士大夫，则与他们遥相呼应，互通声气，从而形成了一股不容忽视的政治势力，反对派遂将他们称作“东林党”。东林党人号称“清流”，控制了天下的舆论，而与之对立的“浙党”，则被朝野上下的不少人视作“邪党”。
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