蓝玉，是开国功臣常遇春的妻弟，因为作战有功被封为凉国公。他在家乡飞扬跋扈，鱼肉乡里，他手下的人都借着他的势力胡作非为，总有人因此告他的状，朱元璋为此训诫过他好几次，可他就是屡教不改。蓝玉在朱元璋面前又很不注意自己的言行举止，更让朱元璋不高兴。
洪武二十六年，有人告发说蓝玉想谋反，朱元璋抓住这个机会，二话不说就把蓝玉抓了起来，关进大牢，并且施以酷刑。蓝玉这些年来养尊处优惯了，哪里受得了大刑，结果是问什么就招什么，不但承认了谋反的罪名，还牵扯进了许多无辜的人。朱元璋对蓝玉处以肢解的残酷刑罚，把其他牵涉到的人依照惯例也都杀得一干二净。这一案，杀了至少有一万五千人。
牵扯胡蓝两案的，有四、五万官员被杀，开国的功臣几乎已经被杀光了。除去这两个案子是成批屠杀之外，平日里被杀的人也不在少数。例如他的侄子朱文正，在没有建国前也为朱元璋立下了汗马功劳，曾是朱元璋最信任的人之一，他又是朱元璋的亲属中比较有文化的人，因此更受到朱元璋的格外重视。
朱元璋当了皇帝以后，朱文正也被封了高官厚禄。他实在也没有什么错处，可这时的朱元璋就是看他不顺眼，硬是被冠以“亲近儒生，心怀怨恨”的莫须有罪名将他鞭打致死。此外还有大将军徐达、大将傅友德、冯盛、朱亮祖父子等都先后被他想方设法杀害。就连他自己的儿子也不例外。他的第八个儿子因为岳父被牵连进胡惟庸一案，被朱元璋召回京城问话，却因为害怕会受到朱元璋的处罚，在半路上就和妻子双双自杀了。
把刺都削干净按理说，朱元璋的天下正是依靠这些功臣宿将的帮助才得以创建起来的，他为什么狠心把这些当年的兄弟子侄朋友都杀光呢？其实这并不难理解，朱元璋曾经对他的儿子朱标说过一段话，正好可以解释他这种嗜杀行为的原因。当他大肆屠杀功臣时，他的儿子朱标因为深受儒家思想的影响，崇信以仁德治天下，对他的做法很不理解，常常因为一个要杀一个要救和他发生冲突。有一天，朱元璋把太子叫来，什么话也不说，把一根长满刺的棍子扔在地上，要太子用手捡起来，太子看到上面都是刺，有些犹豫。朱元璋就把棍子拿起来，用剑削光了上面的尖刺，然后再递给太子拿着，并且告诉太子说：“那些功臣就是这棍子上的刺，你不敢用手去拿，我现在帮你把他们削干净了，再交给你拿不是更好吗？只要我把那些人都杀干净了，你才能太太平平地当这个家！”
从这些话中不难看出，朱元璋一生是在艰苦斗争过来的，他很怕他这些没有经过磨练的子孙过于软弱，不能牢牢地控制住国家。又怕自己死后，那些功臣功高盖主，不听训教，甚至起兵造反，使他的子孙坐不稳天下，才找尽一切理由，想方设法除掉功臣。这种考虑恐怕是他诛杀功臣的重要理由，可以说是极度残忍蛮横的。但是，他的这种做法也存在着某些合理的因素。例如在胡惟庸案件中，胡惟庸利用朱元璋对他的信任，在朝中结党营私，排斥异己，独断专行，很有些没有他不行的嚣张气焰。大臣们上奏给皇帝的奏折，他都要先拆开来检查，看是否有不利于自己的内容，如果有批评他的内容，就把奏折隐匿下来不报。他还利用职权大肆贪污受贿，凡对自己不满意的人就一律陷害。他的这些行为严重威胁到了朱元璋皇权的权威性，也逼得朱元璋不得不杀了他，才能保持自己至高无上的地位。而那些功臣宿将大多都是出自朱元璋的故乡淮西一带，只是朱元璋家乡的濠州、凤阳就封了六个公、二十八个侯。他们以李善长、胡惟庸为中心，结成了“淮西帮”，所成的政治势力不可小觑，是朝廷的一个潜在威胁，也难怪朱元璋必欲去之而后快了。朱元璋特务机构的创建说起明朝，就不能不说臭名昭著的锦衣卫以及后来的东厂、西厂，这一切的始作俑者便是朱元璋。锦衣卫的设立明太祖朱元璋戎马征战十几年，终于创建了大明政权。
但是，他总不放心那些帮助他开创基业的功臣，总是在心里暗想：“你今天没有谋反的心，难道能够保证日后也不会生出谋反的心吗？与其让你日后有谋反的机会，还不如今日就将你杀了。”皇帝有了这种心思，难免会整日疑神疑鬼，为了监视臣工．他就设立了一个叫“锦衣卫”的特务机构，专门监视、侦察大臣的活动。
最初，这锦衣卫不过是皇帝的护卫亲军，负责掌管皇帝出行的仪式。后来，朱元璋赋予它更大的权力，可以不经通报直接查办各种案件，也可以不经任何手续任意逮捕、审讯和杀人，根本不必遵守太祖亲手定下的大明律例。
锦衣卫直接隶属于皇帝，不听其他任何人的命令，皇帝派自己的心腹大臣担任指挥使的最高职务，下面设有官校，专司侦察。大臣在外面或家里有什么动静，他们都打听的一清二楚。一旦谁被他们发现有什么嫌疑，就会马上被抓进监狱，甚至杀头。
这一下，虽然大臣们每天都过的战战兢兢，但是皇帝却可以高枕无忧了。
东厂、西厂设立后来，明成祖朱棣连一个大臣也不敢相信，就用身边的太监为提督，创建了一个新的特务组织，叫做东厂。这个机构不但负责监察百官，甚至是一般的贫民百姓的家长里短也一并监视。宪宗时又设立了与东厂相对的西厂，人数比东厂多一倍，他们的侦察范围，除了京师之外，更是扩展到全国各地，甚至是民间的斗鸡骂狗一类的小事，都在他们的缉拿之列。本来这三个机构互相牵制，互相制约，就已经很复杂，但皇帝为了更加稳妥起见，又专门设立了一个内厂，也由皇帝身边的亲信太监直接指挥，除了监视臣民之外，还监视着锦衣卫和东、西厂的活动。
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