南京对朱元璋而言，在其削平南方群雄后建立政权的初期是最合适的政治中心。一旦北伐成功，将元朝皇帝逐到漠北，从西北嘉峪关一带，到关东白山黑水之地，都属于大明朝时，处于长江下游的南京城便不是合适的都城。
从朱温灭唐，经五代十国大乱后，中国的政治格局从东、西竞争变成了南、北竞争。朱温灭唐前，无论是周武王东征灭商，秦始皇灭六国一统天下，还是刘邦以汉中为根据地取得天下，或是隋、唐两朝依据关陇集团统一中国，关中一直是统治者的根本重地，他们针对西北要重点防范的是游牧民族，依靠函谷关进可谋东部富饶之地，退可“一丸泥封”，保持根本之地。长安、洛阳的两京关系便是在这样的背景下形成的。
从赵宋开始，东西关系转为南北关系，南面的汉族政权面对的最大威胁是北部的游牧民族，因此渤海之滨、燕山之麓的北京成为了“南北竞争”中最重要的据点。汉族政权失去它，必然只能偏安南方；游牧民族占有它，则可挥鞭南下。
朱元璋当然明白这个道理，他知道要维持一个疆土远超宋朝、不亚于汉唐的大帝国，南京并不是合适的首都。在位三十一年内，定都问题几乎成了朱元璋一块心病。历鉴前朝，凡定都金陵者，多是偏安，且国祚不久，朱元璋很忌讳这点。南京距离北部边疆万里之遥，天高地远，鞭长莫及，难以防范北方游牧民族的威胁。而且南京附近的吴越之地比外省太过富饶，反而容易使皇帝安于现状，不思进取，视边患为无关痛痒的小问题。
北京做都城虽最具战略价值，但当时明朝军队刚刚从元朝手里收复大都，城池和周边州县还欠繁华和富裕，且胡化了四百余年，与淮河和长江流域的文化有隔膜，对主要生在江淮、浙西的明朝开国功勋集团来说，定都在一个完全陌生的地区，心里总是不踏实的。因此，朱元璋曾派太子朱标巡查长安、洛阳和开封，想选择汉、唐、宋的故都为首都，然而经过一次次战乱，关中已经残破，丧失了作为一个大帝国都城的条件，洛阳亦是如此。开封处在无险可守的大平原上，最易受敌，战略位置很不适宜。
朱元璋甚至想把首都迁到故乡濠州钟离——明朝建立后，皇帝故乡作为“龙兴之地”升格为凤阳府，将凤阳定为中都，派官员督民工在此营造宫殿多年，把老家建设得富丽堂皇。不过，营建凤阳府不过是贫民出身的朱元璋实现一种“富贵还乡”的人生理想而已，和外地发财的人回老家买地、建豪宅一样，精神层面的价值大于实用价值。
定都南京，对雄才大略的朱元璋来说，只是一种权宜之计。终其一生，未能解决这个问题。
朱元璋死后，被葬在南京郊外的孝陵。从登基到驾崩，南京城深深地打下朱元璋个人的烙印。生前困扰他的定都难题，竟然在其死后，因为叔侄“阋墙”而得到解决。
由政变导致的迁都
性格、才略酷似朱元璋的皇四子朱棣，被封为燕王，就藩被改称北平的北京城。他和其他几个年富力强、精明能干的兄弟代王（封藩于山西大同）、辽王（封藩于广宁州，今辽宁锦州境内）被朱元璋封在北部边塞重要的城池，就是为了弥补政治中心处在南方的缺憾，替朝廷来防守北疆。
建文帝即位后，因削藩引发“靖难之役”。一四〇二年，朱棣攻破南京，建文帝下落不明。同年，朱棣即皇帝位。第二年，改元永乐，改北平为北京。一四二一年，成祖迁都北京。
北京是朱棣的封藩地，他起兵“靖难”之前，已在此经营二十多年，建立了属于自己的一套政治、军事、经济体系。因此等他当皇帝后，北京及周边地区已不再是“生地”而是“熟地”，迁都于此乃是瓜熟蒂落之事。迁都到北京后第四年，成祖逝于北征蒙古部落的军旅之中。或许，因为得位不正，他羞愧于和父亲葬在一起，于是被葬在北京城以北的昌平，是为长陵，为明十三陵之首。
严格地说，直到明英宗的正统六年（一四四一年），北京才成为正式首都。此前，一直被称为“行在”，即皇帝率文武百官驻扎的临时首都。而南京，则成为“留都”，即“置官留守的首都”。史上唐代也有事实上的留都——“东京”洛阳。因为洛阳和长安相距不远，唐代一些皇帝（特别是改国号为“周”的武则天）曾长期住在洛阳，洛阳成为实际上的京师。南京是太祖所定之都，它名义上的政治地位很高，但实际的地位却不如唐代的洛阳。留都南京对大明朝而言，更多的只是象征意义。
当然，留都南京，除皇帝不在此城外，保留了一整套的中央政府官僚体系，可谓是“备份的朝廷”。六部、都察院、五府和内廷的太监体系，一应俱全。南京朝廷的官员级别和北京同样的官员相同，主要管理南直隶（南京周边十四个府、州，不设行省，直接由朝廷管理）的相应事务。虽然权力不如北京的官员，但也不能说是闲职。因为南直隶所辖的地区，乃经济最发达、文化最昌明之区，天下赋税三成多出自于此。
两京制的利与弊
明朝南、北“两京制”形成后，北京作为政治、军事中心，南京作为经济和文化中心，使帝国的南北达到一种微妙的平衡。设想一下，如果明朝长期将政治中心设置在南京，那么政治、军事、经济、文化中心都在南京，中国北方将持续凋敝，很不利于一个大帝国的统一与稳定。
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