明朝的“两京制”当然也有不利之处。其一是形成“天子守国门”的状态，首都长期处在北部游牧民族武装力量的威胁之下，皇帝和众臣动辄置身于抗击外敌的最前线。正统十四年（一四四九年），英宗亲征蒙古瓦剌被俘虏，瓦剌首领也先带兵突破长城，围困北京。朝野恐慌，有大臣提议迁都南京，于谦等人顶住了压力，反对迁都，立英宗弟弟郕王为监国（后即皇帝位），打败进犯的瓦剌部，解京师之围。嘉靖二十九年（一五五〇年）蒙古土默特部首领俺答带兵突破古北口，包围了北京，明朝坚守京师数日，俺答大肆抢掠城郊后撤离，是为“庚戌之变”。后金崛起于东北建州后，其骑兵越过长城，骚扰京畿，直逼京师，屡有发生，如崇祯二年的广渠门之战。但“天子守国门”的另一面也让明朝君臣长期有一种忧患意识，对北部的威胁不敢稍有松懈。“两京制”另一不利之处则是使统治成本剧增。明朝的经济是南重北轻，北京周边的经济欠发达，朝廷通过漕运数千里从南方富庶地区运来粮食及其他物品供养京师。明朝前期，征运漕粮食的地区主要有南直隶、浙江、江西、湖广、河南和山东六省，其中只有山东处在北方。其数额宣德时最高达六百七十四万石。成化八年（一四七二年）始规定岁运四百万石的常额。自正德、嘉靖以后，连漕粮改折（约一百至二百石）在内才勉强达到此数。主要征自南直隶和浙江，约占全国漕粮的六成。除漕粮外，还有白粮，由苏州、松江、常州、嘉兴和湖州五府供纳，岁额二十一万四千石，均系当地出产的粳糯米。数千里漕运，损耗巨大，加重百姓的负担。但总体说来，为了维持一个帝国一统，保持南北平衡，这样的成本支出也是必要的。
崇祯十七年（一六四四年），又一支劲旅突破居庸关，包围了北京城。这次进犯的不是草原上的蛮夷骑兵，而是崛起于西北的李自成率领的造反军队。明朝君臣这次没有逃过劫难，崇祯以发覆面，在煤山一棵歪脖子槐树上上吊自杀。终明一代，自迁都北京后，历代皇帝代代相承，完成了“天子守国门，君王死社稷”的悲壮之举。
吴三桂借满洲八旗兵报君父之仇，引狼入室，满洲人占领了北京城，成为紫禁城的新主。留都南京的一整套备份版朝廷，却没有起到了应有的抗争作用，而是众臣拥立福王称帝于南京。当然弘光朝仅仅支撑短短的一年，便亡于清兵的铁蹄下。从此，北京和南京两座美丽的城池留给了异族，分别长眠在南京孝陵卫和北京长陵之下的朱元璋朱棣父子，任由自己的臣民剃发易服，臣服于来自关外的异族。但这对南京、北京两城营建起着决定性作用的父子，连同为社稷江山殉难的崇祯帝，毕竟赢得了新朝统治者的尊重，清朝统治者对南京的孝陵和北京的十三陵予以善待；清朝皇帝还营建了思陵，礼葬崇祯帝，并设置司香内使（即守陵太监）管理十三陵；对南京城外的孝陵，也是如此管理。康熙南巡时，特到孝陵拜祭，并题写“治隆唐宋”的匾额，清朝后期国门大开后，来南京的洋人越来越多，有司还专门在孝陵前树立用六国文字书写的石碑，提醒洋人不要乱写乱画，尊重陵墓的一砖一石、一草一木。
正因为如此，遗民顾炎武拜谒前朝帝王陵墓时，还能碰上守陵的“旧识中官”。
帝国的命脉大运河
全汉昇在《唐宋帝国与运河》中曾论述道，中央政府是否能够成功地统治全国，依赖于是否能够有效地利用长江下游的经济资源，是否能够将这一地区的物资迅速通过运河运输到首都通常所在的华北地区。
大运河的重要性，到了明清时期更为突出。
大运河曾是明帝国的脐带
明正德十五年（一五二〇年）九月十五日，京杭大运河上一个重要的港口——淮安府清江浦。
一群人正在水面上划船打鱼，这些人衣着华贵，举止优雅，岸边旌旗蔽日，侍卫如林，显然这不是普通渔民为了谋生的渔业活动。谁知道乐极生悲，船突然翻了，一个三十左右的青年人掉进水中。旁边船上的人立刻像炸了锅似的，叫声震天，许多人不顾一切地跳进水里，把青年人救上岸。青年虽然保住了一条命，但受到了极大的惊吓，染上了重病。这个人就是当时大明朝第一人正德皇帝朱厚照。
第二年三月，正德帝驾崩，年仅三十一岁，他没有留下一个子嗣，也没有亲弟弟。群臣商议，将正德帝一位堂弟朱厚熜从封地湖北钟祥请到北京，作为朱厚照老爸孝宗的过继儿子继承大统，是为嘉靖帝。最后闹出了把整个大明朝廷折腾得天翻地覆的“大礼议”事件，帝国元气大伤。
正德帝在大运河上落水，可视为明朝一个转折性事件，从此大明不可逆转地走向衰落。此后的明朝皇帝，几乎都是“宅男”，享国累加达九十三年的嘉靖、万历两祖孙，更是数年隐居深宫，不乐接见臣工。
明朝自成祖朱棣迁都北京后，南京成为“留都”。但南直隶和浙江，无论从政治层面还是经济层面而言，都是远在北京的朝廷必须依赖的重要地区。从政治层面来说，此地是太祖高皇帝朱元璋发迹之地，朱元璋在此慢慢经营积蓄力量而遂有天下。从经济层面来说，朝廷差不多一半的赋税出于这些地区，北京城内的皇帝和大小官员靠这一地区的钱粮供养。在交通以水运为王的时代，大运河的价值怎么估计都不过分，大运河成为大明帝国的“生命线”。甚至可以说，成为大明皇帝与“母体”紧紧相连的“脐带”。
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