明朝初期由于首都在南京，需要运到北方的粮食并不多，主要是供养北部地区将士的军粮，因此多采取海运的方式。自首都迁到北京后，需要从南方调拨的粮食和其他物资实在数量太大，而海运风险大、成本高，远远不能满足，于是，通过京杭大运河的漕运是粮食与其他物资北运的主要方式。朝廷开始对大运河进行了大规模的整治，扩大从杭州通往北京的漕河运输能力——疏浚会通河，造漕船三千余艘，用于转运；同时在大运河沿岸淮安、徐州、临清、德州和天津五处建置漕粮仓库，即水次仓。
明朝中央政府规定了各省的漕粮份额。浙江：六十三万石；江西：五十七万石；河南：三十八万石；山东：三十七万五千石；湖广：二十五万石；南直隶：一百七十九万四千四百石。也就是说，通过漕运到达京师的粮食总数四百万担左右，南直隶加浙江占了二百四十万担左右，超过了一半。江西、湖广、山东诸省的粮食最终也要经过运河的部分航道进行转运。据此，完全可以说，大运河乃明帝国的国脉。
由于漕运的重要性，管理漕运的官僚机构也位阶趋高并日益膨胀。明朝初期设置京畿都漕运司，以漕运使主之。京师北迁后，置漕运府总兵官。景泰二年（一四五一年）设漕运总督，与漕运总兵一文一武同理漕政。漕府领卫军十二总，十二万七千六百人，运船一万一千七百艘，另遮洋总（海军）七百人，海船三百五十艘，专门负责漕粮运输，称为运军。
正德帝的堂弟嘉靖帝即皇帝位后，京杭大运河对帝国政治、经济的重要性没有丝毫减弱，嘉靖七年（一五二八年），朝廷花了很大的力气疏浚了通惠河，使漕粮能够直接运到东便门下。在此之前，由于通惠河被壅塞，南方运来的粮食只能在通州上岸，并在当地的仓库里储存。储粮地离京师五十多里地，在当时走陆路用骡马运输，效率十分低下。嘉靖帝下决心疏通通惠河还有一个背景——“土木堡之变”后，明帝国对北方草原的游牧民族处于守势，在京郊的通州储存那么多的粮食，很不安全。明代正统十四年（一四四九年），蒙古的也先部入侵，京师闭关，通州漕粮没来得及全部抢运进城，剩下的一把火烧掉以避免资敌。这可是血淋淋的教训。
嘉靖帝并没有学他的荒唐堂兄，找个机会沿运河南下，去视察南方那片花花江山，他在位四十五年，喜欢在深宫炼丹修道。唯一的一次南下，是回到他生长的湖北钟祥（当时已升格为承天府），拜祭生父的显陵，并决定将死于京城的生母蒋太后灵柩南运合葬于湖北。这次他走的是陆路，经过今天的河北、河南进入湖广。
对大明帝国来说，两大工程关系到国运。其一是经济命脉京杭大运河，依靠其输血才能养活北方的朝廷和北疆戍边的将士。其二则是从辽东蜿蜒到西北嘉峪关的长城，这是抵御北部敌人的屏障。这一屏障到底没有阻挡住李自成进城，也没法阻挡清兵的铁骑跨过长城，成为统治中华的新主人。
作为清朝“战利品”的大运河
大运河，可以说是清朝入关后获得的最重要的“战利品”。
作为一个来自北方的征服者，东北和蒙古草原广袤而肥沃的土地，成为清朝的“保留地”，整个王朝的公共支出，几乎全部取自原明帝国统治下的诸省，特别是富庶的东南诸省。大运河并没有因为明帝国的灭亡而衰落，它在清朝皇帝的心目中，地位更为重要，它不但是吸取东南膏腴之地财富的“抽血机”，而且是清朝皇帝防范汉人反抗的战略通道，是皇帝控制最富庶之地的“权杖”。
顺治一朝，经过血腥的屠杀，清朝军队基本上控制了东南地区；到了康熙朝早期，朝廷平定了三藩之乱，收复了台湾。整个南方基本上算平定下来，胡人入主中原作为既定事实也被多数士民承认，最高统治者沿着大运河视察东南诸省的条件到此成熟了，于是便有了康熙、乾隆祖孙的十二次南巡。京杭大运河，进入了历史上最繁忙也最辉煌的时期。
与明朝皇帝沿着运河南下回到故乡不一样，清朝皇帝沿运河南下，是去视察一个超级大公司新开辟的“市场”，这里的人民曾对他们充满敌意。南巡对清朝皇帝而言，乃是威慑加怀柔。
康熙二十三年（一六八四年），三十一岁的康熙帝首次南巡。皇帝正当盛年，清帝国国势亦如最高统治者的年岁。这次南巡，有两件大事极具象征意义。其一是十一月康熙南巡到明朝的旧都江宁（南京），拜谒了孝陵。南京对明朝的遗民来说，最具符号意义。此次视察，康熙帝题写了“治隆唐宋”的匾额来褒奖明太祖朱元璋，目的是安抚东南一带乃至整个原大明版图内的汉人。同时也应该有彰显合法性的考量，用现在的话来说，强调了大明江山的“股权”交给满清是合法转让而非抢夺。
第二件事是康熙帝坐船经运河返京，在运河边重要城市济宁上岸，然后驾临相距百里左右的曲阜。在此他拜谒了孔庙，题赠“万世师表”匾额，并听取了孔子第六十四代孙孔尚任对儒家经典的讲解。这举动当然更是为了争取汉族士人对其统治合法性的认同。
康熙帝第二次南巡是在康熙二十八年（一六八九年），这次他来到了大运河最南端所在的浙江省，并到绍兴府拜祭了中国儒家经典中上古圣君之一的大禹陵墓。其目的和首次一样，只是工夫做得更细致了。
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