由于自己对这件事情有看法，所以这时公木表示只负责布置看管，却并不设法进行审查。宣称：作协领导掌握着李又然的材料，等他们来审查吧。这是一种消极对抗的态度。有一次舒群问他：“李又然怎么样？”公木竟然大声说：“现在不敢判断，反正我是宁右勿左。”
后来公木作为李又然专案组的负责人之一，到公安部去查托派名单，结果没有找到李又然的名字。回到文讲所后很快就把李又然的托派嫌疑的帽子摘了。而在李又然和胡风的关系上，做了一些比较具体的调查研究之后，随后也给李又然做出只是一般胡风分子的初步结论。既然原来扣在李又然头上的托派、胡风分子的帽子打了折扣甚至根本不存在，那么在公木心目中，作协领导发动的对李又然的斗争，就是一个错误。
1956年，肃反运动后期，中央政策规定：“对在运动中错捕错斗者查实后，要进行赔礼道歉”。
第二十二章（2）
956年12月10日，中宣部《关于肃反运动的总结和审查干部情况的报告》中指出了“在运动中也曾经发生了一些带普遍性的错误和缺点”。“在最初的一个时候，对于斗争的对象都存在一定程度的盲目性，这样就使我们的斗争初期曾一度较普遍地发生过‘左’的把斗争面扩大的现象。虽然这种危险很快地被克服了，但已造成了一些错误，斗错了甚至隔离错了一些人……。经过斗争、审查和甄别定案，证明他们都不是反革命分子和其他坏分子，从结果上来说，对他们进行了斗争，搜查或者隔离反省都是错了的……。对于这些同志，都应该在适当的范围内宣布对他们的最后结论，摘掉嫌疑的帽子，恢复名誉，并分别不同情况向他们解释清楚，或承认错误，赔礼道歉。”
以此为根据，公木在文学讲习所内召开的肃反总结大会上，向那些误伤了的全部赔礼道歉，这包括：
张义安——错斗了她，给她戴了帽子，所以在公开场合，摘掉帽子，恢复名誉。
李又然——再三赔礼道歉。
王有钦——因为短期间曾限制过他部分自由，让他不要出门，不要回家，也向他赔礼道歉。
玛金、蔡其矫——本来只进行了思想批判，因为一度戴过反党小集团的帽子，也赔礼道歉。
在文讲所的“肃反斗争”中，还有一个特殊人物是高冠英。直接负责审查高冠英专案的，前后换了三次人。只有公木是从头到尾负全面责任的。
高是文讲所人事科的科员，十几岁时在石家庄给一位罗某当过差，而那位罗某在解放后被认定是特务，罗在坦白的材料中说高冠英是他手下的情报员。可是查对高的档案交代这一段历史，只自称给罗某当听差。一时不能定案。文讲所的支部书记梁斌去调查一次，回来以后也定不了案。后来又派别人调查过几次，随后就把高的事情放了下来。允许他照旧参加支部生活。
公木认为当时高冠英年幼无知，时间很短也没有什么严重罪行。在党内受教育十年来，已经经过了考验。即使被开除出党，几年之后他一定还会重新入党的，所以对他的问题，公木只在党内开了两三次会，然后就单独依靠调查材料，个别谈话。始终没有把他的问题提到群众面前。甚至在高冠英被定了历史反革命案以后，在1956年秋天文讲所的总结大会上报告肃反成绩，公木向群众说：“我们单位出了一个在历史上做过特务的分子，属于五类反革命之一的性质。”直到此时也还答应高冠英本人的要求，没有公开他的名字。这同公木企图保留他在党内的思想是一致的。最后要开除高冠英的党籍，公木甚至还为他重新入党作考虑；开除了党籍，仍然把他列名在左派（1957年9至10月间），目的是表示：他虽然开除了党籍，表现还是积极的。
当时，公木还没有意识到自己“犯了许多原则性的重大错误”。反而自认为讲习所的肃反运动做得既平稳，又有成绩。按现在留存的文字资料记载，他当时说过这样的话：
第二十二章（3）
肃反不是镇反，镇反对象是公开敌人，是社会渣滓，不会搞错，重判了也不可惜。肃反对象是暗藏的敌人，在自己队伍里，如不慎重，非常容易误伤好人。公木说：我有三次经验：（1）延安抢救运动，我被抢救过，尝受过逼供信的滋味，那次运动产生了很大的消极影响。（2）在佳木斯东北大学，1947年春搞回忆运动。我在一个单位参加工作。整个运动完全重复了在延安抢救运动逼供信的错误，也产生了很大偏差。（3）这一次肃反运动，一开始就注意了反右防左，避免了逼供信，偏差最少了。结果还是错斗了一些好人，斗争面宽了。这是为什么？有错误的以为这是搞群众运动的结果。如果用运动这么大的力量，发动调查研究，即用审干的方式来进行肃反，偏差可以预防，效果同样可以取得。
所以，李又然曾再三在会议上称扬公木。
在解除李又然隔离以前，公木曾向党组请示，今后是否让李参加党的组织生活？刘白羽说，研究一下再说，先不决定。而作协另一位党组领导黎辛则非常坚决地表示用不着再研究，既然没有开除党籍，当然要过组织生活。他说话时，还流露出嘲笑的神气。然后，就这样决定了。当时公木认为黎辛办事很公正，能坚持原则。私下对他很敬佩。
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