随着战局的展开，形势日渐紧张。新运总会的黄仁霖从励志总社抽调一部分人手，成立“军事委员会战地服务团”，黄仁霖任主任，阎宝航任副主任。战地服务团下设总务、慰问、服务三个组。阎宝航多次率南京知名人士乘汽车，携慰问品，到上海抗战前线慰劳抗日将士。为避开白天敌机轰炸，慰问团常在夜里前去。他不避艰辛，不怕危险，为多慰劳前线将士，有时候专门到上海去征购慰劳物品，再由上海出发深入前线慰问。上海方面的爱国人士、社会贤达给阎宝航的慰劳活动以大力支持。报纸上纷纷报道阎宝航与各方人士赴前线慰问的消息。
1937年11月20日，日军逼近南京，国民政府通告中外即日迁都重庆，南京所有机关单位和抗日指挥中枢暂移武汉，于是南京居民迅速撤退。新运总会人员分水陆两路奔向武汉。阎宝航和卢广绩、方庆瑛三人在长江渡口，登上英国太古船。船开后，阎宝航发现船底层满是从前线下来横躺竖卧的伤兵，表现出异乎寻常的焦急。他立即闯进同船来的朱庆澜将军的房间，与他商斟办法。他们决定立即在船上开展募捐，救济伤员。于是，在阎宝航的安排下，由方庆瑛和同船的徐仲航各带一位护士和自告奋勇者开始募捐活动，共募得现金两千元左右，全部献给了这些伤兵。
撤退到武汉的东总总部和新运总会总部设在武昌明月桥14号。这时的阎宝航，既是东总主席团成员，又是东总地下党组成员，具体负责关外工作。其他人员的分工是，高崇民、陈先舟负责组织工作，于毅夫负责主编东总机关刊物《反攻》半月刊，该刊成为宣传党的抗日民族统一战线政策和团结广大东北人民的言论核心与阵地。
1938年1月，由于“我党积极组织和领导抗日活动，建立和扩大敌后抗日根据地。为了给抗日根据地培养、输送干部，根据周恩来同志指示，东总党组开办一个短期训练班”。东总党组根据周恩来指示，决定在北平、武汉、西安等地秘密开办短期干部训练班，把在武汉开办训练班的任务交给了阎宝航。为掩人耳目，阎宝航将训练班命名为“新生活干部训练班”，而且经费也由新运总会支付。阎宝航成立了“训练委员会”，负总责，执行委员为徐寿轩，日常工作由徐仲航负责，设秘书处专门负责训练班的具体工作。以新运总会名义举办的新生活干部训练班在武昌明月桥顺直会馆开办。训练班由刘澜波、于毅夫担任主讲。聂鹤亭讲游击战术、宁匡烈讲爆破技术。同时邀请中共长江局的邓颖超、李涛以及刘咸一等讲授民众运动、政治常识、宣传办法、农村工作、救护等训练课程。政治课主要内容是讲授动员组织民众、坚持抗战到底以及如何巩固抗日民族统一战线等。训练班学员从东北大、中学校学生中挑选。先后共办3期，每期两个月，受训青年近50人。第一、二期学员毕业后，阎宝航分别通过八路军办事处介绍他们到太行山抗日根据地和安徽李宗仁第五战区工作。第三期开办不久，黄仁霖对训练班的实质似乎有所察觉，对阎宝航说：“这期训练班的学员我们都不要了，由你随便安排，钱花就花了，也不用作报销手续。”从而迫使这期训练班提前毕业。阎宝航把一部分学员介绍给各战区，一部分学员介绍给陶铸、李范一主办的湖北汤池合作社干部训练班，其余都陆续介绍去延安和各战地工作。《新华日报》发表文章称赞：三期训练班“成绩均甚优良，受训青年，均已介绍到前方工作”。另据徐寿轩《两周训练纪实》一文记载，训练班共计109名学员，结业时自谋工作者只有28人，参加太行山游击队者14人，赴河南农村工作者10人，赴临汾游击队者32人，赴浙江从事民运者3人，赴石友三部队者4人，到湖北农村合作工作者28人。
到达武汉初期，阎宝航仍然担任新运总会与战地服务团领导职务，工作相当繁忙。“他奔走国是，席不暇暖。饮食起居，也独自操持，十分辛劳”，但仍乐此不疲。当时，苏联政府为支援中国的抗日战争，专门派出空军志愿队与日军作战。阎宝航不仅盛赞苏联空军志愿人员伸张正义的国际主义精神，并以战地服务团名义，派人到襄阳等地开辟空军招待所，专门招待苏联空军志愿队人员。翟梅林就是阎宝航亲自选派为苏联空军志愿队人员服务的青年。翟梅林回忆说：
在汉口拜谒阎老时，阎老在百忙中还耐心地对苏联志愿军不远万里援助中国，打击日寇，给予很高的评价。他说我们自己力量不够，苏联伸张正义，助我于困难之中，正是“患难之交”。谆谆嘱我要以最大努力，尽到后勤招待工作的责任，使其宾至如归。苏联这样的无私援助，不仅要感谢，更需要学习。叫我好好地想一想，这是否如孙中山先生所说的“以平等待我之民族，共同奋斗”，志愿军是为什么？孙中山先生“联共”政策应如何对待？阎老的启发，使我面对实际，从眼前身边事物与利益，狭隘自私的小圈子中走出来。更感到国家兴亡，匹夫有责的实际意义，也纠正了一些人说苏联和帝国主义一样的谬论。如果是那样为什么苏联还派志愿军帮助中国抗击日寇呢？当然那时，还有很多事物不懂，更没有接触过，但对抗战救国前途，确抱有自然的乐观看法。不管怎样，只要阎老点头，叫做的，便当是对的。
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