许衡、刘因、吴澄被称为元代三大理学家。许、刘主朱学，吴则调和朱、陆二派。三家虽互有矛盾，但基本观点完全继承宋代理学，并无多少创造。儒学作为维护封建统治的官方哲学，在元朝同样受到最高统治者的称颂。元武宗给孔子加上了“大成至圣文宣王”的头衔。元朝统治者把儒学定为“国是”，从朝廷考试到州县学校的教学，一律以程朱对孔孟理论的注释为准，把朱熹的《四书集注》称为“圣经章句”。
反理学的斗士尽管元朝统治者提倡理学和其他宗教思想，在元代思想界中仍然出现了一些反对理学的思想家。邓牧是其中突出的一个。
邓牧，字牧心，号文行，又自号“三教外人”，浙江钱塘人。南宋亡后，他隐居余杭大涤山中的洞霄宫，不仕元朝，是个有民族气节的思想家。他著有《伯矛琴》一书，猛烈抨击暴君酷吏。
他指出，皇帝是最大的掠夺者和剥削者，大小官吏都是吃人的豺狼。他还描绘了一个理想国，在那里有皇帝也有官吏，但都是民选出来为群众办事的人，而不是特权阶级。在理想国里无战争，人人劳动，自食其力。
邓牧这种乌托邦思想，在当时是有积极意义的。由于时代和阶级的局限，他只能借用老聃的“小国寡民”的思想作为他的思想武器，终于陷入逃世的幻觉之中。
古代风景画鉴赏宗教的兴盛从成吉思汗以来，蒙古统治者信奉传统的萨蛮教，但对其他各种宗教，也都采取宽容态度，只要不危及其统治，都予以保护和利用。
喇嘛教是佛教传入西藏后与西藏原有的本教相互影响、融合而形成的一个教派，在11世纪至13世纪期间，由于吐蕃新兴封建领主的支持，日渐兴盛。
自元世祖起，元朝历代皇帝后妃都尊喇嘛为帝师，并亲自受戒。因此，喇嘛们受到特别的尊崇和优待。
佛教在内地的各宗派，在元代也都十分兴盛。元代刻的佛教大藏经在佛教经典的传布上是一件大事，后来的明藏、清藏，都是以此为基础而修纂的。元代的道教，除了张天师的嫡系称为正一教外，还有全真教、真大道教和太一教等流派。全真教势力最大，教主丘处机（长春真人）曾应成吉思汗之召到过中亚等地，其弟子李志常据实写了一部《长春真人西游记》，是研究中西交通史的珍贵史料。
不仅本国宗教得到了极大发展，外来的宗教也在元朝获得了一席之地，这在中国历史可谓少有。元代把基督教称为也里可温，亦称也立乔，意为信仰基督之人。元代中国的基督教有两派。一派是聂士脱里派，是随着波斯商人由泉州、广州各沿海城市传入内地的；另一派是天主教的圣方济各派，在公元1292年前后，教皇曾派遣意大利传教士约翰·孟德高维奴来北京传教，任第一任天主教总主教。元代基督教在全国各地都有信徒，在沿海城市和内地都有教堂。
伊斯兰教在元代也是随着阿拉伯人、波斯人和突厥人东来的。他们信奉伊斯兰教，散处各地，元人称之为“回回”。其传教士在元代官文书中称为答失蛮。此是波斯文音译，意为学者。此外，摩尼教、婆罗门教、犹太教也都是在唐宋之际逐渐传入，而在元代也有所传播。摩尼教是波斯人摩尼在三世纪时创造的宗教，吸收祆教、基督教、佛教等思想资料而形成自己的教义，七世纪末传入中国，也叫明教、末尼教、明尊教。
元代泉州一带有摩尼教活动。婆罗门教在泉州曾建立寺院，俗称番佛寺。犹太教亦称为“一赐乐业教”（即以色列的音译），在开封和大都都有他们的踪迹。《马可波罗行记》中就有关于犹太教徒的记载。马可波罗东游记忽必烈的努力使得元朝成为东方乃至世界的庞大帝国，由此吸引来更多的仰慕者。
漫游东方马可波罗的家乡威尼斯是一个古老的商业城市。他家祖辈也是世代经商，父亲和叔父常奔走于地中海东部，进行商业活动。公元1260年，他的父亲和叔父经商到过伊士坦布尔，后来又到中亚的布哈拉，在那里他们俩遇到了一个波斯使臣，并和使臣一起到了中国，见到了元世祖忽必烈。
公元1269年，马可波罗已经15岁，他的父亲和叔父从东方回到了威尼斯，他们从东方带回的动人见闻使得马可波罗既羡慕又向往，他也很想做一个商人漫游东方。
两年之后，马可波罗的美好愿望实现了。公元1271年，他的父亲和叔父再次动身去中国，决定带马可波罗同行，于是年轻的马可波罗以意大利威尼斯商人的身份，怀着了解东方的心情，踏上了东行之途。
他们由威尼斯起程，渡过地中海，到达小亚细半岛，经由亚美尼亚折向南行，沿着美丽的底格里斯河谷，到达伊斯兰教古城巴格达，由此沿波斯湾南下，向当时商业繁盛的霍尔木兹前进，继而从霍尔木兹向北穿越荒无人烟的伊朗高原，折而向东，在到达阿富汗的东北端时，马可波罗由于适应不了高原山地的生活，不幸病倒了，只好停下来疗养。
一年之后，马可波罗恢复了健康，继续前进。他们启行不久又面临翻越帕米尔高原的艰苦行程。
久病初愈的马可波罗，以坚强的毅力，克服了困难，下山之后来到喀什，沿着塔克拉玛干沙漠的西部边缘行走，抵达叶尔羌绿洲，继而向东到达和阗和且末，再经敦煌、酒泉、张掖、宁夏等地，费时三年半，于公元1275年夏抵达元代上都（今内蒙古自治区多伦西北）。上都是忽必烈夏季避暑的行宫，正式国都定在北京，当时称为大都，以后马可波罗等人到达大都，并居住10多年。
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