自乱阵脚至正二十三年（公元1363年）四月，元顺帝再次屈从于皇太子，下诏命扩廓帖木儿统兵进讨孛罗帖木儿。一个月后，爱猷识里达腊再次逼迫元顺帝下令扩廓帖木儿进讨孛罗帖木儿。扩廓帖木儿分兵三路，一路由部将白琐住率领开赴京城御守，另外二路军队进逼孛罗帖木儿驻守的大同。
孛罗帖木儿怒杀搠思监、朴不花二人，留下一部分军队守卫大同，他自己则带着秃坚帖木儿、老的沙，率领主力大军直捣大都，扬言要尽除朝中奸臣。京城大震，爱猷识里达腊亲自率领军队迎战，结果大败而回，在白琐住军队的护卫下匆匆逃往太原扩廓帖木儿军中。孛罗帖木儿拥兵入城，偕同秃坚帖木儿、老的沙面见元顺帝。元顺帝当即任命孛罗帖木儿为中书左丞相，老的沙为中书平章政事，秃坚帖木儿为御史大夫。不久，又提升孛罗帖木儿为中书右丞相，节制天下军马，总揽国家大权。
孛罗帖木儿上任后，立即杀了元顺帝宠幸的“倚纳”和近臣，驱逐西藏僧人，幽禁奇氏。至正二十五年（公元1365年）三月，爱猷识里达腊下令扩廓帖木儿与李思齐出兵声讨，并调遣岭北、甘肃、辽阳、陕西等地军队增援。孛罗帖木儿派遣秃坚帖木儿率兵进讨上都皇太子同党，又调兵南下抵御扩廓帖木儿军队。这个时候，孛罗帖木儿荒淫无度，在数月之内，共纳四十多女子为妾，整天与老的沙等人饮酒作乐，甚至酗酒杀人。朝臣都对他心怀恐惧，元顺帝渐渐失去了对他的信任。朝中倾轧、军阀混战以爱猷识里达腊和扩廓帖木儿的胜利而告一段落，步步退却的元顺帝仅仅保住了皇帝宝座。
覆灭前的窝里斗在这期间，朱元璋的队伍迅速崛起，直接威胁着元朝控制下的北方地区。朱元璋先后剪除群雄，声威大震，决定派兵北伐，灭亡元朝。
这时，元朝内部宫廷斗争更甚。爱猷识里达腊逃奔太原时，曾想仿效唐肃宗在灵武称帝的故事，自立为帝，扩廓帖木儿不同意。孛罗帖木儿被杀后，奇氏传旨到军中，命令扩廓帖木儿以重兵扈从皇太子入京，目的在于胁迫元顺帝退位。奇氏再次劝扩廊帖木儿出面逼使元顺帝让位与皇太子，扩廓帖木儿又予以拒绝，由此得罪了奇氏母子。元顺帝本与扩廓帖木儿不和，又忌他兵权太重，朝中大臣也觉得他年纪轻、资历浅，不把他放在眼里。在军中娇纵惯了的扩廓帖木儿做了两个月的左丞相，很不得志，在京城实在呆不下去了，只好上奏元顺帝，请求外出带兵。
至正二十五年（公元1365年）闰十月，元顺帝封扩廓帖木儿为河南王，命他代皇太子总制天下军马，进讨江淮。扩廓帖木儿率大军离开大都后，不仅无意整军出战，反而借元顺帝授予他的军事大权，随意征调各路军队，引起军阀头目不满，元顺帝开始怀疑他有叛逆之心。
至正十七年（公元1367年）八月，元顺帝严厉责备皇后与皇太子，他说：“过去孛罗帖木儿举兵进犯京师，而今扩廓帖木儿总兵天下，很不得利，你们母子误了我的天下。现在国家分崩离析，困难重重，都是你们母子造成的！”说完，元顺帝怒气冲冲地打了爱猷识里达腊几拳。
尔后，下诏命皇太子总制天下兵马，并令扩廓帖木儿率领本军自潼关以东出兵江淮，李思齐自凤翔以西进取四川，张良弼、孔兴、脱列伯共取襄樊。
但诏书虽下，皇太子坐视不动，扩廓帖木儿及诸路军阀也都拒命不受。此时，扩廓帖木儿的部将貊高、关保见主帅不奉君命只顾打内战，便倒向朝廷一边，转过头来攻打扩廓帖木儿，得到了元顺帝的支持。
迎接新的王朝至正二十八年（公元1368年）正月，朱元璋在南京称帝，建国号为明。二月，徐达率军攻占山东各地，接着回师河南，兵锋直指汴梁、洛阳，而元朝军阀内战仍在继续。这年闰七月，元顺帝见局势不妙，只好再恢复扩廓帖木儿河南王和中书左丞相的职务，让他率军南下，幻想依靠他挽回败局。这时，明军已经会师山东临清，直趋大都。
至正二十八年（公元1368年）闰七月二十八日，徐达率领明军攻陷通州，元顺帝闻知，不顾大臣们的再三劝阻，决意出逃。当晚，元顺帝率同后妃、太子和一些大臣，打开健德门逃出大都，经居庸关，奔向上都。
八月二日，徐达率军攻入大都。至此，统治了97年的元朝政权宣告结束。明洪武三年（公元1370年）四月，做了35年皇帝的元顺帝因痢疾死于应昌（今内蒙古达里诺尔西南）。其子爱猷识礼达腊继位，携残部退到塞外和林一带，史称北元。
到洪武二十年（公元1387年），占据辽东的纳哈出归降明朝，朱元璋前后用了35年多的时间，至此才完成了全国的统一。
起义带来的重大意义元末农民起义前后历时17年，是继唐末黄巢起义之后的又一次全国性的大规模农民起义，在我国历史上占有重要的地位。从北宋以来，长期积累的土地兼并和土地集中问题，经过这次大起义之后，才算获得了一次较大幅度的调整和缓和，从而促进了社会生产力的发展，使明初的“移民垦荒”成为可能。明初土地关系之所以能获得一定程度的缓和，正是元末农民战争之赐。
其次，在这次大起义中，大批奴隶得到了解放。奴隶在斗争中获得解放的事实，具有普遍意义。《大明律》规定：“庶民之家，存养奴婢者，杖一百，即放为良。”这说明农民起义中奴隶身份获得解放的事实，在法律上得到了进一步的肯定。
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