斡惕赤斤称兵和林一事，加重了汗位虚悬引起的危机，贵由抵达汗庭后，脱列哥那不待宗王集会，便同她身边的大臣们做出了推举贵由为汗的决定。1246年春，他们向各方派出急使，请诸王和大臣们前来参加忽里勒台。东道和西道诸王以及大臣们相继起程前来。最先到达的是拖雷的长妻唆鲁禾帖尼（又作唆儿忽黑塔尼、唆鲁和帖尼，即庄圣皇后）及其诸子。拔都因对贵由不满，借口身体不好和脚病，没有赴会。代表术赤系参加大会的是斡儿答、昔班、别儿哥、别儿哥彻儿、唐兀惕和秃花帖木儿；察合台的儿子也速蒙哥、拜答儿，孙子不里、哈刺旭烈兀、也孙脱花（又作也孙都哇、也孙不花）等也从各自的封地前来。窝阔台的儿子阔端及其诸子、斡惕赤斤及其诸子、按只吉带及其他东道诸王也相继到来。同时还有各地区的长官和贵族。甚至还有来自欧洲的罗马教皇英诺森四世派遣的使者普兰·加尔宾及其使团，他们虽不是与会的成员，却有幸目睹了贵由即位典礼的盛况，为后人留下了一份得自旁观者的记录。
虽然脱列哥那运用她的权力和手段，广施馈赠和小恩小惠，拉拢和争取到了一些支持者，但忽里勒台推举大汗的程序还是不能废弃的。经过讨论，宗王们一致同意由窝阔台的一个儿子来接管治理国家的权力。窝阔台次子阔端表示了继承的愿望，理由是他的祖父一度曾提到过他；另有一些人则支持失烈门，认为他成年后会是一个治理国家的适当人选。讨论中，人们认为阔端身体不好，失烈门尚未成年，而贵由是长子，有处理祸福危难的经验，又素以英武、严峻、刚毅和善驭下属知名，是个合适的人选，其母脱列哥那也属意于他，唆鲁禾帖尼及多数大臣也同意这一选择。贵由本人则照例以各种理由和借口推脱一番，然后就正式做出决定。
贵由的即位典礼于1246年8月24日在月儿怯灭土（哈喇和林西）举行。这次大会盛况空前，参加典礼的长官和呈送贡品的使臣就有四千多人。为他们准备的帐幕有二千多座，大帐周围已无可停驻之地，广阔的原野也变得狭窄了，人的食物和饮料供应都很紧张，马匹的饮料更为缺乏。但典礼仍进行得有条不紊。人们照例摘掉帽子，放松腰带，举行萨满教仪式，然后由斡儿答和也速蒙哥分别拉着贵由的手，把他扶上汗位。接着是敬酒，跪拜大汗和出门拜日。最后就是连续数日的宴饮和庆祝，并把各方呈来的贡品和礼物、府库的金银珠宝等赏赐给诸王和大臣。主持赏赐的是唆鲁禾帖尼，她以自己的才智、持重和无可责难的言行在这次忽里勒台上享有最大的威望。
庆祝活动结束后，开始处理政务。首先是审理斡惕赤斤兵进和林之事。因为它事关重大，不能由异姓审理，贵由把这一案件交给了斡儿答和蒙哥。他们查清问题后，按照札撒处死了斡惕赤斤。
不久，察合台去世。按照成吉思汗的意图和察合台的安排应由察合台的长子木秃坚（又作抹土干、蔑惕干、木阿秃干）的儿子哈刺旭烈兀接管封地治理权，也速蒙哥也无异议。但作为蒙古大汗，贵由对此进行了干预。因为他与察合台之子也速蒙哥关系友好亲密，于是便以“有子怎能让孙子当继承人，为理由，剥夺了哈剌旭烈兀的继承权，让也速蒙哥做了察合台封地的最高领主。
窝阔台死后，脱列哥那执政期间，“诸王各自为政，贵人们分别依附他们当中的一个；因此他们在国土上宣写敕令，散发牌子”②。贵由下令对这一违反札撒的行为进行整顿，收回了他们所发出的牌子和旨令，放在他们面前。只有唆鲁禾帖尼和她的儿子们可以感到满意和自豪，因为他们任何人都没有做过任何一件违反札撒的事。大汗贵由表扬了他们，把他们当做应该学习的榜样。同时他又确认：“一如合罕（指窝阔台）即位时维护其父之札撒，不许丝毫改动其律文，因此同样地，己父之札撒和律文也不应任意损益增删。”③并降旨说：“凡盖有合罕玺印的诏书，不必向他奏告就可签署通过。”④脱列哥那的宠臣法迪玛依仗摄政皇后的威势，姿意妄为，陷害大臣，激起了宗王、贵族、大臣的普遍不满。贵由即位后，重新起用老臣镇海、牙刺瓦赤等，处死了脱列哥那派往汉地的奥都剌合蛮。同时，由于有人告发法迪玛盅害阔端，致使他病势愈发沉重；阔端也遣使汗庭，要求一旦他遭到不测，请大汗为他报仇。不久，传来了阔端的死讯。在镇海的协助下，贵由决定处死法迪玛。脱列哥那极力保护，贵由的态度也十分坚决。最后，法迪玛被以严酷的刑罚处死。
朝中的事务安排就绪后，他分别向汉地、伊朗、河中（中亚以撒马尔罕为中心的阿姆河、锡尔河中间的地区）等处派出将领和军队，也派出治理汉地的长官。第二年（1247），贵由借口叶密立气候对他的健康有利，从漠北起程，带领人马浩浩荡荡地西进。人们猜测，这是因为拔都拒绝拥戴他，他心怀不满，西进的目的是讨伐拔都。唆鲁禾帖尼意识到了这一点，她向拔都处派出急使，提醒他早做准备。于是拔都也整军，东进相迎。1248年春，贵由行至距别失八里（今新疆吉木萨尔破城子）一周之程的横相乙儿之地，病逝。
史载贵由凶悍、残暴，拒听臣下建议；崇奉基督教，压抑穆斯林；而在挥霍和滥赏方面又超过了他的父亲。他虽然处死了脱列哥那的宠臣和妄图夺取汗位的逆臣，却未能从根本上改变脱列哥那执政时期造成的混乱局面。加之他的即位引起了阔端、失烈门的不满；擅自改变察合台关于继承人的安排，导致了哈喇旭烈兀与也速蒙哥的矛盾；甚至其他左翼诸王也心生疑忌；西征拔都，使术赤、窝阔台两系关系进一步恶化。这一切都加剧了黄金家族内部的矛盾与分裂，也预示着蒙古国汗位继承将呈现更加复杂的局面，出现更加尖锐激烈的斗争。
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