此外，也有大司农司、翰林国史院、集贤院、宣徽院等承自前代的机梅。
在中书省、枢密院、御史台分管政务、军旅和监察之外，在元朝中央，还有与之平行的掌管蒙古、回回和藏地事务的机构。其中包括蒙古翰林院及其所属蒙古国子监；掌管回回历法的回回司天监；掌管也里可温（基督教和基督教徒）的崇福寺；掌管藏地事务的宣政院等。国初的札鲁忽赤，随着国家统治机构的完备，则转变为专掌皇族政刑的官员，而以大宗正府为其办事机构。与历代大宗正府不同的是“主要治理诸王、驸马投下的蒙古、色目人刑名词讼等事，时而兼治汉人刑名”⑩。大汗后妃所居的斡耳朵官属，则相当于辽朝的宫官。怯薛又是与五卫亲军制并行的大汗禁卫军和直属部队。
地方行政机构是行中书省，简称行省。元人认为：“国制，中书总庶政，是为都省。幅员际天，机务日繁。相天下重地，立行省而分治焉。若稽古制，魏晋有行台，齐隋所管置外州称行台尚书省，唐以诸道事繁，准齐分置，今行省，其遣制也。”其实，元朝的行中书省乃是承自金末的行尚书省。金朝后期，为抵御蒙古的军事需要，在河北、山东、陕西等地遍置行省，作为尚书省的派出机构，以宰执主持抗蒙事宜，以加重事权。它是一种临时建置。成吉思汗南下时，对降蒙的金朝故官、将领，常以原官授之。同时，也采用了金朝行省的官称。此后，凡有征伐之役、分任军民之事，往往称行省或行台，初无定制，迭为废置。
中统元年，世祖立十路宣抚司为地方最高行政机构。同时，也以中书省官行某处省事的官衔，派往地方行使中书省职权，设立了一些行省机构。大约在至元二十年左右，以宰执行某处省事系衔嫌于外重，于是乃改为某处行中书省平章或右丞、左丞、参知政事，而不再以都省官系衔。行省遂从都省的派出机构逐渐演变为地方最高行政机构。因中央尚书省之设，行中书省又曾两度改为行尚书省。
至元二十七年（1290），元廷在全国范围调整行省建制，除中书省直辖的山东、山西、河北等地（腹里）外，在全国设立岭北、辽阳、河南、陕西、四川、甘肃、云南、江浙、江西、湖广等十个行省。行省“掌国庶务，统郡县，镇边鄙，与都省为表里”。行省设丞相一员，平章二员，右、左丞各一员，参知政事二员，于地方“钱粮、兵甲、屯种、漕运、军国重事，无不领之”。行省下分设路、府、州、县。
路置总管府，长官为达鲁花赤、总管，又有同知、治中、判官等。至元二十年定制，十万户以上或虽不及十万而地当冲要者为上路，以下者为下路。
府有直隶都省和隶行省或宣慰司的不同，也有统州县与不统的差异。府设达鲁花赤和知府或府尹。
州县也以户口多少为差等。至元二十年，定五万户以上者为上州，三万户以上者为中州，不及万者为下州。上州置从四品达鲁花赤、州尹，六品同知和七品判官；中州置正五品达鲁花赤、知州，从六品同知和从七品判官；下州置从五品达鲁花赤、知州，正七品同知和正八品判官。
三万户以上者为上县，一万户以上者为中县，一万户以下者为下县。上县秩从六品，有达鲁花赤、尹、丞、簿、尉各一员；中县秩正七品，不置丞；下县秩从七品。
此外，在远离行省中心的地区，又置宣慰司，“掌军民之务，分道以统郡县，行省有政令则布于下，郡县有请则达于省。有边陲军旅之事，则兼都元帅府，其次则只为元帅府”。宣慰司置使、同知、副使、经历、都事等。“其在远服，又有招讨、安抚、宣抚等使，品秩员数，各有等差”。
蒙古统治者最重军事，元朝的军制却最为混乱。时人记载：“本朝最偏重者无若军政，最纷乱者无若军政，”“大无纲纪，细无纪目……分隶频碎，源委隔绝，棼丝沸羹，互相争夺。内立枢府兵部，无簿籍之可寻；外设行省、统军万户府，无一定之行伍。”至于军队的数目，元朝官员中了解者也为数极少。当时，“天下军马总数目，皇帝知道，院官（指枢密院官）里头为头的蒙古官人知道；外处行省里头军马数目，为头的蒙古省官每知道”。“更这边关机密，不合交多人每知道”。早期，大蒙古国的军队除大汗的怯薛外，有诸王、驸马、功臣、千户的属民所组成的军队。凡有征伐，依大汗的征调出兵。如拔都西征、旭烈兀西征、忽必烈征大理等役，都由东西道诸王派子弟和属下军士参战。而攻坚和镇戍各占领地区，又有探马赤。随着征服范围的扩大，各被占领地区的男丁也成为国家武装力量的来源，故有汉军、新附军（由南宋降军改编的军队）等名目。
按兵种分则有骑兵、步兵、水军、炮手军等类。
元朝的军事防卫可分为两大系统：保卫皇帝和京畿的宿卫系统和镇守全国各地的镇戍系统。
早期，大汗的宿卫由怯薛负责。世祖时，建立侍卫亲军，而怯薛之制不废。中统元年，“谕诸路管军万户，有旧从万户三哥（指史天泽）西征军人，悉遣至京师（开平）充防城军”和“征诸道兵六千五百赴京师宿卫”之事，可能是忽必烈创建侍卫军之始。二年（1261），任董文炳为侍卫亲军都指挥使；三年（1262），命董文炳共领武卫军事。至元元年（1264），武卫军正式改为侍卫亲军，八年，亲军扩充为左、右、中三卫。到至元末，忽必烈共设置过侍卫亲军三十余卫。侍卫亲军设都指挥使，品秩与万户相当（正三品）。侍卫亲军由蒙古、汉军和新附军组成，迁入内地的色目人，如康里、阿速、钦察等后来也有被编入侍卫亲军者。
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