他遣博罗欢总探马赤军，调集忙兀、兀鲁、扎剌亦儿、弘吉刺、亦乞烈恩五投下部众先行。以玉昔帖木儿、李庭分统汉军扈从北征。
海都、都哇利用东道诸王叛乱的有利时机，也加紧了军事进犯。二十五年（1288），海都犯边，元派驸马昌吉，诸王也只列（也只里），察乞、合丹两千户，皆发兵从诸王出伯（术伯）北征。
二十六年（1289），晋王甘麻剌、大将土土哈与海都军战于杭海岭。“敌先据险，诸军失利”，甘麻刺陷入重围。“土土哈以其军直前鏖战，翼晋王以出。”海都乘胜北上，再次占领和林。和林为漠北重镇，屯粮所在，掌钱谷出纳的和林宣慰使怯伯、同知乃蛮带、副使八黑铁儿投叛，元朝政府军有遭到东西叛军联合围攻的危险，形势更加危急，七十四岁的老皇帝忽必烈再次亲征。他调集安童、伯颜、玉昔帖木儿、李庭等各路蒙古、汉军扈从。七月，忽必烈出师，海都闻讯远遁。元军收复和林，仍以伯颜居守。
二十九年（1292）秋，海都指使明理铁木儿犯边，伯颜奉命往讨。两军相遇于阿撒忽秃岭，“矢下如雨，众军莫敢登。伯颜令之曰：‘汝寒君衣之，汝饥君食之，正欲效力于此时尔。于此不勉，将何以报！’麾诸军进，后者斩，伯颜先登陷阵，诸军望风争奋，大破之。”时明理帖木儿败走，伯颜以轻骑追击，斩首二千余级，俘其众以归。
伯颜久在军旅，历经战阵，知己知彼，恩威并济，有丰富的指挥经验。他对海都等叛军，采取固守防御为主，征进与招抚兼施的策略。战术上以逸待劳，不轻易出击。使叛军在数次出击，长途行军中消耗有生力量，然后一举平定。当时，海都在多次骚扰边境，长途奔袭之后，其势已如强弩之末，力量消耗殆尽，平叛的胜利指日可待。但军中将领不能完全理解他的意图，朝中又有人以“因仍保守”弹劾他，忽必烈本人也急于取得平叛的胜利。于是，至元二十九年，朝廷决定以玉昔帖木儿代伯颜。玉昔帖木儿前来接仁之际，恰值海都再次犯边。伯颜欲为朝廷除此大患，遂对玉昔帖木儿说：“公姑止，待我翦此寇而来，未晚也。”伯颜领兵出战，“与海都兵交，且战且退，凡七日，诸将以为怯，愤曰：‘果惧战，何不授军于大夫！’伯颜曰：‘海都悬军涉吾地，邀之则遁，诱其深入，一战可擒也。诸军必欲速战，若失海都，谁任其咎？’诸将曰：‘请任之。’即还军击败之，海都果脱去。”这次失机，又使海都得以自立数年。
玉昔帖木儿代伯颜后，元军展开了大规模攻势。当年秋，土土哈略地金山，获海都属户三千余，迁至和林。又向吉利吉思进兵。次年（至元三十年，1293）“师次谦河，冰行数日。始至其境，尽收其五部之众，屯田守之。”海都派兵来争，又被击败。到忽必烈去世时，海都的势力已被逐出按台山（即金山，今阿尔泰山）之外，实力也已大大削弱，与西北诸叛王的斗争已经取得了决定性胜利。但是，与分裂势力斗争多年的忽必烈还是没有看到平叛斗争的最后胜利。
成宗即位后，仍以大将土土哈率军居守，宁远王阔阔出（忽必烈子）抚军。旷日持久的战争不仅消耗了海都的军力，而且使部众、将领产生了厌战情绪，叛军内部再次发生分化，从海都叛者相继来归。元贞二年（1296），诸王药木忽儿也脱离海都，由土土哈陪同入朝。大德元年（1297），土土哈死，其子床兀儿袭父职继续领兵驻守漠北。床兀儿率军逾金山攻八邻之地，与海都将帖良台战于答鲁忽河，“帖良台阻水而军，伐木栅岸以自庇；士皆下马跪坐，持弓矢以待我军，矢不能及，马不能进。床兀儿命吹铜角，举军大呼，声震林野。其众不知所为，争起就马。于是麾军毕渡，涌水拍岸，木栅漂散，因奋师驰击，追奔五十里，尽得其人马庐帐。”回军，又与海都所遣援军孛伯遇，战于阿雷河。“河上有高山，孛伯阵于山上，马不利下驰。床兀儿麾军渡河蹙之，其马多颠踬，急击败之，追奔三十里，孛伯仅以身免。”二年，床兀儿又败都哇军于火儿哈秃之地。
连续大胜使诸王将领产生了骄傲轻敌情绪。大德二年秋，诸王将帅商议防边时，都认为“往岁敌无冬至之警，宜各休兵境上”。汪古部驸马、高唐王阔里吉思主张严兵以待，他说：“今秋候骑来者甚寡，所谓鸷鸟将击，必匿其形，兵备不可弛也。”这年冬天，叛军果然大规模进犯。阔里吉思以所部兵迎击，三战三克，乘胜逐北，深入险境，而后援不至，为叛军所俘，不屈而死。这是一次沉痛的教训，也是自那木罕被劫持后，元军最大的败仗之一。成宗使皇侄海山于军中代阔阔出总兵。四年，海山败海都军于阔别列之地。乃蛮带部落降。五年（1301），博尔忽之子太师月赤察儿奉命督师。海都大举犯边，元军分为五队，分别与海都战于迭怯里古（帖坚古、铁坚古山）、合剌合塔等地。月赤察儿自将一军，“被甲持矛，身先陷阵，一军随之，五军合击”，叛军大败。海都、都哇负伤退兵，海都死，将窝阔台汗国的事务托付给都哇。在都哇的主持下，海都长子察八儿掌管了窝阔台汗国。察八儿是一个瘦弱多病的人，他的继立，引起了海都诸子女间的不和，窝阔台汗国的势力进一步削弱。
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