表面看来，阿鲁忽的行为是对这次使臣征收财富产生的贪欲所致，实则它有更为深刻的原因。如果这批财物得以运往阿里不哥处，就等于阿鲁忽承认了大汗对河中和突厥斯坦地区的所有权，阿鲁忽占有这一地区的土地、财富、人口、军队就是非法的，这是一个涉及到察合台汗国根本利益的大事，是察合台汗国能否在亚成为一个强大的势力的关键之一。他需要尽可能地削弱大汗在这一地区的势力，加强自己对这一地区的控制，使自己成为这一地区的真正主人。于是他采取了扣留阿里不哥使者的行动。
虽然夺取河中等地区是阿鲁忽的既定目标，但事情发生得如此突然还是他始料所不及的，于是与阿里不哥闹翻后下一步应如何安排也是他不能不立即作出决定的问题。于是，他召集大臣，商讨对策。大臣们说：“在抓起使者之前，应当商议，而如今我们既然已经与阿里不哥成了敌人，（唯一的）出路就只能与他彻底决裂并效力于忽必烈合罕。”③于是，他向忽必烈遣使，表示了对他的拥护和支持。阿鲁忽的投靠，对忽必烈当然是求之不得的好事，这样，他的势力就可以从东到西联成一线。此时，旭烈兀也有使臣到达。于是，忽必烈也分别向两人遣使，并根据情况作出了新的军事部署：“从质浑河到密昔儿的大门，蒙古军队和大食人地区，应由你，旭烈兀掌管，你要好好防守，以博取我们祖先的美名。从阿勒台的彼方直到质浑河，可让阿鲁忽防守并掌管兀鲁思和各部落。而从阿勒台的这边直到海滨，则由我防守。”④同时，给了阿鲁忽一道圣旨和一个牌子。
忽必烈与阿里不哥的做法不同，他没有再次申明河中和突厥斯坦为大汗所有，而是通过圣旨，承认阿鲁忽对这一地区的统治权，一方面使自己得到了阿鲁忽的支持，进一步孤立了阿里不哥，一方面使阿鲁忽的权力正式得到了大汗的认可，此事大约发生在中统三年（1262）春。忽必烈的这一安排使察合台汗国得以发展、强大并取得了与钦察、伊利诸汗国相同的地位。但是，此时的察合台汗国依然不是独立的国家，它仍然是大蒙古国的藩国。
阿鲁忽向西与钦察汗国争夺，势力伸展到花剌子模和今阿富汗北部地区。1266年，阿鲁忽死。兀鲁忽乃再立木八剌沙为察合台汗国的君主。当阿里不哥战败投降后，忽必烈又派察合台的重孙八剌（又作八剌合，察合台之子木秃坚的次子也孙都哇之子）回到察合台汗国，让他辅佐木八剌沙管理汗国并配合大汗军队平定海都之乱。
八剌在聚集力量之后，曾按忽必烈的旨意进攻海都，双方各有胜负。后在窝阔台的另一孙子钦察斡忽勒的调解下，两人和解，八剌巩固了自己在察合台汗国的统治地位。于是，他公然与大汗分庭抗礼，“他驱走了大汗委任的统治东突厥斯坦地区的异密木古鲁克，代之以自己的属臣别克迷失。忽必烈派出一支六千人的骑兵援助木古鲁克复位，但在八剌合（即八剌）三万大军的优势兵力威胁下，不得不退兵罢战。这些事件荡涤了大汗在突厥斯坦势力的最后残迹，标志着独立自主的察合台汗国的崛起”⑤。
1269年，海都主持在塔剌思召开了一次忽里勒台，海都与八剌结为安答，并决定向阿姆河南发展势力，共同攻打伊利汗国的阿八哈汗。他们一度占领了呼罗珊的大部分和今阿富汗的一部分地区。但是，后来窝阔台方面的人中途撤走，八剌吃了败仗，1270年撤回。当他的势力削弱时，海都以援助为名匆匆赶来，并包围了八剌的营帐。虚弱的八剌惊惧而死。海都主持了他的葬礼，并操纵了他的国家。此后，察合台汗国在海都的控制下，先后立了尼克拜（捏古伯）、秃花帖木儿和都哇为汗。
都哇长期配合海都与元朝对抗，成为元朝西北的最大反叛势力。1301年，海都死。因为都哇由他所立，他自认为对都畦有恩，遂将窝阔台汗国的事务交由都哇安排处理。都哇有意立了不孚众望的海都长子察八儿，引、起了窝阔台汗国内部诸王的不合，都哇乘势控制了窝阔台汗国。同时主动向元廷请和，结束了数十年的战争。从而树立了自己在察合台汗国蒙古贵族中的威望。
1307年，都哇死，子宽彻即位。1309年，宽彻死，非都哇系的塔里忽（察合台五世孙）乘都哇诸子年幼之机做了察合台汗。但是，都哇的威望使得任何非其直系的察合台后裔继立的合法性受到责难。因此，塔里忽遭到了诸王和异密的反抗。为了确保自己的地位，塔里忽阴谋除掉都哇的子孙。在危难之际，都哇的幼子怯别请求兀赞把阿秃儿予以支持、保护，他们密谋趁塔里忽举行宴会之机，突然袭击，杀死了塔里忽及其诸子、那可儿，收编了他的军队和官员，夺回了都哇家族对汗国的统治权。窝阔台系诸王也曾想乘察合台汗国内乱之机，使被废黜的察八儿复辟，被怯别击败。都哇的后裔保住了察合台汗国对中亚的控制权。他遣使向元武宗海山报告了一切，得到海山的赞许，察合台汗国使被废黜的察八儿复辟，被怯别击败。都哇的后裔保住了察合台汗国，继续保持了由都哇、宽彻与元廷建立的友好关系。
1309年，怯别召集忽里勒台，决定由其驻守在哥疾宁地区的兄长也先不花继承汗位。后来，也先不花迁往阿力麻里，怯别则驻守河中，汗国实际上分成东、西两部。怯别所统的中合亚今乌兹别克斯坦、塔吉克斯坦、吉尔吉斯斯坦、哈萨克斯坦汗和阿富汗北部地区属西察合台汗国；也先不花控制的中国新疆兴维吾尔自治区，中亚的七河流域及伊赛克湖以东地区属东察合台汗国，也称作“蒙兀斯坦”。而东部的也先不花为宗主。
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