蒙元时期有大量宗室、勋臣和怯薛子弟入仕为官，又接收了金朝的降臣、降将，汉人世侯也各自辟置了官属和幕僚，元廷没有通过科举选拔官员的迫切需要。但呼吁恢复科举者显然也大有人在，因而长期以来，关于恢复科举的议论和筹备工作也一直没有停止。
十年（1273），又有诏行科举，命翰林老臣等拟定程式。
十一年十一月，翰林院上奏所拟科举程式于太子真金。“奉令旨，蒙古进士科及汉人进士科，参酌时宜，以立制度”。
十二年正月，又议。参加者有窦默、姚枢和刚剐奉召入京的杨恭懿。恭懿言：“明诏有谓：士不治经学孔孟之道，曰为赋诗空文。斯言诚万世治安之本。今欲取士，宜敕有司，举有行检、通经史之士，使无投牒自售，试以经义、论策。夫既从事实学，则士风还淳，民俗趋厚，国家得才矣”⑨。看来，这次讨论的结果可能是确定了以经义、策论两科取士。苏天爵说，“条目之详，具载于策书”。科举的准备工作看来也已经完成，但最后还是未能付诸实行。
至元二十一年，中书右丞相和礼霍孙再一次建言设科举，再诏中书省议。不久，“和礼霍孙罢，事遂寝”⑩。
在官僚队伍的补充和更新方面，由于不能以科举选士，则不得不开辟新途径。而某些低级官员出现空缺时，也常常以吏员升职，久而久之，吏员出职逐渐制度化，在一定程度上弥补了科举停废造成的人才短缺现象。灭宋后，又搜罗了一些南宋儒生，世祖后期，多以儒臣任监察和词苑职务，通过他们掌握舆情和整顿吏治，也能大体上维持元朝社会关系的平衡。元世祖时期这种用人政策的实施使科举选士的重要性降低，科举已不再是选士的重要途径。成宗、武宗的经历又是以领兵镇守漠北为主，与儒生接触甚少，对科举取士更形隔膜。因而，历世祖、成宗、武宗三朝，恢复科举虽然曾多次被提及，到仁宗即位前，却一直是议而不行。
就最高统治者对科举的态度讲，仁宗的情况与前几位皇帝显然不同，他自幼生长于汉地，一直有儒臣相伴，特别是名儒李孟，“仁宗在宫中，孟曰陈善言正道，多所进益”。在怀州四年间，他也始终随侍身边，“诚节如一，左右化之，皆有儒雅风”。李孟依然坚持“汉、唐、宋、金；科目得人为盛”；柏铁木儿也特别提出“先朝尝欲举行而未果”。时故老凋零，吏员人仕制度的弊端也日益明显而且严重，仁宗在潜邸时已“深见吏弊，欲痛划除之”。久居汉地的蒙古、色目贵族的汉文化索养也有了一定提高，恢复科举的条件终于成熟。
皇庆二年（1313）十月，中书省臣奏：“科举事，世祖、裕宗累尝命行，成宗、武宗寻亦有旨，今不以闻，恐或有沮其事者。夫取士之法，经学实修已治人之道，……今臣等所拟将律赋省题诗小义皆不用，专立德行明经科，以此取士，庶可得人。”于是，十一月，下诏行科举，诏称：“其以皇庆三年八月，天下郡县，兴其贤者能者，充赋有司，次年二月会试京师，中选者朕将亲策焉。”议论了半个世纪的科举问题，终于有了结果。
元朝科场，每三年开试一次。分为乡试、会试、殿试三道。
乡试科目，蒙古、色目人试二场。第一场经问五条，《大学》、《论语》、《孟子》、《中庸》内设问；至正时减为三条，另增本经义一道。第二场试策一道，以时务出题，限五百字以上。汉人、南人试三场，第一场明经经疑二问。也于四书内出题，并以己意结，限三百字以上；经义一道。第二场古赋诏诰章表内科一道，古赋诏诰用古体，章表四六。第三场策一道，经史时务内出题，限一千字以上。蒙古、色目人，愿试汉人、南人科目，中选者加一等注授。蒙古、色目人做一榜，汉人、南人做一榜。第一名赐进士及第，从六品；第二名以下及第二甲，皆正七品；第三甲以下，皆正八品，两榜并同。各行省、宣慰司、直隶省部按蒙古、色目人、汉人、南人分配名额。全国乡试中选合格者三百名，送大都会试。会试科目与乡试同，于三百人中录取一百，蒙古、色目、汉人、南人各二十五人。一月后，于翰林院参加殿试。
殿试蒙古、色目人试时务策一道，限五百字以上；汉人、南人试策一道，限一千字以上。题目由儒臣草拟四首进呈，皇帝选定其二。监试官与读卷官以所对第其高下，分两榜公布。蒙古、色目人为右榜，汉人、南人为左榜。由于右榜取数常不满，故元代每科所取多不满百人。
元统元年癸酉（1333）科，取士百人，“左、右榜各三人，皆赐进士及第，余赐出身有差。科举取士，于斯为盛”。
但是科举恢复后，进展并不顺利，英宗即位时，出现了一些周折；泰定即位时，几乎又被停废。“周旋扶护而潜弥之，一、二人是赖。盖设科以来，列圣首诏。必有因而摇动者”。到元顺帝元统三年（十一月改至元，1335）十一月，艰难推行的科举还是被权臣伯颜所废。
古代风景画鉴赏元统二年三月有诏称“科举取士，国子学积分、鳝学钱粮，儒人免役，悉依累朝旧制”。重申旧制，看来正是旧制面临危机的反映，不过，可能是经过一场激烈的斗争或争论，支持科举者取得了暂时的优势，旧制被重新确认，元统三年的乡试得以照常于八月举行。但很快，形势便急转直下，十月，监察御史吕思诚等19人弹劾中书平章彻里帖木儿变乱朝政，而彻里帖木儿在权臣伯颜的支持下，视事如故，台臣却多被迫辞职。由于台臣多由科举人仕，对权臣的为所欲为多有牵制，早已成为伯颜的政治敌手和擅权的最大障碍，自然也为他所嫉恨。而今伯颜的同党又为御史所劾，自然迁怒于科举，所谓“彻里帖木儿挟私憾，奏罢进士科”，实则不过是秉承伯颜的意志行事罢了。废罢科举也就成了他打击政敌的一种手段。他既希望利用废罢科举打击儒臣，也想以此换取反对科举诸社会势力的好感，于是科举首当其冲，成了元朝后期社会各政治派别斗争的牺牲品。在废科诏书草就而未用玺印之际，参知政事、知经筵事许有壬向伯颜力争，却终不能挽回。十一月，废科诏书下。
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