但是，儒臣为保卫科举也可算不遗余力。罢科举的诏书颁下仅三个月，该年闰十二月，御吏台再以指斥武宗和取内侄女为己女冒领珠袍事弹劾彻里帖木儿，彻里帖木儿被流放于安南。于是他们又开始为恢复科举奔走呼吁了。其不知彻里帖木儿的去留对科举并无决定性影响，伯颜不去，科举实不可能恢复。因此，直至脱脱配合顺帝除去伯颜后，科举才得以重新进行。
元朝科举虽取人有限，却依然是广大士人阶层的希望和利益所在，废科之举激起了士人普遍不满，在社会上引起了很大的反响，给元政权带来了不小的压力。反对科举的政治势力也没有从中得到更多好处。伯颜试图以废科举排斥打击政敌的结是加速了自己的垮台。
至元六年（1340）初，伯颜被贬死。年底，顺帝下诏恢复斗举。至正元年（1341），科举再兴。
有元一代，共开科试十六次。由科举人仕者，包括国子监应贡会试中选者共计一千二百名。占仕途总数的百分之四点三。“这个比率，大致上只相当于唐代和北宋的十分之一。”同时，曲科举入仕者，只许有壬一人得进相位。“复科后五十四年间，可以确定是以科举进身的参相者有九人。把他们各自人相的年数相加，一共只有二十七个年头，占同时期中参相官员各自在职年数总和的3％强。根据现在掌握的材料，进士中官至省、部宰臣（包括侍郎）的约二十多人，做到行省宰臣及路总管的也不过二三十人，在同级官僚总人数中的比率自然都低得惊人。”
因此，进士出身的官员，无论就数量还是就地位而言，在官僚队伍中，都处于绝对的劣势。“对有元一代宿卫出职皆居当道要津、品官来源多自掾吏人流的用人格局，基本上没有什么触动。”故时人认为“元有科目，名有而实不副”。
但是，有限的科举取士对元朝乃至后世依然起到了一定作用。
“中国传统的封建国家法制，实际上是儒家意识形态的制度化。”“以儒家学说为标准考试取士虽然有各种弊端，但从根本上说，它在意识形态方面保证了入选官僚在素质上与其所维护的封建法度之间的内在一致性。这种一致性不仅意味着国家在保障地主对农民进行政治压迫和经济剥削方面的责能，而且意味着它作为各对立阶级之间的调节器，必须用儒家思想来约束统治阶级自身的过度行为，以便在某种程度上减缓统治阶级的腐化速度以及对抗性矛盾不可避免的激化趋势。封建国家机器能否最大限度地发挥这种调节作用，很重要的一个因素，就取决于掌握这个机器的官僚的素质”。元代科举被限制在最低限度内，官僚队伍中涌入大量“缺乏正统儒家思想熏习教冶的胥吏令史”，“损害了官僚素质与封建法度之间的内在和谐，破坏了封建国家机器所具有的某种调节作用，结果，既加速了吏治的腐败，也加剧了整个社会状况的恶化”。而科举的有限保留，自然也就有限地发挥了它的调节作用。
科举的实行，不但在一定程度上使儒家思想文化在汉地得以继承和传播，同时，也带动和提高了边疆后进地区文化的发展和普及。全国各行省自岭北至海南、云南，从陕西、甘肃到辽东都按所定数额选举子人试，再辅以学校的建立，则使先进的汉文化得以向边疆地区推广，促进了少数民族地区的文化发展。尤其是西北地区，色目人中出现了不少汉文化修养很高的知识分子，这无疑是以各少数民族汉文化水平的普遍提高为基础的。
自元仁宗恢复科举，试题多以朱熹及其门人弟子对四书、五经的注疏为准，《春秋》许用左氏、公羊、谷梁三传，《礼记》仍用古注疏。这种专以理学取士的制度，自元朝开始，为明、清所袭，维持了近六百年，对理学，尤其是小学的普及与传播起了促进作用，也给中国封建社会后期的政治、文化带入了更多的消极影响。
注释①《元史·耶律楚材传》载，丁酉年楚材向窝阔台建议兴学校，行科举。他说：“制器者必用良工，守成者必用儒臣。儒臣之事业，非积数十年，殆未易者成也。”
②《庙学典礼》卷一（选试儒人免差）。
③《元史·选举志一》。
④《元史·选举志》载，世祖至元初年，有旨命丞相史天泽奈具当行大事，尝及科举，而未果行。
⑤《元史·世祖纪三》、《元史·选举志》。
⑥《羽庭集》卷二，刘仁本《送大璞圯上人序》栽：“佛宗有三，日禅、日教、日律。禅尚虚寂……而教则通经释典。徒单公履意欲将科举比附为教，以引起元世祖的重视。
⑦《元史·董文忠传》。
⑧《元文类》卷八《左丞许文正公》载：庚申，上正位宸极，（许衡）应诏北行，至上都，入见，问所学，曰孔子；问所长，曰虚名无实，误达圣听；问所能。曰勤力农务，教授童蒙；问科举如何，曰不能；上曰：“卿言务实。科举虚诞，朕所不取。”
⑨《元史·杨恭懿传》。
⑩《元史·世祖纪十》。
《元典章》卷三一《科举程式条目》载：关于开科取士，“世祖皇帝、裕宗皇帝几遍教行的圣旨有来，成宗皇帝、武宗皇帝时分，贡举的科法度也交行来上位根底合明白提说。”可见自世祖至武宗时，议论一直没停，但科举也一直没行。
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