从1280年代起，元政府在高丽长期设置“征东行中书省”（又称“日本行省”），把高丽作为准备进攻日本的军事基地。征日本之役经两次失败搁置以后，征东行省的建制仍一直保留，惟朝廷不再专派行省长官，仅就用高丽国王为行省丞相。它与元王朝国内各行省的性质多有不同。由高丽国王兼任的行省丞相在其境内拥有自行设置官府、考试取士、征收赋税、施行号令的权力。如当时人所说，高丽“有宗庙蒸尝以奉其先也，有百官布列以率其职也，其行赏号令专行其国，征赋则尽是三韩之壤，唯所用之，不入天府”。高丽政府在元代基本上是独立地行使着国家主权。
不过，作为元朝的“属国”。高丽经常受元朝的榨取和压迫。元政府为笼络南宋降军，派人到高丽为他们“求娶妻室”。元使偕同高丽官员到处拘搜民间的独身女子、“逆贼之妻、僧人之女”。将他们发遣入元时，“哭声震天。观者莫不悽唏”。在出征日本时期，元朝又迫使高丽出兵卒、船夫、战船和军粮，种种征派成为高丽军民沉重的负担。
进入14世纪后，元与高丽的文化、经济交流逐步发展。元代有许多高丽人侨居中土，甚至在中国做官。很多高丽学者、僧人都与中国文人保持着十分密切的关系。1310年代前期，高丽国王王璋让位给儿子，自己以驸马、沈王身份在大都筑万卷堂，读书闲居。高丽儒生李齐贤奉召陪侍王璋。也长期侨居中国，与当时名臣大儒论学唱和，是这个时期高丽史上最有名的文学家。元朝恢复科举考试后，高丽士人往往不远千里赴试大都，其中有些人其实早已通过本国自行举办的科试而做了官。他们宁可脱去官袍，重新以“诸生”身份来中国竞技于场屋，是因为“得于其国者不若得诸朝廷者之为荣”。
高丽“密迩日本”。忽必烈将王植扶上王位不久，就一面督其“阅军造船”备征日本，一面派国信使从高丽渡海，去招谕日本“来朝”。从1267年后的七年间，元国信使或递送国书、牒文的专人五至日本。日本天皇曾命朝臣拟就答元朝书，但因镰仓幕府力主不予回牒的强硬态度而没有送达元廷。至元十一年（1274），元朝以忻都为都元帅、高丽人洪茶丘为副元帅，率蒙古、汉军和高丽助征军共2，5万人，从合浦（今朝鲜马山）渡海，进袭日本的对马、一岐两岛，在筑前博多湾（在今日本福冈县）等地登陆。元军在这里遭到日本的强烈抵抗，不能深入，又遇飓风，战舰多触礁摧毁，被迫班师。这一年是日本龟山天皇文永十一年，日本历史上称为“文永之役”。
次年，忽必烈又遣使日本。幕府欲使元廷“永绝窥觎”。遂杀元使，仍不予回牒。日本在沿边海守戍以备蒙古的同时，又制定“征伐异国”的计划，在国内限日登记大小船舶、水手舵手、出征将士的年龄及武器等，宣布“若及遁避者，可被行重科”。此后数年内，日本军不断骚扰高丽和元朝沿海，可能就与这个“征伐异国”的计划有关。
元使在日本被杀的消息。直到至元十七年（1280）初才传回中国。至夏，忽必烈召见宋降将范文虎，“议征日本”，不久即建征东行省，筹备再次征日。至元十八年（1281）五月，元东路军由忻都等人率领，从合浦再渡朝鲜海峡。江南军主要由降元的宋朝水师组成，包括“张世杰溃军”，乃至“避罪附宋蒙古、回回等军”在内，由范文虎统率，从庆元（今浙江宁波）航海。元用宋降军去替它拓地，顺便也达到了不杀降而降人自灭的目的。两军相约在日本一岐岛会师，总兵力达14万，共有船舰4400多艘。江南军失期迟至。汇合后大部分元军进屯鹰岛。未经大战，即遇飓风。元军缚舰为城，仍经不起风涛颠簸，“震撼击撞，舟坏且尽。军士号呼，溺死海中如麻”。东征将领弃十余万士卒于岛，择坚好船只逃回。日军乘势进攻，尽杀蒙古、高丽、北方汉人军卒，而虏南宋降军为奴。日本史称此战为“弘安之役”。
打渔图终元之世，中国与日本之间一直没有建立政府间的关系。但即使是在交战期间，两国的民间贸易也没有完全中断。停战后，日本商船来中国货贸的更多。庆元是对日贸易的主要港口。自大德九年（1305）到至正十年（1350）的46年间，有33年留下了日本商船来华的确切记载。中国商品出口，最大量的是瓷器、铜钱、铜器也是日本来华购买的主要产品。从日本进口的货物，有黄金、精制刀剑、扇子等等。除商人以外，大批日本僧人到中国交流佛法。同时中国禅僧也因日本僧人乃至镰仓北条氏的邀请，搭乘商船渡海东去。日本有些学者甚至将13世纪前后的100年称为日本的“渡来僧世纪”。据考证，这个时期东渡的中国僧人，有姓名事迹可考者不下30人。其中除少数出自四川外，大部分是杭州、明州（今浙江宁波）、台州（今在浙江）、温州、漳州等江南临海都市的高僧。他们多在日本镰仓、博多、京都等地主持禅寺。这时的建长、圆觉等著名寺院，竟因为历代主持以“渡来僧”居多，乃至寺内以汉语为日常用语。
进入14世纪以后，日本镰仓幕府陷入政治危机。破产武士和走私商人相邀结，到中国沿海口岸强买强卖、武装走私，“即不满所欲，燔炳城郭，抄掠居民”。这就是所谓“倭患”。到明代中后叶，由于政府厉行海禁，中国东南沿海的海盗与少数真正的日本浪人勾结，倭寇之患遂成为更加严重的社会问题。
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