仲敦巴佛教在藏地遭到取缔时，部分僧侣逃出劫难，隐避到吐蕃政权势力较弱的藏地东、西部。今青藏高原东北的湟水流域逐渐成为佛教传承的中心。藏地西部的纳里（今译阿里）地区，是西藏佛教复兴的另一个基地。920年代，从藏地中部遴选的10人东赴宗哥（Tsong-kha的汉语译音，藏语称湟水为Tsong，河滨为kha，Tsong-kha译言湟水之滨）学习教法。以后回藏复兴佛教。这件事被看作西藏佛法“后弘期”的开始。差不多与此同时，纳里地区的吐蕃小王不断用重金聘请印度、尼婆罗等地的高僧前来译经阐教，又派人西行求法。东来的高僧以印度班智达大德阿底峡最为著名；西去求法的纳里僧人中，最有名的是三至迦湿弥罗（今译克什米尔）的译师仁钦桑波（958-1055）。10世纪末叶，尤其是进入11世纪后，佛寺在全藏各地又普遍地兴建起来。由于所传教法不同，这些寺院根据各自的传授系统分别归属于以一个或几个大寺院为据点的教派。
寺院势力最初是在世俗小王的支持和保护下重萌生机的。但当他们积累起足够的经济力量和宗教影响后，他们也起而参与地方的政治活动，于是形成很多以大寺院为中心的神权政治的势力。教团领袖开始时是由寺院僧众推举的，后来经常变成世袭职位。较大的世俗宗族往往会以叔侄相继的传承方式世代把持某个大寺院住持的座席。世俗贵族与僧侣集团之间就这样结成一种很特殊的“赐主—福田”关系。较小的世俗贵族甚至还要反过来寻求教团的保护。在十一二世纪，藏地存在着以下这些势力很大的教派集团：噶当派（bkah-gdams-pa），由阿底峡的弟子仲敦巴（1005～1064）所传。它在前藏拥有很大的势力。著名的热振寺就属于此派。吐蕃赞普后裔雅垄王族成员曾长期据有噶当派主寺的住持职位。
萨斯迦派（Sa@skya-pa）的根据地在后藏的萨斯迦（今译萨迦）。萨斯迦大寺的历任住持多出于款氏家族。这个教派在元代藏地政治中具有非常特殊的影响力。
帕木古鲁派（Phag-mo-gru-pa，今译帕木竹巴），因其祖寺建于帕木古鲁之地（在今前藏泽当东北）而得名。该寺住持由郎氏家族世代把持。帕木古鲁派有若干分支，如必里公派（hBri-gung-pa，今译“止贡”派），思答笼派（sTag-lung-pa），牙不藏派（gYa-bzang-pa）等。
搽里八派（mTshal-pa），此派创立较晚，后来其主寺的住持席位为资助建寺的噶尔氏家族所控制。
葛哩麻巴派（Karma-pa），祖寺在葛哩麻谷（今西藏昌都西北），后来又建一新的主寺于堆隆（在今西藏拉萨西北）。它是藏传佛教中最早实行活佛转世制度的教派。葛哩麻巴派“黑帽”系的第二世转世活佛葛里麻拔噶希（KarmaPakshi，1206-1283，藏语pakshi译言“大师”，或当源于汉语“博士”），是西藏佛教史上最著名的有神奇法术的僧人之一。
噶举派（bKah-brgyud-pa），其祖师玛尔巴多次入印度学习密宗教法，注重口耳相传的传习形式，故以“噶举”（藏语bkah-brgyud译言“口传”）为教派名。这种传习法当然最容易因不同的师承而分衍支派。帕木古鲁、搽里巴、葛哩麻巴等教派都是从噶举派分离出来的。
宁玛派（rNying-ma-pa），这一派宣称自己所传是吐蕃王国时期的教法，由8世纪时入藏的印度高僧莲花生所授，故名（藏语rnying-ma译言古旧）。宁玛派法服为红色，所以后来俗称红帽派、红教。
唐王朝和吐蕃王朝解体以后，汉族继续用“吐蕃”称呼他们的西邻。但是五代和宋朝人所说的“吐蕃”，经常是指今甘青河湟一带的某些部落或部族。其中有一些是藏人，也有一些是过去臣属于吐蕃王朝，由于吐蕃统一政权的衰亡而得以自立的小股部众。吐蕃把他们称作od-bar，汉语文献音译为“咀末”。1030年，这里形成一个以藏族为主体的瘾厮哕政权，一度在西夏、余王朝以及自蒙古高原西迁后的回鹘（即元代的畏兀儿）之间的长期斗争中扮演过不可忽视的角色。12世纪初，由于宋军的进攻，它被迫降夏，以后这个地区又被金军占领，但在十二至十三世纪的汉、藏关系中它已失却过去曾有过的那种重要性。
藏文史料说，西藏僧人最早进入蒙古地区，大概是在1209或1210年之间。那是搽里八派的藏巴东廓哇和他带领的六个弟子到蒙古弘扬佛教。因为不通蒙语，他们只能以手势传法，结果可能不太理想，所以他们从蒙古转道前往西夏。据说成吉思汗进兵西夏时，藏巴曾去向他说法，并获得一道保护僧人的谕旨。
在最初二十多年兵侵漠南的军事行动中，蒙古军队有好几次掠地至藏区边缘的今甘青、川北一带。在哲别统率的西征偏师中有“吐蕃帅”，他的部众应当就是在蒙藏早期接触中被蒙古收编的藏兵。
蒙古正式经略藏地始于1230年。分镇凉州（治今甘肃武威）的窝阔台次子阔端曾在1236年派兵降服甘南的几个藏人部落。1240年，他又派遣一小支军队，在朵斡耳答答剌罕率领下，深入吐蕃本部。蒙古军进至前藏的热振寺和杰拉康寺（两寺均属噶当派）。据藏文史料，蒙古军“给热振寺造成重大损害。思答笼寺被雾罩住，没有看见。杰拉康寺被焚毁，索敦等五百名出家僧人被杀。必里公寺的住持扎巴迥乃降下石雨，故必里公寺未遭损害。但是蒙古人要住持去当应供喇嘛（即把住持带回去接受蒙古人的供奉）。扎巴迥乃说：‘有个适合当你的应供喇嘛的人，住在西面’”。扎巴迥乃所指的，就是后藏萨斯迦派的法王萨斯迦班智达公哥监藏（1182-1251）。在当时的藏地中部，噶当派的寺院最大，必里公派住持的威望最高。但他们和前藏的其他法王们都对于面觐阔端心存畏忌，于是把今后100年间在藏域承制宣化的机会，拱手让给了萨斯迦派法王。
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