至元七年（1270），元廷颁行八思巴字母后，即把八思巴的身份从国师升号为帝师，颁赐比诸王所用金印品位更高的玉印，大朝会时得坐在皇帝之侧傲视群臣。他的封号很长，叫“皇天之下，一人之上（这句话的意思是，整个天下只有一人在他之上），开教宣文，辅治大圣，至德普觉，真知佑国，如意大宝法王，西天佛子，大元帝师”。藏文史料说，在被加封为帝师时，八思巴第二次为忽必烈传授金刚乘灌顶，并因此领受“吐蕃三区”作为供养。藏文“吐蕃三区”，直译当做“Bod地的三个chol-kha”。这里的chol-kha是蒙文chlge的音译。蒙古人既接受金、宋政权把“路”作为较大的施政区划的观念，用chlge意译“路”；又用这同一个蒙语辞汇来翻译大于路的辖区“道”。这里用chlge来称呼的藏地的三大部分，即位于它东北的甘青地区、东部的昌都和川北地区，以及吐蕃本部，意思是藏域三“道”。用吐蕃三区供养八思巴的意思应当是说，现在八思巴不再仅仅以一个统领总制院的“僧官”和萨斯迦一个教派的法王身份去号令藏地佛教各派，而是利用元政权的力量取得了全藏佛教领袖的地位。八思巴到达了他一生中权力的顶峰。
这时，经他提携而进入总制院任职的一个甘青藏人桑哥，替他在宫内造了一座豪华的佛堂。为此，桑哥受御史台弹劾而下狱。八思巴很不高兴。适逢忽必烈邀请他参加一次与佛教有关的庆典，八思巴回答说：“在藏地，儿子入狱，父亲即使行走在小巷里也觉得羞愧。我的桑哥为向我学法造了一座小屋，竟被台臣据以治罪，把他关进监狱。所以我不能出席。”忽必烈于是命令释放桑哥。1270年末，曾任乌思藏宣慰司长官的功嘉藏卜与回到萨斯迦的八思巴发生冲突。元朝派军入藏弹压，统帅这支军队的正是重入总制院并且做了院使的桑哥。桑哥攻杀功嘉藏卜，在吐蕃本部留下一些蒙古驻军，并且改革了藏北高原上的驿站体系。他在汉文史籍中是一个臭名昭著的以敛财固宠的“奸臣”。但在藏文史书中，却是一个“有作为的善良大臣”。可见完全根据单方面的记载去评判一个历史人物是很不保险的。据说，忽必烈在下决心处死桑哥时，还向他询问有谁可以继任他的职位。
1271年夏天，八思巴离开大都前往临洮（在今甘肃）。1274年，他又从临洮继续往西，回到萨斯迦。大元帝师之职，由他的异母弟亦邻真继任。1280年末，即“功嘉藏卜之乱”为桑哥镇压后不久，八思巴在萨斯迦死去，当时他46岁。元代的吐蕃三区元朝统治藏地的中央机构，最初是由国师统领的总制院。至元七年（1270）后，总制院由帝师统领。至元二十五年（1288），由总制院使桑哥提议，改总制院为宣政院。新的院名取法于唐制。因为唐朝皇帝经常在宣政殿接见吐蕃王国的国使。宣政院品级为从一品。也就是说，该机构中最高级的职官（宣政院使）的品衔为从一品。其职权统摄军民；其人选僧俗并用。院使之上，还有一个没有品级的帝师。宣政院任命属官，具有与御史台、枢密院等同样的特权，不须经由中书省申报，可以直接向皇帝“闻奏”。当然，帝师的推荐对官员人选有十分重要的影响。
古代山水画元朝一代的帝师，现在可以考见的有十三四个人，其中七人出于萨斯迦的款氏，四人是八思巴的门徒，多在款氏没有合适的男性后裔时才被选出来就任此职。说款氏基本上把持了元代帝师一职，此话并不过分。帝师的法旨与元朝皇帝的诏旨“并行于西土”。著名元史专家陈得芝依元代特别的公牍文体翻译帝师法旨的一般格式为：“皇帝圣旨里，帝师某人（此为帝师名）法旨。藏、乌思宣慰司官员每根底，军官每、军人每、镇守的每、法官每、征敛赋税的每根底，来往（使臣）每、万户每根底……僧、俗人等每根底教谕的我的法旨：……（以下为法旨具体内容）。”法旨开头第一句“皇帝圣旨里”的“……里”一语，是公牍文体中的专用词，用来翻译蒙文的后缀-ghar或-ger，意即“根据……”帝师的法旨，是根据“皇帝圣旨”所赋予的权力来具体地发号施令的，法旨虽说与诏敕“并行”，却没有改变藏地是统属于中央政府的一个辖区的性质。
与元朝的其他辖地一样，吐蕃也有蒙古宗王出镇。封在这里的宗王是忽必烈的第七个儿子奥鲁赤，王号为“西平王”。奥鲁赤死后，西平王之位由次子八的麻的加继承，但镇守吐蕃的使命改由他的长子镇西武靖王铁木儿不花担任。铁木儿不花的长子老的封云南王，次子搠思班袭镇西武靖王位，仍分镇藏地。明初归降的镇守吐蕃宗王卜纳剌所袭仍是镇西武靖王之位。他应当是铁木儿不花的后人。镇西武靖王的大营，可能位于藏地东北的甘青一带。
驻吐蕃的最高地方政权机构，是分别设立在“吐蕃区”的三个宣慰使司都元帅府。
元代中国最高的地方行政机构是行中书省，简称行省。行省以下的行政区划，是路、府州、县。在距离行省中心较远的地区，又分道设立宣慰司，协调旁近路府的军、民之务；治民之事听命于行省，治兵之事听命于枢密院。边疆民族地区的宣慰司机构，因为军事的功能较强，往往称宣慰使司都元帅府。长官仍为宣慰使，无都元帅的职衔，但经常用军人任职。
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