从行政体制上看，乌思藏宣慰司与朵思麻宣慰司、朵甘思宣慰司是平级并行的行政建制。但因为乌思藏宣慰司所管地面是吐蕃本部，宣慰司最高长官一职在元前期和中叶又长期在帝师萨斯迦法王所自出的款氏家族控制下，所以这一道宣慰司的地位看起来就好像有一点特殊。
藏文史籍明确地载录了首任乌思藏三路军民万户释迦藏卜的这个职衔，“三路军民万户”采用的是对汉字逐个音译的形式，作zam-klu-gun-mindben-hu。这个机构后来改称宣慰司，藏文同样采取音译，写作swon-we-Se（“宣慰司”）。与此同时，从释迦藏卜开始，藏文史料又相当完整地记录了统治吐蕃本部的历任长官，他们都有“本禅”（dpon-chen，dpon译言“官人”，chen即“大”。这个词也被译作“本钦”）的官号。它的意思即“大官人”。本禅的官名未见于元以前的吐蕃当地官制中。它既然始于元代，就很像是蒙语“也客那颜”（“大官人”）的对译词，用来指称中央政府所属各官僚机构中为首的长官，如宣政院（藏文译写作son-bying-dben）的院使，藏文就写作rtsa-bahidpon-chen；以至治理吐蕃的内地中央王朝本身，也可以被叫做“本巴”（dpon-pa，即“官家”或“官人”）。本禅和本巴的官号或者特指名称，表明了从元朝开始内地中央政府在藏域所享有的政治权威。
那么，此种受中央政府任命统治藏地的历任本禅，与乌思藏宣慰司乃至其他两道宣慰司，究竟是什么样的关系呢？对这个问题，目前存在两种不同的看法。一种看法认为，本禅就是对乌思藏纳里速古鲁孙宣慰使司都元帅府的长官，即五名宣慰使中为首的那名宣慰使的别称。很可能蒙古人把这个为首的宣慰使径称为该机构的“大官人”，经藏语移译，遂有本禅之名。所以本禅政权也就是乌思藏宣慰司。另一种看法，则以为元代西藏存在着一个高于二三道宣慰司的本禅政府，它才是藏地最高的地方政权。从目前的研究来看，前一种意见似乎更稳妥。
乌思藏宣慰司的首席宣慰使之职，长期为萨斯迦教派的座主款氏家族所垄断，所以它被称为“萨斯迦本禅”。萨斯迦法王与萨斯迦本禅互为奥援，形成藏地中部势力最大的一个政教权力中心。但是它在吐蕃之境并非没有挑战者。元朝前期，它的对手主要是必里公派。萨斯迦在朝廷支持下击败了必里公派。元朝后期，帕木竹巴的势力日盛，终于压倒萨斯迦，成为前后藏各教派事实上的盟主。
1280年的必里公之乱始于他们攻毁一个对立教派寺院的行动（1285）。据说他们取得了与“西蒙古”的诸王的联盟。这个西蒙古诸王当然不可能是这时已在西亚立国的旭烈兀系，而大概是察合台系的诸王都哇。在他们的支持下，必里公与萨斯迦的冲突逐渐尖锐，乌思藏驿道因此堵塞。1290年，藏地的混乱局面迫使元廷命镇西武靖王铁木儿不花率部进征，与萨斯迦本禅阿格伦朵儿只班合攻必里公和“西蒙古”诸王亦邻真的联军。必里公军大败，贡巴（必里公派行政和军事长官）和亦邻真被擒，教派主寺被焚毁。
除必里公以外，前藏较强大的教派还有帕木古鲁和搽里八。1320年，自赏竹监藏（又译绛求坚赞）就任帕木竹巴万户的长官后，该教派的势力迅速上升，于是成为前藏各教派反抗萨斯迦肆行威福的中坚。1329年，袭封白兰王的八思巴侄孙琐南藏卜巡行前藏，一直住到1333年仍不离去。前藏诸教派首领会商对策，想要求白兰王移驻别地。搽里八首领说：“我的地方处于关隘要地。担当不起，不敢禀告。”必里公法王因与萨斯迦早有仇隙，也不敢首先陈述，所以对赏竹监藏说：“您是萨斯迦的大弟子，您说为宜。”结果是赏竹监藏在白兰王面前首先发难。他愤懑难抑地对白兰王说：“先前承侍了四年，您尚不满足。现在前藏人已山穷水尽，无能为力了。若还不知足，我们前藏所有首领就都充任白兰王您本人的侍从……我们全体的人马都来服侍你。”这样才把白兰王强行送走。与此同时，帕木竹巴和搽里八、牙不藏、必里公各派间也因抢夺地面不断发生摩擦、争执，甚至战争。
错综复杂的利益冲突，导致萨斯迦本禅利用帕木竹巴和搽里八、牙不藏之间的矛盾，下令传讯赏竹监藏。后者抗命不从，终被本禅撤职拘禁。赏竹监藏从被羁押处逃脱，于是爆发了本禅率领的各万户与帕木竹巴之间的战争。赏竹监藏交战获胜，巩固了称霸前藏的优势。1350年初，赏竹监藏派人到大都，为自己对抗萨斯迦本禅辩护，并请求朝廷赐还被本禅褫夺的万户职权、减免一半赋役。元廷赐万户所佩银字圆符二枚，准予除驿站差发外减免一半赋役。接着赏竹监藏又乘萨斯迦内部发生帝师二子囚禁本禅加瓦藏卜的变乱，出兵后藏，占领萨斯迦寺。加瓦藏卜本禅被救出后，表示愿意奏请皇帝，举荐赏竹监藏作本禅。后者傲慢地回答：“较之本禅，还是我目前的万户长职务好。我起誓，我根本不羡慕本禅职务。”1357年，他又从朝廷求得“大司徒”的封号和印玺。
因此，从1350年起，萨斯迦本禅虽然仍旧存在，但统治前、后藏的实际权力，早已转移到不屑称本禅、宁愿自称“第悉”（sDe-srid，译言“摄政”）的帕木竹巴派首领的手中。赏竹监藏在他的类似遗嘱的告后人书里说，“对待宣慰使司和各地大小首领，应像裁剪小孩的衣服一样临机处置”。乌思藏宣慰司在这个跋扈的“大司徒”眼中，已经完全没有什么权威可言了。
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