忽必烈在掌管漠南汉地军国庶事之后，面对“汉地不治”的情况，一方面进一步拉拢汉族人士，一方面为积聚雄厚的物资、军事基础，断然采取了招抚流亡、禁止妄杀、屯田积粮、整顿财政等一系列措施，并任用熟悉汉法的宋金官僚、知识分子进行统治，初步扭转了这种局面。
恢复中原忽必烈封地内的邢州（今河北邢台），金朝时8县共有80292户。在蒙古贵族入侵之后，到忽必烈受封之初，当地民户已急遽地下降到500至700户。忽必烈决定以治邢为试点，派脱兀脱、张耕、李简等人去邢州。三人到邢州后，同心协力，洗涤蠹敝，革除贪暴，务在安民，不到一个月，户口便增加了10倍。忽必烈从治邢的成效中大有感触，更加器重儒士，逐步委以重任。又派杨惟中、史天泽、赵壁等治理河南，使河南经济得到了部分恢复。
漠南汉地，由于当时典章未备，法制不立，贵族、官吏随便杀人的现象经常发生。宪宗的断事官牙剌瓦赤、不只儿等，一天内竟判决28人死刑。为了安定民心，忽必烈屡次禁止诸将妄杀无辜，军士有违令的，杀以示众，致使诸军凛然，几乎没有敢违犯命令的，对掳获的战俘，不杀也不掳为奴，而是主张释放。
忽必烈另外，为了筹备进攻南宋的军粮、军费，忽必烈还十分注意屯田，以盐换粮，供应军饷。并在京兆（今西安）设立交钞提举司，印发纸钞。这样，忽必烈逐渐控制了当时蒙古政权在中原汉地的很大一部分财权。
忽必烈自掌管漠南汉地军国庶事之后所实行的一系列措施，使中原地区得到了初步的治理，人户逐渐地增加，经济慢慢恢复起来，为忽必烈夺取政权奠定了经济基础。
隐忍避祸忽必烈采用汉法治理汉地，必然损坏了蒙古游牧贵族和西域商人的利益。他在中原威望的日增，在治理陕西、河南过程中大量财力、物力的积聚，又形成了对蒙哥汗权的威胁。宝祐五年（公元1257年），蒙哥借口忽必烈刚打完仗，又患有脚病，让他留在家中休息，而以塔察儿为左翼军统帅，解除了忽必烈的兵权。不久，蒙哥又突然决定亲征南宋。
忽必烈岌岌可危！当时的情况下，忽必烈身为藩王，调动军马及粮饷的权力都在大汗手里，因而断难与蒙哥一决雄雌。
不得已，忽必烈听从了姚枢的建议，反把妻子、儿女送到汗廷作人质，表示并无异志。当年十一月，忽必烈又亲自谒见蒙哥，兄弟相见之下，蒙哥尴尬万分，终于消除疑虑，动了手足之情，不让忽必烈再说什么，而表示谅解。忽必烈也撤消了设在邢州、陕西、河南的机构，调回了自己派出的官员。
这样，忽必烈以谦恭忍让保全了自己，避免了一场不测之祸。
武装夺权但是，忽必烈并没有放弃控制中原汉地的雄心。后来，蒙哥因塔察儿军事失利，又命忽必烈重率左路军征宋。在征宋的过程中，忽必烈又重新把东路军的大权控制在自己的手中。
开庆元年（公元1259年）七月，蒙哥在攻宋战争中身负重伤，死于合州（今四川合州）钓鱼山下。留在漠北和林的忽必烈的弟弟、倍受蒙哥信任的阿里不哥在蒙哥诸子和亲信大臣的支持下，急忙策划继承汗位。一场权力争夺战旋即展开。
宪宗蒙哥是在南下伐宋的战争中死于合州城下的，因此，他生前没有像太祖铁木真、太宗窝阔台那样对嗣位问题做出安排。这就在蒙古王室内部引起了关于汗位的归属的激烈争吵。忽必烈有资格接替大汗地位，但其皇弟阿里不哥和宪宗的儿子们也可以继承汗位。这样，争夺汗位的斗争不可避免地在拖雷系诸人间发生了。
宪宗蒙哥南征时，阿里不哥奉命留守和林，主持大兀鲁思，管理留守军队及诸斡儿朵，在政治上处于十分优越的地位。另外，皇后忽都台以及蒙哥诸子都拥护阿里不哥，这就增加了阿里不哥政治上的声势。在军事上，他拥有留守和林的军队，随从宪宗南征的军队也有一部分归附了他。蒙哥去世后，大军在攻宋前线，阿里不哥先发制人，派阿兰答儿发兵于漠北诸部，派脱里赤括兵于漠南诸州。阿兰答儿乘机调兵，进至离开平100余里的地方。开平一带是忽必烈经营多年的根据地，阿里不哥的军事行动给忽必烈造成了极大的威胁。
蒙哥去世时，忽必烈正奉命南征。为争夺王位，忽必烈决定返回漠北。正好南宋贾似道派使讲和，忽必烈当即同意，断然把大军留守在江北，自己率一支亲军先行。中统元年（公元1260年）三月，忽必烈到达开平，召集忽邻勒塔。在诸王塔察儿、也先哥、合丹、末哥等以及大臣再三劝进下，忽必烈在和林自称奉遗诏，在另一些王的拥戴下继承汗位。至此，只有用武力来解决汗位问题了。经过4年大战，阿里不哥众叛亲离，至元元年（公元1264年）七月，不得已归降了忽必烈。
统一全国至元元年（公元1264年）八月，忽必烈迁都燕京，改燕京为中都，至元九年（公元1272年），改中都为大都，把中央政权机构设于此地。这一举动一方面避开了叛乱诸人的威胁，立足于人力、物力俱丰的中原地区，以驾驭幅员辽阔的大蒙古国；另一方面，显露了忽必烈在取得蒙古大汗地位之后，志在灭掉南宋，一统天下的雄心壮志。至元八年（公元1271年）十一月，忽必烈宣布将“大蒙古”国号改为“大元”，以一个新朝雄主的姿态登上历史舞台。
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