由此可见，元朝政权的性质仍是以蒙古贵族为首、包括各族上层人士在内的封建统治阶级对各族人民的联合专政。忽必烈治国打江山难，守江山更难。
平定诸王叛乱海都是窝阔台汗的孙子，对大汗位落入拖雷系一直心怀不满。阿里不哥失败后，他占领窝阔台汗国领地，于至元五年（公元1268年）发动叛乱。被击败后，他又和察合台汗的孙子笃哇勾结在一起，骚扰火州（吐鲁番高昌故城）。
至元二十四年（公元1287年），海都又煽动东部诸王后裔乃颜、势都儿、哈丹等人发动叛乱。元世祖闻讯后，亲率两路大军前往镇压，消灭了叛乱势力。
元世祖在平定东北诸王叛乱后，设置了辽阳行省，并在叛王封地内置万户府，用以削弱藩王的权力。这时海都在西北仍不断骚扰，公元1289年7月，世祖已经74岁，仍决定率兵亲征。海都闻讯远逃。世祖去世时，海都已被逐出阿尔泰山之北。公元1302年，海都败死。公元1306年，海都子察八儿投降，西北诸王的叛乱，至此全被平定。元世祖运用军事上的胜利，使中央集权进一步加强，这对巩固多民族国家的统一，起了一定的积极作用。
阿合马、桑哥事件元世祖对内镇压诸王叛乱和人民起义，对外穷兵黩武，因而财政拮据，迫切需要理财之臣。花刺子模人阿合马、汉人卢世荣、畏兀人桑哥就是元世祖宠信的三个理财能手。
中统三年（公元1262年），阿合马任诸路转运使，他兴办铁冶，增加盐课，获得大利。忽必烈升他为中书平章。阿合马恃功骄傲，安插亲信，诬陷异己，为皇太子真金和其他大臣所恶。至元十九年（公元1282年），益都千户王著和高和尚等，假借皇太子的名义将阿合马击杀。
阿合马死后，元世祖又命卢世荣为中书右丞。卢世荣上任后，提出改革钞法、制定市舶条例等措施。元世祖很宠信他，但其他官僚纷纷上章弹劾，不到一年，卢世荣被杀。
至元二十三年（公元1286年），元世祖起用桑哥理财，任为平章政事。他更改钞法，发行至元钞，财政危机好转。于是升任尚书右丞相兼总制院使。桑哥继而清理江南钱谷，增加赋税、盐课，引起天下骚动，起义不断发生。公元1291年，桑哥被杀。
边疆政策西藏和中原的联系，源远流长。当窝阔台次子阔端于公元1239年派遣道尔率兵进驻吐蕃后，喇嘛教萨迦派领袖萨班于公元1247年以66岁的高龄，应邀与阔端会晤。
通过协商，代表西藏地方势力同蒙古建立了宗藩关系，派员向蒙古呈献了贡礼，西藏正式归蒙古管辖。
宪宗三年（公元1253年），萨班之侄喇嘛教萨迦派法王八思巴在六盘山会见了忽必烈。忽必烈即位后封八思巴为国师，并派他担任总制院的第一任长官。总制院后更名为宣政院。公元1279年八思巴卒，元世祖又追封他为大元帝师。元朝中央机构所设的宣政院，“掌释教僧徒及吐蕃之境而隶冶之”。
元朝政府在西藏设立乌斯、藏、纳里速古鲁孙等三路宣慰使司都元帅府，有都元帅、宣抚、安抚、招讨等使。乌斯即前藏，藏即后藏，纳里速古鲁孙即阿里三部。当时把前后藏分为13个万户，万户长以上的官吏由中央直接任命。此外，还在西藏设置驿站，调查户口，征收赋税，屯戌军队。总之，从元朝开始，西藏地区已正式成为我国中央政府直接管辖的一个地方行政区域。
元世祖即位后，在云南设置了行省。行省之下，还设置了路、府、州、县。又设置若干军民总管府。元世祖派回回人赛典赤赡思丁为第一任云南行省的最高长官“平章政事”。此后云南和内地的联系也更加密切。
元代，祖国大陆与台湾之间的政治关系有了新的发展。至元时，在澎湖设立巡检司，“隶泉州晋江县”。元朝通过澎湖巡检司管辖澎湖与台湾。这是中国政府在台湾地区正式建立的行政权力机构。
大一统元朝大统一的政治形势，促进了边疆各族和中原地区经济、文化联系的发展；各民族联系的加强，又巩固了空前统一的国家。由于当时大量汉族被签发到边地去开垦，边疆各族也大量迁入内地定居，宋、辽、西夏、金时期各少数民族偏守一隅的情况逐渐有了变化，相互间开始加强了沟通和联系。过去视为边陲绝域的地区都和中原成为同呼吸共命运的整体。原有的地域观念逐渐减弱。
元朝是我国统一多民族国家形成的重要阶段。中国的回族，就是在这个时期开始形成的。在元代“回回”一词最初是指由中亚、阿拉伯、波斯等地迁到中国的人。经过长期在内地与其他各族杂居，彼此互通婚姻，文化上互相渗透，逐渐在中国境内形成了具有独特生活习惯、宗教信仰、文化特点的新民族——回族。回族的形成，说明元朝时期中国民族融合已发展到了一个新的阶段。
设立驿站元代的驿站制度，在窝阔台汗时代就具备了雏形。
随着蒙古疆土的扩大，特别是征服了欧亚广大地区之后，日益显示出这个制度对巩固统一的重要作用。后来不断有革新和整顿。
元世祖定都大都后，驿站制度就在一个更大的规模上发展起来，以大都为中心修筑了四通八达的驿道，在全国交通线上设置了站赤（蒙语音译，意为管理驿站的人），以便“通达边情，布宣号令”。在当时，蒙古地区的驿站，专设通政院管辖；中原地区的驿站，则归兵部掌管。站赤分陆站和水站。陆站用马、牛、驴或车，辽东有些地方运输时用狗拉橇行于泥雪上，故又有狗站。水站则用船。据记载，全国站赤共有1400处，这个数字还不包括边远地区和四大汗国间的驿站。
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