在君主总司令及其副总司令之下，就是准将。他是一名资历较深、职位较高的行政管理长官，实际上是军队真正的领导。他不一定是贵族，可以由一名作战经验丰富的士兵来担任，负责后勤补给、编制管理，在作战中进行战斗编组，人声督催士兵冲锋，整理零乱的队形。当然，这须通过军士长和军士对本国或雇佣部队进行管理。
另外，在君主及其总管之下还要设立一个不固定的参谋团，而副总司令和准将只是负责作战的领导指挥。
军队的构成
16世纪初期，多数国家的君主都有一支相当数量的常备军，作为应付战争的核心。这支职业性军队的军官大多是贵族，因为普通士兵，即使再出色，也很少能被提升，当然不排除极个别士兵能晋升为准将的情况。
但是，即使有这样一支常备军也不足以应付战争。同时，16世纪国家的经济状况又不允许保持一支开支庞大的均衡的军队。为此，一旦战争降临，统治者们不得不招募一些雇佣兵来扩充部队。例如，法国常备军大部分为骑兵，战争时法国一般从瑞典招募步兵（历史上瑞典很少有与法国为敌的时候），有时也从德国招募或从意大利雇佣步兵骑兵。
君主如此依靠雇佣军，以致于出现很多令人头痛的事。尽管雇佣军训练有素，能征善战（瑞典和德国雇佣军更是这样），但是他们没有爱国热忱，经常不能取信于人。他们的主要目的是得到雇佣金。当时雇佣军的佣金必须战前支付，如果他们的要求得不到满足，就拒绝作战或威胁投敌。这就是当时将领们为什么不愿意冒险参战的原因。同时，庞大的雇佣费用也是各国保持一支小规模常备军的主要原因。
在域外作战时，军队一般由本国的常备军和雇佣军构成，而本国的常备军则相对较少。军事素质低、组织松散的民兵则只能作为军队进攻的辅助力量，这样还可以节省雇佣军费和物资消耗。贵族和本国的平民百姓则作为留守力量。如果必要，特别是有外敌入侵时，民兵、贵族和平民百姓作为后备力量，随时准备应征参战。在防御时，民兵、贵族和百姓则给军队以某些方面的支持。
除了前面讲到的军队类型以外，在欧洲地区还有三个国家的军队较有特色。其中土耳其的军队已在上一章给予了说明。
另一个是本世纪晚些时候在瑞典出现的国家正规军队。瓦萨国王正是利用这种类型的军队把国家建设成为强国。这种军队不使用雇佣军。作为常备军核心力量的军队力量庞大，且较正规，由国家扶植，战争时如果必要则征召军事素质较好的民兵补充军队的力量。
在16世纪最后几年，荷兰拿骚的莫里斯也组建了这种军队。自古罗马时代结束以来，他长期坚持严格的训练和严明的纪律，所以无论西班牙何时入侵，他都有素质较好的兵源。幸亏是由于荷兰经济高速发展，使莫里斯能够及时地给予其军队以丰厚待遇。正是有这样军事素质较好、凝聚力大、民族振兴心强的职业军队，才使得莫里斯领导其国家战胜西班牙雇佣军，以至与西班牙的精锐部队抗衡。
军事理论
黑火药武器的应用，国家经济力的增强以及政治因素的增加使战争变得越来越复杂。为此，吸引越来越多的人研究战争。对军事事件的全面分析振兴了战争理论，包括军事战略、战术、编制体制、武器和弹道学以及防御工程等等方面的理论。
这个时期最著名的军事理论学家是尼科洛·马基雅维利（1469—1527年），佛罗伦萨的政务活动家、政治理论哲学家。由于受到统治者美第奇家族的排挤而引退，他以余生巧年的大部分时间潜心从事理论研究和创作。从军事角度来看，他最著名的著作是《君主论》和《战争艺术论》两书。他不满意15世纪意大利战争戏剧性的结果和使用雇佣军作战，劝阻统治者不要冒险从事不必要的战争。他从当时各国军队效仿古罗马军团作战的实践得到结论―西班牙和法国的军队正在并且越来越接近当代现实情况。然而他错了。他低估了火器和骑兵的作用。他为佛罗伦萨王国设计一种军事体制，实行君主专制政体，不给人民以自由。后来这一体制大概被美第奇家族采用。佛罗伦萨王国之所以在战争中败北，很大原因在于其自身固有的缺陷比马基雅维利理论政体要多。
与马基雅维利同时代较著名的理论家还有德国知名的艺术家阿尔布雷希特·丢勒（1471—1528年），他写了有关防御工程方面的著作；另外还有尼科洛·塔尔塔利亚（1500—1557年），他发表了许多有关武器科学方面的论著。
法国法兰西斯·德·拉努是马基雅维利忠实的信徒，是法国早期宗教战争新教派的主要领袖。他广泛地研究了当代战争实践，对军事历史产生了浓厚的兴趣，在军事战略和战术方面显现出远见卓识，著有多部杰作（大部分是其在被俘时完成的），其中最重要著作是《政治和军事论谈》。
海战的发展
海军战术的革命
16世纪的海军作战经历了一场前所未有的革命。随着海军炮火潜在威力的充分利用和发挥，延续使用了2100多年的古希腊罗马战船时代，在法赫鲁丁、安德烈亚·多里亚和唐·胡安三位最杰出的将领达到鼎盛后不久而结束。尽管这种战船后来又在地中海区域活跃了一个多世纪，但在西班牙海军将领如圣克鲁兹侯爵认识并发挥海军舰炮的潜力之后，新型战船时代已经开始。古希腊罗马战船成了新型战船的辅助船。圣克鲁兹生前可能见过弗朗西斯·德雷克爵士，他可能比圣克鲁兹更早地意识到海战中新的发展。
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