1644年10月27日，第二次纽伯利之战 查理率1万人同温彻斯特、沃勒和克伦威尔的联军计22000人在纽伯利遭遇。由于国会军不能协同攻击，致使国会军队虽然在数量上占优势，但却没有取得决定性的胜利。查理仍撤至牛津，温彻斯特却拒绝追击。
1645年1—2月，《乌斯布里条约》 短暂的休战也由于查理拒绝接受国会提出的一系列建议而终止。
1645年1—3月，组建“新模范军” 在休战的同时，克伦威尔向国会提出了“整个军队的模式或框架结构”，此前，克伦威尔早已有改革军队的倾向。这一建议于1、2月分别被下院和上院接受。该建议要求成立一支22000人的常备军。这些人员不应强征入伍，也应有正规的薪饷支持。常备军由12个步兵团国王和11个骑兵团及1000名龙骑兵组成。步兵总人数为14000人，骑兵总人数为6600人。炮兵作为英军年轻的兵种，也在大陆战争的经验基础上处于重建和扩编中。同克伦威尔的“铁骑”相比，这支新组建的军队还十分松散，因此，几项旨在加强组织纪律的改革方案也出台了。历史上英国军队第一次以红衣作为其一般制式军服。最具意义的是，随着这支可机动的职业化军队的创建，摈弃了那种本地军人不愿在外地作战的传统观念。
1645年4月3日，自动辞职决议 这一决议要求国会所有的成员一律免除军政职务。费尔法克斯接替埃塞克斯任总司令，克伦威尔获特准既是下院成员同时又担任副总司令。
1645年5月7日，国王军队的分歧 鲁珀特与戈林的分歧日益严重。而国王查理解决分歧的方法却是将其为数不多的11000人的部队一分为二，一部交由鲁珀特去了北方，另一部则由戈林指挥去了西方。此时，国会派埃塞克斯去围攻牛津。
1645年5月31日，累斯特之战 为了引诱费尔法克斯离开牛津，国王军队决定围攻莱斯特，国王经过苦战，尽管损失很大总算攻占该城，随后查理向牛津进军。议会命费尔法克斯解牛津之围，并在保持联系的情况下前进。6月13日，由克伦威尔率领的一支骑兵分遣队赶来加强费尔法克斯。圆颅党军队的到达使查理大吃一惊，遂仓促应战。
1645年6月14日，纳斯比会战 查理的军队约7500人，国会军队为13500人。鲁珀特的国王骑兵部队打败了国会军队的左翼，并将其逐出战场。克伦威尔首先打败国王军队的左翼，随后扩大攻击鲁珀特的漫不经心的追击部队，并打败了国王军队的步兵，其大部投降。鲁珀特的军队大乱，并拒绝与克伦威尔作战。查理逃至累斯特。此役不仅使查理彻底失败，也使克伦威尔和国会党中的独立派的势力如日中天。
1645年6月—1648年5月5日，王室崩溃 7月10日，在西南部的朗格港，费尔法克斯和克伦威尔打败了戈林。国王的要塞相继失守（包括累斯特、布里斯托尔、布里哲瓦特、温彻斯特）。在牛津以西的沃尔德，最后一支陆军部队也被打败了。由于害怕权力落入国会之手，国王于1646年5月5日向苏格人投降。
内战间的暂时和平时期（1646—1648年）
1647年1月，苏格兰人为从国会取得40万英镑的欠款（这大约是欠苏格兰军队款项的三分之一），把查理国王交与国会。与此同时，国会中的长老会派与军队中的独立派之间的紧张关系日趋明显，最终公开分裂了。国会于3月间通过一项计划，解散陆军。此前，国会已欠军队几个月的薪饷。但陆军拒绝解散。在克伦威尔的实际领导下，军队控制了国王并占领了伦敦。克伦威尔强迫国王接受军队的建议，遭国王拒绝。8—10月，国王却同苏格兰长老会派秘密谈判。11月，国王逃至怀特岛。12月26日，他同苏格兰人达成协议，国王承诺了三年内强行推广长老会教派。作为交换条件，苏格兰人答应为其提供军事援助以帮助其恢复王位。1648年1月15日，国会宣布同国王决裂。
第二次国内战争时期（1648—1651年）
推翻君主制
丘吉尔曾写到：“第二次国内战争的故事情节既短小又简单，国王、贵族和下院、地主和商人、城市和乡村、主教和长老会派、苏格兰军队、威尔士人民以及英国海军，现在均转而反对新模范军，但均被打败。”
1648年3—8月，威尔士及英格兰南部叛乱 由于威尔士国会宣布对国王的忠诚，从而引起了克伦威尔的不满。7月，克伦威尔包围并攻陷了威尔士的一个要塞彭布鲁克卡斯特尔。紧接着发生于肯特和埃塞克斯的叛乱也被费尔法克斯镇压，叛乱者逃至科尔彻斯特避难，8月，叛乱者最终还是有条件投降了。
1648年7—8月，苏格兰入侵 汉密尔顿公爵率24000名苏格兰入侵入英格兰。克伦威尔率8500人的部队从南威尔士向威尔士和普累斯顿进军。由于行军速度太快，其炮兵没有跟进；苏格兰人则没有炮兵。国王军尽管人数上占优势，但装备很差（他们被迫搜集马匹以运输弹药）；更致命的是，他的军队被分散配置在长达约80公里的地区。
1648年8月17—19日，普累斯顿之战 在普累斯顿，克伦威尔攻击汉密尔顿的后卫部队。经两天肉搏战，克伦威尔打败了苏格兰与保王党的联军，此战双方均依靠其长矛兵作战。国王军队的幸存者被分割成许多毫无组织的小股部队，他们是最勇敢的英格兰人。
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