1644—1645年，向长江流域扩张 明朝福王在南京建立新的政权，抵御入侵者。在扬州城郊，双方展开激战，七天后，多尔衮打败福王，随即，对战败者及平民进行了血腥的大屠杀。不久，经小规模战斗，南京陷落，福王逃走，渐被人遗忘。但明朝的其他几位皇室宗亲均自立为帝，对入侵者进行持续而零星的抵抗。
1645—1647年，征服福建 利用那些欲自立为明朝皇帝者之间的分歧，清军于1645—1646年征服福建，1647年又控制了广州。但在陕西、山西和四川，清军遇到了激烈的抵抗。
1648—1651年，桂王的战役 南明最后一任帝王桂王，成为反清复明力量聚合的中心人物。他是一位能干的军人，并曾在短期内控制了中国南部的大部地区。多尔衮在迅速巩固了对长江流域地区的统治后，按部就班地征服了中国南部大部分地区。桂王逃至西南部山区，并暂时控制了云南与贵州。
1651—1659年，征服西南 尽管遇到了顽强的抵抗，地形条件也不利，但清朝仍然控制了西南大部，不过，桂王朱由榔，曾逃入缅甸境内，但1662年4月被吴三桂俘获，杀害于昆明。
1652—1662年，清朝与郑成功的作战 郑成功同清朝及在中国的欧洲人进行持续不断的作战。1653年，他攻克厦门，1656年又占领舟山群岛，但在1659年攻打南京时，却没有成功。在1661—1662年，他率900艘战舰攻打台湾，并包围了鹿耳门港（今安平），迫使荷兰人投降。1661年，清朝将沿海六省的居民内迁至防护屏障内——这种屏障距海边10多公里。1662年，郑成功去世，此后，沿海反清的斗争才渐渐平息。
1659—1683年，清朝统治的巩固 清朝统治者为巩固其统治，努力加强首都北京的防卫部队，并在京都周围建筑了25个小的要塞。在9个省会及其他具有战略意义的要地，也部署有重兵防守。这些地区由鞑靼将军和满族将军轮流指挥。汉人组成的“绿旗”军队通常由汉人指挥，并负责14个省的当地治安等。
1660年，同俄国的冲突 清朝军队迫使俄国人撤出了其在黑龙江地区和下游地区的几个贸易点。
1662—1722年，康熙帝的统治 在其统治下，中国的文化与国力达到了很高的程度。
1663—1664年，荷兰同郑成功之子的作战 在清朝的支持下，荷兰舰队迫使郑成功之子郑经放弃了福建的据点，郑经遂向台湾转移。
1674—1681年，三藩之乱 由于云南、福建和广东三藩力量日益强大，康熙于1673年决定撤藩。但云南的吴三桂拒不从命，并于1674—1679年拥兵占据四川、贵州、湖南和广西。吴三桂随后同另外两个藩王联合叛乱。最终叛乱被平息。
1675年，察哈尔叛乱 清朝举兵平叛。
1683年，统一台湾 郑经之子及继承人郑克塽降清。
1683—1685年，同俄国的冲突 1670年，俄国人已在黑龙江河谷地区站稳脚跟。因为此时，清朝正在平息中国南部的叛乱。1682年，清朝军机处在仔细研究了俄国人的情况后，认为可用2000人直攻黑龙江河谷的俄军；1683年又派1500人的分遣队前往结雅河。随后几年，俄国人被赶出黑龙江河下游地区。不久，清军又向雅克萨的俄军据点进军，1685年该地守军向清朝投降。但清军撤退后，俄国的另一支远征队于1686年又占领了这一据点。因此，清朝又开始准备更大规模的作战。
1689年8月，《尼布楚条约》 俄国内外均有纷争（参见第十四章→东欧→俄国→土耳其战争开始），彼得大帝急于通过和平方式解决争端。由于中国已做好充分的战争准备，以及清朝索额图卓越的外交手段，迫使俄国使臣戈洛文对其最初强硬的要求做出妥协，俄国人放弃了雅克萨及黑龙江河北部地区。《尼布楚条约》及1727年的《恰克图经济条约》相互补充，使中俄友好关系持续达175年。
1685—1689年，准噶尔侵入蒙古（参见第十四章→东亚和中亚→内亚→蒙古） 准噶尔侵入蒙古喀尔喀部，清朝派兵击退了准噶尔。
1691年，多伦诺尔会盟 蒙古承认清朝为其宗主国。但是当时喀尔喀和卡尔梅克部落的部分人仍然进行抵抗，1721年，康熙在戈壁滩上终于打败了这些不甘臣服的人。
1696年，同准噶尔在伊犁河谷的战争 准噶尔经过五年持续不断的侵扰，终于进入蒙古中部。清朝皇帝康熙随即领七路大军共8万人穿越蒙古，通过使用其强大的炮兵，在昭莫多（今乌兰巴托附近）打败了噶尔丹。1697年，准噶尔统领败逃而病死途中。在西北部，一小部分蒙古人仍然进行着游牧骑兵战。
日本（1600—1700年）
1589年，丰臣秀吉卒 此后的两年中，其强大的封地诸侯联合摄政，并为争夺王位而分裂成两大派别。其中一派为德川家康，另一派则由石田三世、毛辉元、岛津义弘、小西行长、小早川秀秋等联合组成，双方进行了激烈的斗争。
1600年10月21日，关原之战 由于联军之间的不和，其82000人的军队被德川家康74000人打败。据称，联军中有4万人被杀。这次胜利以及随后小早川秀秋之大阪城堡的投降，使德川家康得以巩固了对本州的统治。
1603年，德川幕府统治始 其首都定于江户（东京），其在江户的德川幕府一直统治日本到19世纪下半叶。
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