1798—1800年，在马耳他岛的作战行动 1798年9月，马耳他爆发反对法国占领军的起义。纳尔逊派军舰和人员去帮助马尔他游击队员打击法国将军C．H．沃布瓦，沃布瓦被赶入瓦尔塔并被围攻。饥饿终于迫使法德军1800人于9月5日投降。
1798—1800年，英国控制海洋
第二次联盟战争（1798—1800年）
1798年12月24日，俄—英联盟 当拿破仑的埃及战役正继续进行时，俄皇保罗一世组织了第二次联盟，英国是其主要的伙伴。奥地利、葡萄牙、那不勒斯、梵蒂冈和奥斯曼帝国也参加了联盟（后三者已与法国交战）。初时，作战行动一直在意大利进行；法国将军朱伯特在11月和12月初占领皮埃蒙特，而奥地利将军卡尔·麦克·冯·莱伯里奇指挥的一支尼亚波利特军队已在11月29日攻击罗马共和国并占领罗马，但在12月15日被法国将军让·埃提恩·尚宾内特逐出。联军总的作战计划是：约克公爵率英俄联军将从荷兰驱逐法军，查理大公率一支奥军将从德意志和瑞士驱逐法军，70岁的元帅亚历山大·苏沃洛夫率俄奥联军将从意大利驱逐法军。联军现有军队总数约达30万人，不包括麦克的6万不可靠的尼亚波里特人。法军兵力约20万人，分成5个独立的集团军：茹尔丹的46000人位于上莱茵河；马森纳的3万人在瑞士；施埃勒尔的8万人在北意大利；尚宾内特有约3万法国和意大利混合部队入侵南意大利的那不勒斯；近24000人（包括卫星国巴塔维亚军队）在基劳姆·布鲁恩将军率领下位于荷兰。法国已经把大批的荷兰人、皮埃蒙特人、意大利人和瑞士人并人其军队中（在埃及，拿破仑已征募了马穆鲁克、马尔特和科普特军团）。尽管联军占有力量优势，但卡尔诺命令先发制人，向全线进军。
意大利：南线
1799年1月11日，在加菩亚投降 麦克的尼亚波利特部队叛变，他逃到法军中求救。1月24日，尚宾内特猛攻那不勒斯。随后建立了卫星国帕森诺普共和国。
1799年3月，阿迪杰河沿岸的行动 在更远的北部，施埃勒尔率41000人向保罗·克雷将军46000人的奥军移动，希望在苏沃洛夫的俄军和奥地利援军与克雷会合前赢得胜利。3月下旬，法军在维罗纳周围的侦察行动被击退。双方军队这时都移至维罗纳以南相互攻击。
1799年4月5日，马格南诺之战 施埃勒尔的攻击起初成功，之后被阻。克雷将其预备队投入法军右翼并突人其中。施埃勒尔秩序大乱而退。华而不实、古怪的苏沃洛夫很快到达。他指挥联军9万人向西推进，驱逐他前面的法国人。他留下克雷率2万人围攻曼图亚和佩斯切拉，白己在布雷西亚和米兰之间赶上了法军中路。
1799年4月27日，卡萨诺之战 已代替施埃勒尔的莫罗率约3万人抵抗近65000人的联军。经顽强抵抗后，被赶出战场。4月28日，苏沃洛夫胜利进入米兰，随后攻占都灵。大概是由于同奥地利政府意见不同，苏沃洛夫放弃追击敌军，联军被分散在北意大利围攻法国守军。此时，指挥在南意大利的法军的雅克·E．J．A麦克唐纳将军率33000人的部队正匆忙北上。以热那亚为基地的莫罗企图分散苏沃洛夫对这支援军的注意，获得了一些成功。6月中，有约4万人分散在亚历山德里亚周围的这位俄国将军突然发现自己处在两支法军之间。
1799年6月17—19日，特里亚之战 苏沃洛夫集中37000人攻击麦克唐纳，因麦克唐纳没有料想到，故经激烈交火被击败。法军损失约11500人；联军伤亡5500人。麦克唐纳被精力充沛的苏沃洛夫紧紧追击，穿越敌对国家，最后在热那亚附近与莫罗会合，途中又损失了5000人。苏沃洛夫这时推进到亚平宁半岛，要把意大利集团军逐回里维拉。8月5日，莫罗被督政府解除指挥权，而以朱伯特代替之。
1799年8月15日，诺维之战 朱伯特率35000人攻击苏沃洛夫率领的5万人。但朱伯特被杀死，他的军队被彻底击败，损失11000人。损失了9000人的苏沃洛夫立即追击，将法军赶过亚平宁半岛。然而，当他发现法国的阿尔卑斯山集团军约3万人，在尚宾内特率领下，已由森尼斯山山口进入意大利时，就停止了追击。苏沃洛夫转而向北，但他还未能对付尚宾内特，即奉命率俄军2万人向瑞士前进，将意大利的作战行动交给麦克唐尔·麦拉斯元帅率领的约6万奥地利军队。
1799年11月4日，热那亚之战 麦拉斯击败了尚宾内特，将法军向后赶过了阿尔卑斯山。
评论：到1799年末，拿破仑在1796—1797年间所占领的所有土地实际上都已被夺走，荣誉几乎完全归于勇敢的老苏沃洛夫。
德意志和荷兰
1799年3月，茹尔丹侵入德意志 有4万人的梅恩斯集团军在凯尔渡过莱茵河，开始了同有约8万人的查理大公的作战行动。3月21日在奥斯特拉奇受阻后，茹尔丹大胆地决定攻击在斯托卡奇的大公，主要攻击奥军右翼。查理不知茹尔丹意图，同时正率其半数军队前进，进行火力侦察。
1799年3月25日，斯托卡奇之战 茹尔丹初步的攻击获得了一些地盘，起初他认为已赢得胜利，但查理拚死抵抗，并调来其余的军队，这使他在战场上的人数达到46000人，而茹尔丹仅38000人。奥军的反击突破了茹尔丹联系松散的几个师的中央。此役虽奥军损失6000人，法军损失3600人，但茹尔丹的攻势被粉碎了。夜幕降临时他撤出动摇了的军队，退到莱茵河，退却组织得很好。在那里他辞去了职务。他的军队交马森纳指挥（参见下文）。这一年剩下的时间在德意志没有什么进一步的行动，双方的注意力都集中于瑞士的上莱茵河以南和荷兰的下莱茵河以西的作战行动。
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